初次親征

康熙二十九年(1690年)五月，噶爾丹借口追擊喀爾喀，率兵3萬(一說2萬)自庫楞湖(今呼倫湖)沿大興安嶺西麓南下，兵鋒指向北京。清廷命理藩院尚書阿喇尼率兵抗擊，失利于烏爾會河(即烏拉桂河，在今內(nèi)蒙古烏蘭浩特西)。準噶爾軍乘勢南進至烏珠穆沁(今屬內(nèi)蒙古)地區(qū)。七月初，清廷發(fā)兵10萬，采取分進合擊的方略，命福全為撫遠大將軍率左路、常寧為安北大將軍率右路，分別由古北口(今北京密云東北)、喜峰口(今河北寬城西南)出擊;又令盛京(今沈陽)、吉林將軍出兵西進，協(xié)同主力作戰(zhàn)。

康熙帝玄燁親率禁旅進駐博洛和屯(今內(nèi)蒙古正藍旗南)督軍。常寧部進至烏珠穆沁，清軍糧食給養(yǎng)缺乏，情況惡劣，與準噶爾軍遭遇，交戰(zhàn)失利南退。準噶爾軍遂長驅追擊，渡過沙拉木倫河，與福全部逐漸接近。康熙帝于七月十九日急令右路軍會同左路將準噶爾軍阻于高涼河(沙拉木倫河上游支流)北，令康親王愛新覺羅·杰書移師歸化(今呼和浩特)，斷其歸路。七月二十九日，福全偵知準噶爾軍屯于烏蘭布通，整軍前往。準噶爾軍列營于山坡上，因東西兩翼無屏蔽，噶爾丹命將萬余頭駱駝縛足臥地，背上加箱籠，蒙以濕氈，構成"駝城"，士兵依托箱垛，發(fā)射弓矢、火器，進行阻擊。清軍及時調(diào)整部署，以火器兵為前列，步兵繼后，騎兵為兩翼。八月初一，清軍集中火炮轟擊，自晡至暮，大破準噶爾軍的"駝城"，隨后步兵正面沖殺，騎兵從左右迂回夾擊，殺傷了非常多的準噶爾軍士兵。噶爾丹見勢不利，遂行緩兵計，遣使向清軍乞和，旋乘夜率部渡沙拉木倫河北撤，沿途焚燒野草，以遲滯清軍追騎。福全中計，致使噶爾丹逃逸。

康熙二十九年(1690年)十月初，福全所派侍郎等人傳信給噶爾丹，逾月未歸，他估計噶爾丹早已出邊逃循，且當時軍中糧草不足，只能維持幾天，鑒于此，便自作主張，下令回師。部隊歸至康熙帝軍中，康熙帝對福全不請示就自行撤回十分不滿，決定先回京再議罪?？滴醯巯刃谢鼐?，福全等留后。福全又將偵察噶爾丹行蹤的情報送交康熙帝過目，叛敵確實出邊，也一一認了罪?？滴醯郛敿疵Ｈ€師京城。

再征破敵

準噶爾軍在烏蘭布通之戰(zhàn)中兵敗之后退據(jù)科布多(在今蒙古國西部)，招集舊部，求援沙俄，圖謀再舉。為防御噶爾丹再次進攻，康熙采取了以下措施：調(diào)整部署，加強邊境守備;巡視漠北諸部，穩(wěn)定喀爾喀蒙古上層，將逃居漠南的喀爾喀蒙古分為左中右三路，編為37旗;設立驛站和火器營，溝通內(nèi)地與漠北地區(qū)的聯(lián)絡，專門訓練使用火銃火炮?？滴跞?1693年)，清廷詔噶爾丹前來會盟，噶爾丹抗命不至，反而遣兵侵入喀爾喀，康熙遂決定誘其南下一戰(zhàn)殲之。為使此次作戰(zhàn)順利進行，清軍在戰(zhàn)前做了充分準備：調(diào)集兵馬，征調(diào)大批熟悉情況的蒙古人為向導，隨軍攜帶5個月口糧，按每名士兵配備一名民夫四匹馬的標準，組成龐大的運輸隊，備有運糧大車6000輛，隨軍運送糧食、器材;籌備大量防寒防雨器具，準備大批木材、樹枝，以備在越過沙漠和沼澤地時鋪路。

康熙三十四年(1695年)九月，噶爾丹率騎兵3萬，東掠位于克魯倫河流域的喀爾喀蒙古車臣汗部，然后沿河而下，進駐巴顏烏蘭(今烏蘭巴托東南)以東地區(qū)，揚言借俄羅斯鳥槍兵6萬大舉攻漠南。康熙三十五年(1696年)二月，清廷發(fā)兵約10萬，分三路出擊：東路由黑龍江將軍薩布素率兵9000越興安嶺西進;西路由撫遠大將軍費揚古、振武將軍孫思克率兵4.6萬分別由歸化(今呼和浩特)、寧夏(今銀川)，越過沙漠，于翁金河(今蒙古國德勒格爾杭蓋西)會師，爾后北上;康熙帝玄燁親率中路軍3.4萬出獨石口(今河北赤城北)。三路大軍約期于克魯倫河一帶殲滅準噶爾軍。

康熙三十五年(1696年)五月初，中路軍先抵克魯倫河，逼近準噶爾軍。噶爾丹遙望清軍勢眾，遂棄廬帳、器械，乘夜西撤。

康熙帝即命馬思喀為平北大將軍，坐鎮(zhèn)巴顏烏蘭地區(qū);令費揚古西路軍截準噶爾軍退路，設伏襲擊;命內(nèi)大臣納蘭明珠盡運中路軍之糧以濟西師。旋自率前鋒追擊三日，至拖諾山(巴顏烏蘭東)而返。準噶爾軍退至特勒爾濟(今烏蘭巴托東南)時，僅剩萬余人。五月十三，清軍西路進抵昭莫多，距特勒爾濟30里扎營。費揚古以逸待勞，將東陣兵陳于山上，一部沿土拉河布防于西，騎兵主力隱蔽于樹林中，以孫思克率綠營兵居中，旋派400精騎至準噶爾軍營地挑戰(zhàn)，誘其入伏。噶爾丹果然將萬余騎全部出擊，追至昭莫多，即向清軍陣地猛撲。清軍居高臨下，依險俯擊，弩銃迭發(fā)，藤牌兵繼之，每進則以拒馬木列前自固。準噶爾軍初戰(zhàn)受挫，乃下馬力攻，冒矢銃鏖戰(zhàn)，傷亡甚眾，仍不退兵。費揚古見其后陣不動，知為婦女和駝畜所在，即令一部迂回橫沖，一部襲其后陣，準噶爾軍頓時大亂。扼守山頂?shù)那遘姵藙輮^擊，上下夾攻，斬殺3000余，俘獲數(shù)百人。

噶爾丹之妻阿努可敦等被擊斃。最后，噶爾丹只帶了幾十名騎兵脫逃。

三征決勝

經(jīng)過兩次大戰(zhàn)，噶爾丹集團土崩瓦解，康熙帝要噶爾丹投降，但是噶爾丹負隅頑抗。隔了一年，即康熙三十六年(1697年)，康熙帝又帶兵渡過黃河親征。這時候，噶爾丹原來的根據(jù)地伊犁已經(jīng)被他侄兒策妄阿拉布坦占領;他的左右親信聽說清軍來到，也紛紛投降，愿意做清軍的向導。噶爾丹走投無路，就服毒自殺。