14世紀開始的歐洲宗教改革到16世紀路德和加爾文時期達到頂峰，基督教內部由此發生了巨大震蕩，失去了歐洲北部轄區的羅馬教皇損失慘重。但一部分知識分子出生的基督徒徒站在了教皇一邊，決定以自己的努力挽回頹勢，赴東方傳教和擴大影響力，將在歐洲的損失從別的地方挽回來，由此建立了不少組織，其中耶穌會是最大的男修會。該會1534年由西班牙貴族羅耀拉在巴黎大學創立，1540年得到教皇保羅三世批準。羅耀拉先后在巴塞羅那阿爾卡拉和薩拉曼加等大學、巴黎大學攻讀，創辦了羅馬學院和德國學院。他的經歷決定了其宗教活動具有尊重科學知識的眼光和條件。

經受了宗教改革猛烈沖擊的天主教也在反思自己的過失，從內部完善和改革。

比如羅耀拉不滿羅馬教會僧團的腐朽無能，他按軍事組織原則建立自己的僧團。耶穌會不再奉行中世紀宗教生活的許多規矩，如必須苦修和齋戒、穿統一制服、過隱修生活，而可以滲入社會各個階層，參與各種活動。如開辦學校、醫院、投資工商業、進行科學研究，等等。還可以出入宮廷，擔任懺悔師，以此推進海外傳教。到東方的傳教士最早的有圣方濟各·沙勿略，1556年圣羅耀拉去世后，其會士已遍布全世界。到中國的傳教士中影響最大的有利瑪竇、湯若望、南懷仁等。

不論耶穌會對教皇的愚忠達到了什么程度，但從其可以跟政商學各界往來這一點，就足以說明耶穌會的傳教完全可以歸為文化交流，而不能以文化侵略一言蔽之。尤其在西方對中國大規模武力活動尚未開始、歐洲教會和王權對立的時代，將其認定為政治軍事侵略先鋒之類更是妄談。他們通過獨立的文化活動搭建起了東西方文明交通的橋梁。雖然后來由于雙方各自的失誤，兩種文明失去了繼續交流的寶貴機會，最終以鴉片和打炮代替和平交流，但留給人們很多思考空間。尤其沙勿略對文化交流的思考，極有參考意義。

1540年，沙勿略作為耶穌會的首批傳教士前往印度、日本等地傳教。他在印度傳教時得出的經驗是必須有品德高潔學識淵博的傳教士才能完成使命；在日本的經驗是要想傳教必須學會本地文字；要想在東方增加基督教的魅力，必須利用西方已經發展起來的自然科學為工具。沙勿略46歲因瘧疾病故，未能踏上中國大陸。但他的努力激勵了耶穌會的后人；他的傳教經驗通過書信傳到歐洲，成為后繼者傳教的寶貴經驗和敲門磚。1582年利瑪竇得以成功地將基督教傳入古老的中國，從他的行為中足見他對沙勿略經驗的利用及作用。比如他本人取中文名字，學漢語并以中文版本傳教、穿中國服裝、精心傳播科學知識，等等。他還將中國文化中敬天的元素用于宗教命名，將基督教翻譯為天主教；改革天主教葬禮，比如將全身涂橄欖油改變為額頭涂油，以就中國男女禮節和風俗。這些入鄉隨俗的文化活動極大地減輕了傳教阻力。

目的和手段有時會倒置，耶穌會的傳教和從事科學活動，一定程度上就發生了如此錯位。

利瑪竇解釋來中國的原因時說：“我們是從遙遠的西方而來的教士，因為仰慕中國，希望可以留下，至死在這里侍奉天主。”但當他以科技活動在中國上層圈子里活動順利時，不知不覺將主要注意力轉移到了這個方面。利瑪竇的后繼者湯若望、南懷仁、白晉、衛匡國、柏應理，等等，都因為傳播科技有功，在中國上層有非常廣泛的人脈。傳教士還用奎寧治好了康熙皇帝的瘧疾，西醫也得到康熙皇帝及上層社會的贊譽。南懷仁還是康熙皇帝的科學啟蒙老師，精通天文歷法、擅長鑄炮，是當時國家天文臺（欽天監）業務上的最高負責人，官至工部侍郎，正二品。

羅馬教廷不可能徹底忘了這批傳教士。

當差使將他們在中國承認和容忍教徒拜天祭祖等消息帶到西方后，引起了教會和宗教裁判所的憤慨，他們指斥傳教士失職，批評中國人拜天祭祖是迷信，要求傳教士回西方參加辯論。耶穌會士們寫了關于中國信仰和文化的文字預備到歐洲應對答辯，說明中國人的祭祖拜天地都不是迷信，而是禮儀。他們將此文件讓康熙皇帝過目。康熙不僅站在他們一邊支持，還對文書進行了高度評價：“書甚善，諧于天道。敬天事主，法祖尊師，孝父母，乃吾天下臣民習俗。此書固善，無需勘改。欽此！”御筆很少如此不吝，康熙的誠懇態度由此可見。

但羅馬教會毫不讓步，雙方的對立不可避免地發生了，這批傳教士的教籍與身份甚至人身安全都成了問題，如果他們回去的話。

在這種情況下，康熙皇帝對在華耶穌會教士們說：你們別回去了，就在中國傳教，我可以給你們發綠卡（當時是一個紅本本）。那批耶穌會士中的不少最后就是死在了中國。北京車公莊的外國傳教士墓葬群中，長眠著包括湯若望、南懷仁等人的一批外國傳教士，其中就有拿到中國綠卡的。