1928年初，國民黨在中央組織部中設立專職情報的“黨務調查科”，此時，軍隊系統也有“參謀本部第二廳”，負責軍事諜報與電訊偵測;1931年，“中華民族復興社”(又稱“藍衣社”)的秘密核心組織“力行社”下設“特務處”，從事情報暗殺活動。1932年，黨務調查科擴充為“特工總部”，1935年改組為“黨務調查處”。

1937年4月，徐恩曾負責的“黨務調查處”與戴笠負責的“力行社”合并為“國民政府軍事委員會調查統計局”，由陳立夫任局長;原調查處為一處負責黨務，仍由徐恩曾任處長;原力行社為二處負責特務，仍屬戴笠管理。可以看出，初創階段的國民黨特務機關，組織機構變動相當頻繁。

1937年七七事變全國抗戰，1938年初國共達成合作，隨著國共第二次合作的形成和抗日戰爭的不斷深入，共產黨在國統區由完全秘密轉為公開;人民的抗日愛國運動亦日益高漲，勢不可擋。1938年春，蔣介石借口抗日戰爭時期國難當頭，為了防止日諜漢奸活動，提高工作效率，增強抗戰力量，在3月29日召開的國民黨臨時全國代表大會上決定把原有的國民政府軍事委員會調查統計局改組，擴大成為3個公開的特務組織：

一、以第一處為基礎，建立隸屬中央黨部秘書處的國民黨中央執行委員會調查統計局(簡稱中統或中統局)，局長由國民黨中央秘書長朱家驊兼任，徐恩曾任副局長，由徐負責日常實際工作。

二、第二處擴大為隸屬軍事委員會辦公廳的軍事委員會調查統計局(簡稱軍統)，首任局長由陳立夫兼任，戴笠任副局長。這個局簡稱“軍統”。

三、隸屬軍事委員會辦公廳的特檢處(主管郵電檢查)。

1 9 3 8 年 8月，國民政府軍事委員會調查統計局成立，簡稱"軍統"它是國民黨兩個主要特務組織之一。其前身是復興社的核心組織"力行社"的特務處。軍統局內勤組織共有八處、六室、一所;"軍統"的基本組織是"組"及直屬情報員，它們的特工人員分布到國民黨的軍隊、警察、行政機關以及交通運輸等各個部門。1940年4月，蔣介石為集中對日本軍隊電訊密碼的破譯力量，下令BIS“特種技術研究應用處”(6處)加強對日情報工作。在6處中，池步洲擔任了軍政部軍用無線電總臺第43臺主任。1941年5月開始，池步洲在破譯的日本外交密電中，他已感到日本要對美國“采取斷然行動”了，并判斷： 日本對美進攻的地點可能是在珍珠港， 發動戰爭的時間可能選擇在星期天。 軍統局破譯出日本海軍將要偷襲珍珠港的密電后，通知美國海軍，但孤立主義情緒泛濫的美國當局懷疑是中國挑撥日美關系，未引起重視，以致釀成嚴重后果。

1946年8月軍事委員會改組成國防部，軍統局的正式名稱亦改為國防部保密局。其公開特務武裝部分與軍委會軍令部二廳合并為國防部第二廳，由鄭介民任廳長;秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。解放戰爭期間，軍統主要對付共產黨，如在11月27日對關押在渣滓洞、白公館等地的革命志士進行了慘絕人寰的集體大屠殺，200多位革命志士倒在了勝利的黎明之前。

根據沈醉的回憶錄，戴笠曾任用張國燾組織對共產黨的情報工作，并在西北設置情報站，進行對我黨根據地的活動，但是由于張為高層叛變人員，并不清楚基層組織的運作方式，僅通過回憶錄的方式向軍統提供關于黨內的高層信息，在張國燾任職期內，滲透工作從未成功，之后張逐漸失去戴的信任，離開軍統。1946年戴笠乘坐飛機失事死后，軍統局進行改組，其公開特務武裝部分與軍委會軍令部二廳合并為國防部第二廳，由鄭介民任廳長;軍統局的正式名稱亦改為國防部保密局，毛人鳳為局長。專責保密防諜工作，確保國家安全。