太子已經(jīng)冊立，國本之爭算是結(jié)束了，可事實(shí)并不是這樣的。在冊立之后，朱常洛的待遇并沒有因此得到改善，地位也沒有因此而提升，處境依然很危險(xiǎn)，萬歷三十一年的“妖書案”就是一個(gè)很好的證明。“妖書”的大意是說神宗立朱常洛為東宮只是迫不得已，以后必定會改立常洵。

類似的“妖書”早在萬歷二十六年就曾出現(xiàn)過，名《憂危竑議》，此書假托朱東吉之口揭露了鄭氏的奪嫡之念，但由于神宗的壓制，此案未起波瀾。“妖書”在太子冊立后再次出現(xiàn)提醒廷臣，太子的位置依然不穩(wěn)固。而且，“妖書”的出現(xiàn)也不是空穴來風(fēng)，它與福王朱常洵之國的問題密切相關(guān)。為什么這么說呢？按照明代的定制，福王成年后就應(yīng)該到他的封地去，謂之“之國”，但鄭氏對于立儲并沒有徹底死心，還是把福王留在京師不讓他就藩，而神宗也是三番兩次地故意拖延，這實(shí)際上就釋放出一個(gè)信號，那就是雖然太子已立，但隨時(shí)都有可能被福王取代。于是廷臣爭相奏請福王之國。對此，神宗先以福王府邸未成為借口;四十年冬，福王府邸落成，首輔葉向高奏請福王之國，神宗傳諭說福王將于明春之國;到了第二年春天，并不見福王有之國的跡象，于是兵部尚書王象乾又奏催福王之國，對此，神宗說親王之國的時(shí)間是在春天，現(xiàn)在已經(jīng)快過了，明年再去吧。

對于神宗的推延政策，大臣早就洞悉，不斷上疏力爭。不久，神宗又傳旨說要想讓福王之國，必須要為他準(zhǔn)備四萬頃莊田。對于這一苛刻條件，首輔葉向高表示不可能辦到，但神宗仍堅(jiān)持四萬傾之說，并不退讓，欲以此繼續(xù)拖延時(shí)間。后又傳諭內(nèi)閣，欲以為太后祝壽為借口拖延之國日期，但此議為葉向高封還，他本人也以辭退力爭。后來在李太后的幫助下，福王終于四十二年三月就藩。至此，前后延續(xù)了近三十年的國本之爭才最終落下帷幕。

國本之爭中，神宗其實(shí)是傾向于立寵妃鄭氏之子為太子的，這種意向較為明顯。若非大臣前赴后繼地疏請、力爭，朱常洛最終能否當(dāng)上太子，就很難說了。如果說明代的大臣都是唯唯諾諾地聽命于皇權(quán)，他們?yōu)槭裁锤胰绱擞赂业貏裰G甚至頂撞君主呢。如果說皇權(quán)是至高無上的，那么為朱常洵為何未能如愿以償?shù)乇粌苑鉃樘幽兀克哉f明清時(shí)代遠(yuǎn)不是人們想象的那樣，皇帝的意志統(tǒng)領(lǐng)一切，一切都是專制的。皇帝的行為如果不符合禮法、規(guī)則(比如國本之爭中，皇帝一意想立朱常洛為太子的行為并不符合中國傳統(tǒng)社會立儲時(shí)“有嫡立嫡、無嫡立長”的原則)，也會遭到官員們的反對，從而在壓力下放棄自己的不合理行為。

更進(jìn)一步說，中國傳統(tǒng)政治文化中是存在約束皇權(quán)的力量的，只不過這種約束并非來源于制度性的強(qiáng)硬規(guī)定，而是官員對于政治合法性的理性堅(jiān)守，以勸諫、力爭甚至請辭等各種方式表達(dá)出來。當(dāng)然，我們不宜將這種約束看得過高，畢竟，這種約束并不能時(shí)時(shí)束縛住君權(quán)的越軌行為。