嘉慶本人碌碌無為，國內農民起義不斷。嘉慶元年，川楚陜邊境地區爆發了白蓮教起義，后波及川、楚、陜、豫、甘等省，歷時九載。白蓮教起義軍在歷時九年多的戰斗中，占據或攻破州縣達二百零四個，抗擊了滿清政府從十六個省征調來的大批軍隊，殲滅了大量清軍，擊斃副將以下將弁四百余名，提鎮等一、二品大員二十余名，滿清政府耗費軍費二億兩，相當于四年的財政收入。這次起義使滿清元氣大傷，此后滿清的統治逐漸走向衰落。

愛新覺羅·颙琰乾隆五十九年至嘉慶十五年(1794～1810)，東南沿海爆發了蔡牽在福建、浙江、廣東沿海聚眾反抗滿清統治的武裝斗爭。康熙中葉，滿清政府加劇對民眾的壓榨，迫使東南沿海廣大民眾下海謀生。乾隆五十九年，福建同安人蔡牽率領福建泉州、漳州一帶沿海破產漁民及無業民眾，在海上劫商自救，后以閩浙沿海為基地抗清。嘉慶七年(1802)，率船隊攻廈門海口的大、小擔山，500余眾登岸，奪炮13門。清廷命浙江水師提督李長庚赴閩造大艦30艘，鑄炮400余門往攻。次年初，蔡牽在浙江普陀海面遭李長庚襲擊，敗退福建海面，僅余船24艘，處境不利，遂向閩浙總督玉德詐降，又用厚金賄賂閩商更造巨艇，恢復作戰能力。九年夏，移屯臺灣海面，集大船80艘，突入福建海面，擊殺溫州總兵胡振聲，焚其戰船26艘。清廷命李長庚率閩浙水師往攻，在浙江海面擊敗蔡牽。十年冬，蔡牽欲取臺灣建立據點，聚戰船百余艘，先攻占臺灣淡水、鳳山(今高雄)等地，得當地民眾支持，隊伍發展至2萬余人。蔡牽被推為鎮海王，率眾包圍臺灣府城。清廷急調廣州將軍賽沖阿為欽差大臣赴臺督辦軍務，命李長庚率水師3000渡海入臺鎮壓義軍。蔡牽沉舟鹿耳門港，阻滯清軍艦船。十一年初，李長庚分路圍堵鹿耳門及其附近港口，阻止義軍突圍。蔡牽趁海潮驟漲、沉舟漂起之際，奪航路突圍至閩、浙海面。十二年底，在廣東黑水外洋迎戰李長庚及福建水師提督張見升，受挫后僅剩大船三艘、小船十余艘。清軍乘勝追擊，并以火攻船掛住蔡牽座船后艄，蔡牽于船尾發炮，擊殺李長庚。張見升畏怯，遂退出戰斗。蔡牽移師遠海休整。清廷命王得祿、邱良功分任福建、浙江提督，合兵圍攻。起義軍長期作戰，傷亡甚重，內部分裂。十四年八月，蔡牽與清軍閩浙水師連續交戰于浙江漁山外洋，遭清軍圍擊，寡不敵眾，發炮自裂座船，與妻小及部眾250余人沉海。次年，余部1300人降清。至此，蔡牽起義失敗。

嘉慶七年(1802年)七月，廣東博羅縣陳爛屐四發動上萬人參加的反清的天地會起義。嘉慶八年(1803年)閏二月二十日，嘉慶從圓明園返回大內，將進順貞門，突然有一漢子沖出行刺，嘉慶的隨從一百多人一時被驚呆，虧得在場的幾個親王賣命格斗，才將刺客擒住。原來，他叫陳德，是個平民，因貧困無告，憤恨滿清統治的壓榨，才舍身潛入皇宮，準備刺殺皇帝。事后，陳德一家被殘殺。

嘉慶十八年九月，爆發了北京天理教首領林清起義，攻入皇宮。天理教又名八卦教，是白蓮教的一個支派，傳布于河北、山東、山西、河南各地，按八卦分為八區組織教徒。河南滑縣李文成和北京林清是主要教首。預定在嘉慶十八年九月十五日(陰歷)八方同時起義。但因李文成行動暴露，被捕入獄。滑縣群眾遂提前于九月七日(陰歷)起義，救出李文成，占據滑縣城。李文成自稱“大明天順李真主”。林清則按期起義，在京南黃村組織武裝，以200人潛入城內，在入教太監劉進亨引導下，分由東華、西化門攻進清宮。其時嘉慶帝正在熱河圍獵，宮中驚慌萬狀。皇次子(上日下文)寧調來火器營、健銳營兵入宮，戰于隆宗上外。義軍寡不敵眾，退出皇宮。10月16日，林清在黃村被捕犧牲。李文成軍在奪取滑縣后，又占領道口鎮等地。清廷調楊遇春、楊芳率軍鎮壓。12月17日，李文成在司寨(今輝縣地)兵敗，自焚而死。1814年1月4 日，清軍攻陷滑縣，李文成妻張氏在擊殺數十人后，關門自縊。起義最后失敗。這次起義，因為林清攻入紫禁城，震撼極大。嘉慶帝承認：此乃“漢、唐、宋、明之所未有”，“從來未有事，竟出大清朝！”

天理教起義之后，昏庸的嘉慶不思減輕對人民的壓榨剝削，反而荒唐的認為是皇宮里的樹木壞了風水，于是下令將宮內樹木全部伐掉。后代皇帝從祖訓，也不重新種植樹木，致使今日故宮古樹罕見。