玄燁大婚標志少年皇帝正在步入青年，其親理政事已為期不遠。換言之，孝莊是以此為孫兒早日親政制造輿論，打下基礎。

當鰲拜得知玄燁選后的結果時，因希冀落空，“心懷妒忌”，氣惱萬分，竟與遏必隆一起入宮“奏阻”。這恰恰證明孝莊此步棋的巧妙：既分化了四輔臣，使索尼同鰲拜之間出現芥蒂，又促使索尼更為效忠皇室，增加了皇室的力量。不過，從其后情況看，孝莊這時對鰲拜還未完全失去信任，仍希望他在輔臣任內能夠善始善終。

康熙五年(1666年)，發生圈換土地事件。鰲拜在索尼、遏必隆支持下，將清朝入關初期圈占土地時分配給鑲黃旗與正白旗的土地，強行互換，并再次圈占大量土地，致使廣大農民流離失所，加劇了滿漢民族矛盾。三輔臣還不顧玄燁的反對，矯詔將反對此舉的大學士管戶部事務蘇納海(正白旗)等三名大臣處死，造成一大冤案。這一事件說明，鰲拜并未領會孝莊的包容苦心，在擅權亂政路上愈走愈遠。因此，孝莊也相應采取了進一步措施。

康熙六年(1667年)七月初七日，玄燁“躬親大政”，輔臣“仍行佐理”。孝莊特為孫兒收權安排一過渡階段，以使他在實踐中逐步提高;同時也讓輔臣有個適應過程，將他們因交權而產生的失落感，減少到最低程度，從而保證此次權力交接穩妥進行。

可是，樹欲靜而風不止。康熙六年六月索尼去世后，鰲拜成為首席輔臣，遏必隆對他亦步亦趨，蘇克薩哈更加孤立。玄燁親政伊始，蘇克薩哈請求“往守先帝陵寢”，以期迫使鰲拜、遏必隆也辭去輔政。鰲拜為清除異已，獨掌輔政大權，竟羅織蘇克薩哈的“罪狀”，企圖將他置于死地。盡管玄燁堅決反對，但鰲拜等不肯罷休，一連七日強奏，竟將蘇克薩哈及子孫全部處死，并籍沒家產。

蘇克薩哈被清除后，鰲拜的權勢進一步擴大。他飛揚跋扈，“欺君擅權”，“文武各官盡出門下”，甚至在“御前呵叱部院大臣，攔截章奏”。玄燁去海子(南苑)狩獵時，讓隨行的鰲拜奏聞祖母，鰲拜“乃不遵旨，反云皇上自奏”，全然不把玄燁放在眼中。他的種種行徑，已構成對皇權的嚴重威脅。至此，孝莊終于作出決斷，支持并指點孫兒擬定清除鰲拜集團的全盤部署。

此前，玄燁已開始廣泛求言，制造輿論，通過各種舉措，糾正輔臣的種種失誤與施政弊端，這使朝中人心振奮，玄燁威望日增，鰲拜逐漸孤立。與之同時，玄燁在身邊聚集起一批年輕的滿族貴族成員，索額圖即是其中的突出代表。索額圖為索尼之子，孝莊選中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深了索尼家族與清皇室的關系，也加強了正黃旗對皇室的向心力，并影響到鑲黃旗。索額圖對玄燁十分忠誠，在清除鰲拜集團的過程中，成為玄燁得力的助手。

鰲拜集團附者甚眾，盤根錯節，已控制中央機構各要害部門。為最大限度地減少動蕩，孝莊幫助玄燁制定了“擒賊先擒王”，迅速打擊主要黨羽，震懾其他成員，穩妥解決問題的基本策略。據此，玄燁命索額圖秘密組織起一支善于撲擊的少年衛隊，又于行動前，有意將鰲拜的部分黨羽遣往外地，以分散其力量。可以肯定，玄燁還采取了其它一些周密部署。

康熙八年(1669年)五月十六日，鰲拜奉召進宮，旋即被衛隊擒拿，其主要黨羽也先后被逮捕歸案。考慮到鰲拜以往的功績，玄燁對他予以寬大處理，免死，籍沒家產，終身監禁;對其眾多追隨者，也只處死最主要的幾人，其余一律寬免;就連遏必隆也被免罪，僅革去太師，后又給還公爵，值宿內廷，恢復對他的信任，從而團結了鑲黃旗。

清除鰲拜集團，排除了威脅皇權的潛在危險，踢開清朝向前發展的絆腳石后，玄燁真正掌握了清朝大權。他在“首崇滿洲”的原則下，著力改善滿漢關系，崇儒重道，發揮漢族官員積極性，發展生產，恢復經濟。短短幾年內，政局進一步穩定，得到漢族地主階級更廣泛的擁護，經濟也有起色，為其后平定三藩之亂，打下重要基礎。

鏟除鰲拜集團這場驚心動魄的政治較量，是玄燁君臨天下后，祖母對他的一次關鍵性指導與幫助。當時，玄燁年僅16歲，還缺乏足夠的智謀與經驗。若無祖母的指教，他很難在親政后第三年，便一舉鏟除這一把持朝政多年、勢力頗大的宗派集團，穩妥、徹底，不留后患。顯然，鰲拜集團存在時間愈長，對清朝的危害愈大，勢必積重難返;如果玄燁的治國方針受到阻撓，三藩之亂將更加曠日持久，康乾盛世的出現也會大大推遲了。

對鰲拜集團的斗爭過程中，孝莊、玄燁祖孫相互加深了解，感情更為深厚。其間，玄燁表現出他那一年齡少有的膽略和杰出組織才能，使孝莊滿意而欣慰;另一方面，玄燁也從祖母身上學到很多東西，除去縝密的思想方法，堅決、果敢的作風外，對他印象最深的，是祖母對人處事寬厚豁達的態度。正是在祖母的影響下，他處置鰲拜及其黨羽時，運用寬嚴相濟，打擊面小，安撫、團結絕大多數朝臣的策略，收到人心安定、朝政穩固的效果。

孝莊的言傳身教，使玄燁逐步具備了一代名君所應有的寬闊心胸與氣度，這不僅在此次斗爭中顯示出來，在他其后的漫長統治歲月里，無論是平息黨派之爭，處理二廢太子事件，或采取其它重要舉措，這種方針、策略依然被保留下來。足見孝莊的智慧、品德與作風，已經體現在孫兒身上，由他繼承并發揚光大了。

還需指出，孝莊指導玄燁寬大處理鰲拜集團，也是對當年兩黃旗大臣同心合力，擁立幼主(福臨)的回報，表明她為保護幼孫，并從清朝的長遠統治計，不得不清除對她效忠多年的老臣時，仍舊手下留情。作為最高統治集團的核心人物之一，這種做法尤為難能可貴。