1917年7月17日段祺瑞重任國務總理的時候，北京政府有寺內內閣的支持，有西原借款的援助，有賦予合法有道的權威。北京不是一個無權、無勇、無錢的空架子。但是北京沒有國會，沒有總統(馮國璋是代理總統)，沒有副總統，而且馮國璋沒有競選為正式總統的意思。北京政府的法律地位很成問題。而南方又有一個廣州的護法政府，威脅著北京合法有道的權威地位。如果能鞏固北京政府的法律基礎，日本的錢和北洋的軍力可以用來消滅南方的反對勢力。段祺瑞的看法是：“南北分裂使地方軍人可以投機取巧，宣布獨立，左右國政。”這種情形不能長期容忍下去。于是他反對督軍干政，尤其是南方的督軍干政。

在軍閥割據、軍人干政的局面下，要達到段祺瑞的統一和軍人不干預民政的目的，只能一面團結北方的武力來消滅南方的武力，以武力求統一，以戰爭結束戰爭，另一面用政黨和黨員來代替武人行使政權。這兩個政策都需要錢，錢則多半來自西原借款。先是段祺瑞在1917年3月成立了中和俱樂部，一年以后中和俱樂部變成了安福俱樂部。安福俱樂部不盡是段祺瑞或徐樹錚的人，但是這兩位皖系領袖可以左右他們，由他們占多數而操縱1918年新選出的國會。這樣，皖系在總統和副總統的遴選、內閣人員的任免方面，勢力遠超過其他的派系。所以皖系可以主張不讓軍人干政。

但即使有參戰軍的軍力，皖系也不能單獨地實現武力統一中國的目的，它必須與其他的北方軍事集團合作。它用以號召“北洋團結”的理論，最好用徐樹錚在1918年5月9日復張作霖的電報來說明：“一日不戰，則內閣立見崩潰，選舉必無從著手，我北系無以自存，國家亦隨之淪陷。”這時，北洋的勢力可以大體上分為四個集團：皖系、奉系、曹錕的勢力、長江的三個督軍--江蘇的李純、江西的陳光遠、湖北的王占元。這時，北京政府有錢，分享北京的政權也可以分享北京的收入和北京賦予合法有道的權威，戰勝南方的信心很高，戰勝了之后可以分享戰爭的果實--土地、資源和軍隊。北洋幾個集團能否團結對付南方，得看北京的政權財權如何分享、戰爭的果實如何分享。為了找出一個分享的辦法，北洋幾個集團舉行了一系列的會議。

第一次天津會議在1917年12月2日舉行，那時湖北的荊州、襄陽在石星川、黎天才領導之下宣布自主，湖南軍隊進攻岳州，北方大為震驚，對南作戰幾乎是一致的主張。從天津會議到1918年4月24日的漢口會議之間，南北形勢有了重大的變化，北方的團結發生了嚴重的裂痕。荊襄自主雖然失敗了，但鄂西的局勢并未平定。代表北方勢力的劉存厚被趕出了四川，龍濟光被趕到瓊州，陳樹藩被趕出了西安。不過在吳佩孚和張敬堯指揮之下，北軍下岳州、取長沙，以張敬堯任湖南督軍。曹錕之所以派吳佩孚軍入鄂入湘，第一是他有意于武漢的重要資源，第二是他怕奉系在關內的軍力伸張到長江。湖北王占元之所以容納北方軍隊入鄂，是因為岳州為南軍占領之后他受到威脅。但另一支由山東督軍張懷芝率領的征湘部隊，沿津浦路南下，到了浦口，卻被馮玉祥的第十六混成旅所阻止，而且馮玉祥有李純和陳光遠的支持。讓一支大軍經江蘇、江西去攻湖南，那對蘇贛兩省都是一大威壓。南北統一之戰必須以江蘇、江西、湖北為運兵的要道，這是長江三督基本上反對武力統一政策的關鍵。北洋勢力于是產生了第一個裂痕。

皖系為了聯絡奉系來對付其他北洋勢力，在1918年2月讓奉軍到秦皇島取用了日本運來的第一批軍械，但在3月間第二批日本軍械運來時卻不依照原定計劃分撥一部分給李純。這樣一來，皖系(主要是徐樹錚)的作風造成了長江三督和奉系之間不可調和的矛盾，李純和陳光遠甚至以辭職來反對奉軍南下。同時，為了酬答皖系的一大批軍械，張作霖提出他的政治要求：擁護段祺瑞組閣，行責任內閣制;撤換長江三督;東三省設立高等軍使，并且練兵三十一師;以武力平定西南。在這樣的皖奉聯合的情形下，段祺瑞希望能利用奉系同時控制曹錕，由曹錕而控制能征善戰的吳佩孚。他的引誘是讓曹錕出任兩湖巡閱使，另一面卻又推徐樹錚為直隸督軍以代曹錕，任命皖系的張敬堯為湖南督軍。湖北既然在王占元之手，兩湖巡閱使那一個輝煌的頭銜不過是一個空架子。北洋的團結于是產生了第二個裂痕。

在漢口會議時，張懷芝不出席，帶兵回到山東，怕重兵在外有失去山東根據地的危險;曹錕宣布他生了病，而且主張南北問題和平解決。漢口會議失敗之后，段祺瑞政策的重點在加強皖系與曹錕的關系，答應曹錕的兩湖巡閱使改成了川、粵、湘、贛四省經略使。曹錕在四川、廣東毫無勢力，只能在派兵作戰克服之后才有利可圖，湖南仍然在張敬堯手里，而江西督軍是親近曹錕的陳光遠。這就說明曹錕為什么仍然按兵不動。曹錕的對策是在1918年6月召開了第二次天津會議，他對南作戰的條件是：由中央政府擔負全部軍費;軍械由中央供給，他本人控制上海、德州和漢陽的兵工廠;他要求副總統的職位，以增強他在中央政府的力量。

第二次天津會議之后不久，皖系在南方的勢力急劇地衰退。張敬堯在湖南不但不能向濱湖平原以外發展，而且他的貪污橫行引起湖南人的反對;李厚基在福建敗于粵軍，福州的形勢危急。這是1918年8月的事。惡劣的形勢逼使段祺瑞向曹錕讓步，允許曹錕為副總統，希望能用他的兵力再進行統一之戰，也希望用他的關系調解段祺瑞與馮國璋及長江三督之間的沖突惡劣的形勢使曹錕提高了他的要求，四省經略使必須統轄四省的軍務，必須擴軍兩個混成旅和憲兵隊、警察隊，這樣一來經略使署每月的費用達一百三十萬元。

皖系和曹錕的關系還沒有完全調和，皖系和奉系的關系卻愈來愈壞。這也是1918年夏天的事。在關內的奉軍已經經費支絀，徐樹錚竟以奉軍的名義領了三百萬元，只發了一百八十萬給奉軍。西原借款，張作霖分到二百萬元，吉林的孟恩遠分到一千萬，徐樹錚也分到一千萬。不但如此，徐樹錚在東北招收土匪，編成軍隊，擾亂奉天的治安，引起奉軍中下級軍官的反對。段祺瑞不得不交還一百多萬元欠餉給張作霖，招收的三個旅也交給張作霖，而且奉軍借出的軍械也交還給張作霖。皖奉的關系暫時雖然沒有破裂，張作霖與徐樹錚的關系卻到了不可彌補的地步。

北洋勢力到1918年夏天已經破綻百出，段祺瑞的最后一著棋是選曹錕為副總統，希望能由此而團結北方，進行對南戰爭。但是梁士詒領導之下的舊交通系、影響之下的研究系和一些安福系議員，為了與南方和解，選岑春煊或陸榮廷為副總統，也因曹錕收買選票的價錢太低，而拒絕出席選舉，以致國會幾次開會都不足法定人數三百八十三人。副總統既然成了泡影，曹錕又進了醫院。

中央政府一天在皖系操縱之下，一天對奉系、曹錕、長江三督都沒有什么好處。例如龔心湛內閣宣布1919年的預算虧欠二萬萬元，發不出軍餉。但是徐樹錚的西北籌建使署有的是錢，安福要人王揖唐代表北方到上海跟南方進行和平談判也有的是錢。曹錕和張作霖才反對龔心湛，以靳云鵬代替他為國務總理。但安福系挾著他們在國會投票的能力，要求內閣之中司法、交通、財政三部長，財政、外交、交通、農商、陸軍五次長，山東、河南、安徽、浙江四省長必須是安福俱樂部的人員。這樣的把持中央政權只能加深皖系與曹錕、張作霖、長江三督的裂痕，同時加強反皖勢力之間的團結。所謂的直系--曹錕、吳佩孚、長江三督大概是在這時形成的。

由第一次天津會議，企求北洋四個集團的團結，到1919年春夏之間皖系的孤立，這當中的派系變化極其復雜。而變化的根本原因，一個是如何分享北京的政權財權與北京賦予合法有道的權威，另一個是對南作戰勝利的果實如何分享。在孤立的情況下，皖系又受到反日群眾運動的沖擊。1919年5月直到年底，因為山東問題，因為福建事件，皖系支持的中央政府在政治和道德上也變成了眾矢之的。

1920年3月和4月，直奉兩系兩度磋商，取得了一致的意見。徐樹錚必須退職，邊防軍必須由陸軍部統轄，安福俱樂部必須解散。段祺瑞堅持邊防軍不能交陸軍部。安福系堅持1918年的新國會決不能解散。從1917年的最大條件--以武力統一中國，皖系退讓到1920年7月的最低條件--保全軍事和政治的基本勢力。到最低條件也不能為直系奉系所接受的時候，南北戰爭就變成了直皖戰爭。戰爭中一個值得注意之點是皖系第一路軍(第十五師)劉詢的部隊不戰而退，讓吳佩孚能包圍皖系曲同豐率領的第二路軍。第二個值得注意之點是直系軍隊在直隸、河南、陜西、甘肅、安徽等地接受皖軍的投降，加以改編，于是勢力和地盤很快地擴充。奉系軍隊也在直隸、熱河、察哈爾收編了一部分皖軍，剩下的有地盤的皖系軍隊只有浙江的盧永祥、中立了的上海護軍使何豐林和福建的李厚基。第三個值得注意之點是失去了地盤的皖系敗軍，例如湖南張敬堯的第七師和游移于鄂西豫西的吳光新的軍隊，有的被當地軍閥收編，有的流為土匪。

皖系在戰爭中失敗，政治上的勢力也就隨之而消失。煊赫一時的安福俱樂部變成了非法組織，由安福系操縱的國會不能繼續它的立法功能。直系奉系在分享了戰勝的果實之外，還得重組北京的中央政府。這次從1920年7月14日到18日的戰爭本身的破壞性，也許比1917年反復辟的戰爭大一些。但是那一次反復辟戰爭，據北京政府的政治顧問G.E.Morrison的估計，只有二十七個人死亡！直皖戰爭本身的破壞性也許遠不如1916年的反袁之戰，更不如以后兩次的直奉戰爭。