古人云：得關中則得天下。六盤山地區的蕭關則是關中地區的北大門。秦朝曾從這里發跡，漢武帝曾到此巡視。1039年，北宋和西夏的戰爭在六盤山地區爆發。宋仁宗時期，北宋與西夏之間發生了三川口、好水川、定川等3次大規模戰役，宋軍失敗與西夏達成了“慶歷和議”。這次平等和議換得了宋夏將近半個世紀的和平。不過，后來到了宋神宗、宋哲宗統治時期，宋夏之間又爆發了戰爭。1119年，宋軍在童貫、種師道的率領下，攻克西夏橫山之地，西夏失去屏障，西夏崇宗向宋朝表示臣服。1127年，北宋被金朝所滅。西夏蠶食宋朝西北領土，宋夏戰爭結束。蒙元時期，成吉思汗、蒙哥汗和大元皇帝忽必烈等幾代帝王，之所以選擇這一地區作為南下消滅西夏、斬金虜宋和西征中亞的后勤基地，這充分說明其戰略位置堪為重要。

由于西夏多次背盟忘義，又聯金抗蒙，對蒙古政權構成了嚴重威脅。1226年，西征回師蒙古后的成吉思汗，不顧年老體邁和鞍馬勞頓，親自率軍6次征討西夏。最后一次征討正值酷夏，途中狩獵落馬后，高燒引發傷病，于是不得不在清涼的六盤山行宮停駕，避暑消夏。根據資料考證，成吉思汗駐蹕六盤山，主要活動地點有兩處：一是六盤山腹地、涇河源頭的涼殿峽;一是六盤山下的行宮、后來成為安西王府的開城。有學者認為，涼殿峽中的“殿”字透露出了這里不同尋常的歷史。也許是被六盤山的美景深深陶醉，也許是一生征戰過于疲勞、需要休養生息，也許是為了等待最佳戰機，成吉思汗在這里盤桓了兩三個月，直至告別人世。在涼殿峽，后人看到了許多隨意散落的石器，包括石墩、石槽、石礎、石柱、石條、插旗臺等，其中飲馬槽等石器鑿刻細膩、保存相當完好。這些明顯供屯兵、牧馬、生活所用的石器是否就是成吉思汗駐軍所留？《化平縣志》(即今涇源縣)中的記載表明，前人不僅早就注意到了它們，而且認定其與成吉思汗在此避暑的歷史經歷有關。

與涼殿峽優美的自然風光相比，成吉思汗在六盤山的另一處重要活動地點開城則完全是另一番景象。開城遺址位于現在的固原城南約20公里處。成吉思汗病逝后，繼任者太宗窩闊臺、憲宗蒙哥、世祖忽必烈就是由此發兵征討四方的。如今已風光不再的開城留下了大量當時的文物，其中有皇家通用的琉璃構件，也有石雕龍、銅權、長頸銀瓶、鐵質三足盆、琉璃四足香爐等難得一見的珍品，還有重達50克的金手鐲。城中作為附屬建筑的延厘寺，格局與當時京城的寺院基本相同。開城當年的建造規模以及當年居住在城中的人們的生活狀況由此可見一斑。

據史書記載，成吉思汗臨終遺言有三：一是蒙古汗位繼承的問題。他反復給自己的兒子們講多頭蛇的故事，警告兒子們要認識到團結的重要性，并直接告訴自己的兒子們要遵從他的旨意，擁立三兒子窩闊臺為汗位繼承人，把帝國的權柄交給窩闊臺，并且要兒子們立下文書，保證把他的決定當成肉體上的靈魂，不許惹起禍端，更不能違反他的法令。二是提出“聯宋滅金”計劃和方案。他說，金朝的精兵在潼關一線，南接連山，北靠大河，一時難以攻破取勝。只有聯合宋朝，讓宋朝舉兵唐、鄧一線，逼近大梁。金兵必然增兵潼關。金兵千里增援潼關，人馬疲憊之時，汗國再出兵一舉破金。三是指出消滅西夏的方法。他告訴自己的部眾，等他駕崩后，封鎖消息，密不發葬。等待西夏兵眾從城里出來時，擇機將其殲滅。一代天驕的“六盤山遺囑”，最終生效，對蒙古汗國消滅西夏和金國的戰爭中得到了應驗。

長期以來，關于成吉思汗的去世地點有3種說法：寧夏六盤山、甘肅清水縣、寧夏靈武。他們的根據是：成吉思汗病逝時正值炎炎盛夏，在當時的交通條件下遺體不便于長途移動、送到遠處安葬。但這樣的觀點也沒有得到廣泛認同。

成吉思汗墓地成為難解之謎與蒙古族獨特的喪葬習俗有直接關系。按習俗，蒙古“汗”的墓地都是保密的，地面無跡可尋。據史書記載，蒙古族的王公貴族死后的遺體多被裝入鑿空的粗木之中深埋地下。下葬后，人們在母駱駝的面前殺死子駱駝，然后放馬將留有子駱駝血跡的地面踏平，再派兵守護，直到地面長出青草、與周圍的土地毫無異樣之后才撤兵而去。此后如果要到墓地祭祀，則由母駱駝引路，它們悲鳴的地方就是墓地。成吉思汗墓葬地點的撲朔迷離，更給六盤山蒙上了一層神秘的色彩。

成吉思汗在寧夏南部的六盤山一帶度過了最后歲月，這一點是毋庸置疑的。

成吉思汗病逝后，再到蒙哥汗即位時，將京兆(今西安)列為忽必烈的封地。忽必烈重用漢人，推行漢法，得到了關中百姓的愛戴。1253年，忽必烈駐軍六盤山，與蒙傳佛教薩迦派結成了深厚的政治和宗教關系，并多次會見八思巴，接受宗教灌頂。這一切對后來西藏納入中國的版圖和祖國的統一，都尤為重要。

1258年，蒙哥汗率軍進攻宋國，六盤山為進攻宋國的軍事基地和后勤保障的大本營，并且后續駐兵2萬于六盤山地區。是年，蒙哥汗的夫人也在六盤山病逝。

蒙哥汗死后，忽必烈和弟弟阿里不哥爭奪汗位，六盤山又成了西部主戰場。后來，忽必烈的兒子忙哥剌被封為安西王，安西王府所在地是固原地區的開城，那也屬于六盤山地區。忙哥剌的兒子阿難答繼承安西王王位后，由于政治上的不成熟，將自己卷入元朝皇位之爭，最終失敗，直接導致安西王的王號被廢除。

1206年蒙古大漢建國到1368年元朝滅亡，共162年。期間，和六盤山發生政治和軍事聯系的，斷斷續續算起來就有80余年。蒙元政權在膠著和飄忽的162年里，無論經歷了多少禍福興衰，六盤山地區都是歷史上有事實記載的見證地。