萬歷怠政原因很多，重要的有四條：

第一，擺脫戒尺。萬歷帝親政前，頭上懸著三把戒尺：張居正、馮保和李太后。所以他親政后就想擺脫這三把戒尺的束縛。

張居正是大學士，又是首輔，還是萬歷帝的老師，萬歷帝平常稱呼他的時候不直呼其名，而是稱先生，那是很恭敬的。因為張居正對萬歷帝要求非常嚴格，可能萬歷帝小時候就產生一種逆反心理，而張居正一死，便有人在萬歷帝面前進張居正的讒言。種種因素糾合在一起，導致萬歷帝在張居正去世兩年后下令抄了他的家。

太監馮保在萬歷初年做到司禮監掌印太監，權力很大。因為他和太后、和張居正關系都比較好，所以在約束萬歷帝方面也格外嚴格。

李太后在萬歷帝小的時候也住在乾清宮，一為照顧他，二為督促他。后來，萬歷帝漸漸長大，結婚、親政，李太后就從乾清宮搬到慈慶宮，對他要求也不那么嚴格，有一些事情就不大管了。

這樣，萬歷帝就不再受這三把戒尺的約束，性格中原來就有的任性、倔強，這個時候就更加發展。

第二，居功驕傲。萬歷帝繼位之后，年輕氣盛，血氣方剛，連著進行了“三大征”，就是三次大的戰爭。萬歷皇帝在12年時間里，取得東北、西北、西南三個地域三次重大的軍事勝利，史稱“三大征”。

第三，沒有競爭。萬歷帝上面的兩個哥哥都早死，他同弟弟朱翊镠是同母，也不存在皇位競爭。所以他登極前沒有競爭，坐上皇帝寶座以后又遇到一個所謂的太平盛世景象，就越發放縱自己;再加上萬歷帝比較任性，固執倔強，個性乖戾，一味從心所欲，便漸漸怠于政事。

第四，身體有病。萬歷帝身體不太好，經常生病。萬歷帝10歲登基，在位48年，二十多歲以后就時常以病免朝，到后來甚至創下了28年不上朝的紀錄，其糟糕的身體情況無疑是重要的原因。而其癥狀始終是“頭暈目眩”、“身體發軟”、“目疾足痛”之類的虛損癥狀，只是程度越來越嚴重，到其后期，已經是神思恍惚，步履艱難，連耳朵都近乎失聰。他身體的糟糕，在陵墓的建造上也能看出一些端倪。萬歷帝22歲的時候，就已經著手安排自己壽宮的建造，并在建造過程中，屢次視察與過問，這就是后來的定陵。陵墓耗時5年完工，這一年，萬歷帝才不過28歲。雖然古代帝王在活著的時候籌劃陵墓并不少見，但像他這般年紀輕輕就想到生死問題，而且如此重視，顯然與其身體虛弱，自感生年不永有關。

第五，怕被群臣罵。明朝是中國歷史上頗講言論自由的封建王朝。明朝推行言官制度，大臣們可以放開了提意見，上至國家大事，下至后宮瑣事，只要你有想法，可以盡管說來，不要害怕得罪皇帝。明代君主不愿背上“昏君”、“殺諫官”的罵名，實在氣極了，最多也只是“廷杖”，在言官的屁股上狠狠地打一頓而已。敢于罵皇上，直接罵，毫不留情地罵，在中國歷史上以明朝最為突出。大理寺左評事雒于仁上《酒色財氣四箴疏》，幾乎就是對萬歷帝指著鼻子破口大罵，把萬歷帝描繪成一個好色、貪婪、殘暴、昏庸、無能、懶惰……總而言之五毒俱全的、一無是處的皇帝。這不是進諫，簡直就是人身攻擊、誹謗侵犯名譽。但萬歷帝最后給他的處分不過是革職為民。這以后，給萬歷帝上書進行無端謾罵的官員更是絡繹不絕，對這種群狼式的圍攻、暴風雨式的謾罵，皇帝沒了脾氣，只能裝聾子不理睬。雒于仁還有一個革職的處分，后來者，則什么處分都沒有。萬歷帝選擇了沉默，選擇了躲避。