軍統前身是“軍事委員會密查組”(1927年)、復興社特務處(1932年4月)、軍事委員會調查統計局第二處(1937年)。主要負責人為戴笠。軍統局內勤組織共有八處、六室、一所;外勤組織在各在城市設“區”，在各省設“站”，在一些重要城市“特別班”。其基本組織為“組”及直屬情報人員。

1946年戴笠乘坐飛機失事死后，軍統局進行改組，其公開特務武裝部分與軍委會軍令部二廳合并為國防部第二廳，由鄭介民任廳長;秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。1949年，軍統主要機構撤至臺灣。中統是國民黨CC系陳果夫、陳立夫控制的全國性特務組織。即中國國民中央執行委員會調查統計局的簡稱，它正式成立于1938年8月，其前身是1928年國民黨中央組織部調查科。中統局由國民黨中央黨部秘書長兼任局長，實際由副局長負責。陳立夫、朱家驊先后任局長、徐恩曾、葉秀峰先后任副局長。中統局在國民黨各省、市、縣黨部都有有分支機構，以黨政機關、文化團體和大中學校為活動重點，特務活動遍及全國。

到了臺灣，中統沒有了，只有軍統，陳立夫到了美國，開辦養雞場，日子過得很苦。后來，軍統逐漸演變成了現在的臺灣的安全部門。1949年蔣家王朝覆滅，“中統”和“軍統”隨著國民黨大陸統治的解體也在大陸覆滅了。但“中統”和“軍統”不少高級官員及分支機構的高級特工大都輾轉至臺灣，成為蔣介石在臺灣組建情治系統的中堅力量。蔣介石逃往臺灣后，為了維護其統治地位，實現其“光復大陸”的美夢，仍然繼續苦心經營他的特務組織，發展情治系統。所謂情治，就是情報治安的簡稱。

在1949年9月至1950年12月二年多的時間里，臺灣當局先后成立了“統一、強化所有情報工作”的政治行動委員會、臺灣情報工作委員會，以分析、研究、綜合情報為主要任務的總統府資料室，以訓練、派遣特務為主要任務的“革命行動委員會”，以專門搞武裝游擊騷擾活動為主要任務的“國防部”大陸工作處和黨務系統的國民黨改造委員會第六組等幾個特務機構，并相繼調 整了保密局、內調局和國防二廳三大特務系統的人事，蔣經國出任“總統府”資料室主任。

1952年，蔣介石進一步改組臺灣的特務機構，把“革命行動委員會”撤銷，在國民黨中央委員會下設第二組和第六組兩個特務機構，負責以大陸為主要目標的“敵后建黨”和“心理作戰”等特務活動。隨后又設立了“國家最高國防會議”，蔣介石自任主席。1954年10月，蔣介石仿照美國在國家安全委員會下設中央情報局的模式，在“最高國防會議”之下，。以“總統府”資料室為基礎，成立了“國家安全局”，隨著“國家安全局”的設立，“國防部”保密局和內調局等特務機構也相應地進行了調整：以保密局為基礎，將大陸處和內調局所屬對大陸進行派遣活動的機構改組為“國防部”情報局，成為專門對大陸進行特務活動的機構;以“內政部”調查局為基礎，將保密局中負責“保防”的部門劃歸“司法部”領導，成立“法務部”調查局，專門對臺灣、澎湖、金門、馬祖等地進行特務活動。

1958年5月，蔣介石又將“國防部”二廳改組為“國防部特種軍事情報處”(簡稱“特情處”)，1961年5月，它又擴編為“國防部特種軍事情報室(簡稱“特情室”)、專司搜集軍事情報和勾聯策反活動。同時在“保密局”骨干的基礎上，組建負責島內安全的警備總司令部和憲兵司令部。上述各情治機構，形成了密布于臺灣各地的情治網，成為維護國民黨在臺灣的統治和鎮壓人民的工具。

此后，還陸續地進行過多次調整，如1972年5月，以國民中央委員會的第三組為主體和第六組的一部分合并為國民黨中委會海外工作委員會;1973年，又將中委會第二組全部和中六組的另一部分合并成為國民黨中委會大陸工作委員會。蔣經國、李登輝主政臺灣時，也先后對臺灣的情治系統進行改組和強化。