朱元璋在起義過程中，凡略定的地方，都沿襲元朝行中書省的制度，設(shè)置行中書省，或中書分省。行中書省的負(fù)責(zé)人叫參知政事和平章政事，省內(nèi)設(shè)置的機構(gòu)和官吏，大體上和中書省相同。明朝建立后為加強中央集權(quán)，改元朝之行省為承宣布政使司，布政使司僅主管民政，又設(shè)提刑按察使司掌刑獄、都指揮使司掌軍政，合稱都、布、按三司，遇大事由三司會商。

為防止布政使司長官專權(quán)，每一布政使司又設(shè)左、右布政使各一人，明布政使司的職掌雖與元行省有差異，但作為行政區(qū)劃并無本質(zhì)上的不同，所以，習(xí)慣上仍稱布政使司為省。俗稱為藩司，代稱為薇垣;布政使則俗稱為方伯。有明一代，除京師、南京(見明都城)外，計有山東、山西、河南、陜西、四川、江西、湖廣、浙江、福建、廣東、廣西、云南、貴州十三個布政使司，京師又稱北直隸，南京又稱南直隸，此即兩京(直隸)十三布政使司，俗稱為十五省，為明直轄地區(qū)的行政區(qū)劃。

明代在改元行省為布政使司的過程中，除元嶺北行省大部分不在境內(nèi)、遼陽行省分屬奴兒干都司及山東布政使司境的遼東都司外，京師和山東、山西二布政使司析自元中書省，南京為元河南行省(今皖北、蘇北)與江浙行省(今皖南、蘇南及上海市)，廣東布政使司為元江西行省(今廣東大部)與湖廣行省(今廣西欽州、合浦地區(qū)及廣東留州半島和海南島)，陜西布政使司為元陜西、甘肅(今甘肅嘉峪關(guān)以東部分)兩行省地;四川布政使司并入部分元云南行省(今四川大涼山以西及金沙江以西、以北地)，湖廣布政使司并入了元河南行省(今桐柏山以南、長江以北湖北大部)，兩廣部分已析出，但仍習(xí)稱湖廣;浙江布政使司大部為元江浙行省;貴州布政使司則為析云南、四川、湖廣三布政使司鄰境地置。其他各布政使司的名稱、轄境與元行省大致相同(見行中書省)。明代的布政使司是元代行省制的進(jìn)一步發(fā)展，設(shè)置較元朝合理，它奠定了清代以來內(nèi)地省級行政區(qū)劃的基礎(chǔ)。

明代布政使司與都指揮使司轄境大致相同，但略有參差，有相互約制之意。如潁州(今安徽阜陽)隸南京鳳陽府，而潁州衛(wèi)屬河南都司;夔州府(今四川奉節(jié))隸四川，而瞿塘衛(wèi)(治今奉節(jié))屬湖廣都司;磁州(今河北磁縣)隸京師，而磁州千戶所屬山西部司等皆是。布政使司下轄府、州、縣和土府州縣及部分土司，據(jù)《大明會典》記載，萬歷初有一百三十七府、十三軍民府、一百九十九州、一千一百四十九縣、八土府、四十六土州、七土縣及八宣慰司、五宣撫司、七安撫司、一百一十六長官司、一衛(wèi)軍民指揮使。另有布政使司佐理官參政、參議分守各道，派管糧儲、屯田、清軍、驛傳、水利、撫民等事，或節(jié)制一或數(shù)府州，稱分守道。各布政使司參政、參議均因事而設(shè)，員額不等，京師、南京不設(shè)布政使司，無參政、參議，境內(nèi)各道由鄰省布政使司帶管。

明布政使司雖為地方的最高行政機構(gòu)，但自中葉以后，各地遍設(shè)總督、巡撫，布政使司需受其節(jié)制，地位下降。

清朝省一級的地方行政制度，是采取對明中葉以后由總督、巡撫統(tǒng)領(lǐng)省政予以事實上的承認(rèn)的做法，并明確規(guī)定立為正式制度。總督是兼管兩省或三省事務(wù)的高級地方官，“掌厘治軍民，綜制文武，察舉官吏，修飭封疆”、巡撫是負(fù)責(zé)一省全面領(lǐng)導(dǎo)工作的首長，“掌宣布德意，撫安齊民，修明政刑，興革利弊，考核群吏，會總督以詔廢置”，是名正言順的地方大吏。

清代的督、撫沿襲明代舊制，都帶有右都御史或右副都御史的兼銜，在軍務(wù)地區(qū)，有時還帶兵部尚書、右侍郎的兼銜，在水利重要地區(qū)，也有加工部銜的，這些都說明督撫們在一定限度內(nèi)可以行使監(jiān)察官吏和指揮軍務(wù)的職權(quán)。總督和巡撫之下都有一定數(shù)量的直轄軍隊，總督管的叫督標(biāo)，設(shè)有副將、參將等官;巡撫管的叫撫標(biāo)，設(shè)有參將、游擊等官。此外，還設(shè)有跨省的專職領(lǐng)導(dǎo)某項事務(wù)的總督，如河道總督、漕運總督等。 清代在省一級雖然確定了以總督和巡撫為軍政首長的制度，但中央朝廷對督撫們在工作活動中的控制卻極嚴(yán)。一切較為重大的政務(wù)都必須奏報皇帝，等候批示。