萬歷十年六月二十日(新歷7月9日)，張居正病逝，撒手人寰。死后，神宗為之輟朝，贈上柱國，謚“文忠”。他帶著平生的抱負埋入了江陵的墓地。張居正一切的改革著已于地主階級的長遠利益，因而不得不在某些方面損害一些官僚、大地主的利益。他死后，有些人就開始了肆意的報復和攻擊。而神宗呢？居正在位時，他不是一直尊其為師嗎？那是出于需要與無奈。他早已耿耿于居正的震主之威。作為一個聲名顯赫的歷史文化名人，輔佐年幼的萬歷皇帝十多年，一人之下萬人之上的內閣首府。萬歷皇帝為何恨毒張居正？一代名相與李太后之間真的有曖昧？

我們都知道，明朝出現的皇帝各個身上都帶有按現在說就是”奇葩“的事，而在一系列奇葩的事情之中，萬歷皇帝無疑是最為有趣的皇帝之一，他的一生可以既可以說糊涂著(做了28年的皇帝除登基外，幾乎不上朝，天天吃喝玩樂，但最意外的是一個皇帝不上朝的國家，竟然風調雨順，國泰民安。)，又可以說別扭著(想要廢掉自己不喜歡的長子，改立自己喜歡的鄭貴妃的兒子，結果和大臣展開了數年的斗爭，不過不管怎么打怎么吵，太子就是不能換，最后老娘一句”汝為宮婢之子“徹底把萬歷打趴)，不過不管怎么說，張居正對萬歷皇帝的一生都是產生了強大的影響力的。

童年時候的萬歷皇帝朱翊鈞，是個極其早慧的孩子。他被立為太子，是在隆慶二年(1568年)，而他的母親李氏，并非朱載垕的正房，他做太子后，后宮之主是沒有子嗣的陳皇后。而后隨著萬歷正式登記，在經歷為隆慶皇帝的兩位遺孀上尊號時，由于陳皇后是正式所以當然的升為皇太后，但萬歷的親母李貴妃作為皇上的生母，按理說也可以進封皇太后的。但是，為了顯示兩個皇太后的差別，則應在陳皇太后前邊加兩個字的尊號。但在馮保與張居正商量：鑒于李貴妃擔負著小皇上的監護作用，兩宮太后不應該有差別，都應加兩個字尊號。雖然，這件事在禮部實施過程中遭到一些官員的反對，但因張居正的強力支持，最終獲得通過。陳皇后的尊號是仁圣皇太后，李貴妃是慈圣皇太后。從此，兩宮太后遂無差別。而這一手段也為李太后進入朝廷內部最好了位置基礎。

不過不管怎么說，一個28歲的女人，一個10歲的孩子，如何才能運行好朝政呢？這下張居正就進入了他們的眼前。短短的一個月時間，李貴妃換掉了內相外相，馮保與張居正聯袂登場，從而拉開了萬歷新政的序幕。而正是這一序幕的拉開，也將李太后與張居正緊緊的拉在了一起。

李太后對待自己的兒子萬歷皇帝，管教極嚴，兒子登基的頭幾年，她將國事托付給張居正，而讓兒子以讀書為主。皇帝讀書，叫出經筵。張居正親自給萬歷皇帝挑選了六位講臣。每逢在文華殿聽講歸來，李太后便邀來陳太后，讓兒子將聽講的內容復述一遍。小皇上講完了，李太后就問陪皇上聽講的馮保，皇上講的是否有錯漏。如果全部都講對，就給予褒獎;如果有錯漏，就給予懲處。有好幾次，小皇上因為逃學而被罰長跪。

但隨著萬歷的成長，萬歷大婚后李太后就不在時刻管理萬歷的言行，但就在萬歷如釋重負后，一日他叫來兩位宮女要他們唱時令新曲。而所謂時令新曲，類似于今天的流行歌曲，但在明朝時它就是艷曲。兩位宮女不會唱結果萬歷就要將二人斬首，幸好身邊的侍從阻攔才沒有，但是隔天李太后就知道了，知道后大怒，直接跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤銷萬歷皇帝的九五至尊地位的決定，改讓潞王繼承皇位。萬歷嚇得三魂出竅，六魄離身。他跑到李太后面前長跪不起，乞求得到寬恕，并保證悔過自新。李太后在陳太后的一再勸說下，終于松了口氣，但仍堅持說：“能不能留你，要看張先生的態度。”張居正在李太后的授意下，寫了一道勸誡皇上“慎起居”的奏疏。《明史·李太后傳》中說張居正“具疏切諫”，過幾天，張居正又遵李太后的懿旨，替萬歷皇帝代草“罪己詔”頒示天下，此場風波才告平息。而正是這件事后萬歷對張居正深為倚賴，信任有加;但在內心中深處更潛藏了一份不滿，而這不滿的就來自張居正與李太后之間。

而如何看穿這一份曖昧呢？答案就在李太后的貼身侍女徐氏身上。徐氏也就是一個大字不識的村婦，可是，張居正這個一向標榜賞罰分明并以此作為其執政理念的人物，卻對這樣一個村婦侍女關照有加。第一，他封(當然是以皇帝的名義)這個村婦為佑圣夫人。別小看“夫人”這個稱呼，在那個年代，對一個女人來說，除了沾丈夫的光獲得什么夫人的封號，極少有女人有此殊榮！這比男人獲得公侯的封爵還要難。更有甚者，張居正還親自安排，破格升任徐氏的兒子擔任錦衣衛的指揮僉事！要知道如果僅僅為了搞好和李太后的政治關系(本來就不錯)，或者討好李太后，有必要如此嗎？至少，沒有必要如此過份吧？而在這一切的背后肯定是有著什么不可告人的秘密的。

而正是這么一點點的小火星，在張居正的政敵面前就是一場大火，隨后萬歷皇帝新仇舊恨加在一起就抄了張居正的家，并且有些恨不得讓張居正遺臭萬年，跺著腳罵張居正，但不管怎么否認;從現實來看，最起碼有一個地方實際上是想否也否不掉，那就是張居正死后給明帝國留下的可觀家底：存糧可支10年只用;太倉庫存銀600萬兩;太仆寺存銀400萬兩;國庫存銀共計1000萬兩。——而且這個還是明朝歷史中的最高紀錄;而自從張居正死后，李太后再也沒有過問政治。她的兒子朱翊鈞迅速變壞，乃至40年不上朝。奇怪的是，李太后也沒有作出任何指責。她的態度為何有180度的大轉彎呢？這里頭大概有兩重原因：第一是兒子大了，她再也無法管教;第二是張居正過早去世，她失去了可以信賴的后援而心情沮喪。而至于張居正與李太后之間的曖昧是真是假都隨著大明王朝的衰落而無影無蹤了。

張居正把持朝政多年，有些事情無論對錯沒有按萬歷皇帝自己的意志來行使，皇權是一直在強化，在這種體制下沒有一個皇帝容許相權凌駕皇權，這不是是非問題也不是國家問題，是統治集團內部的權力問題，因此萬歷皇帝自然恨張居正。