萬(wàn)歷即位后，平反了一樁明王朝歷史上最大的集體冤案，下詔為“靖難”中為建文帝盡忠而慘死的諸臣建廟祭祀，如徐達(dá)的長(zhǎng)子徐輝祖、被誅殺十族的方孝孺以及卓敬、盧迥等人，并對(duì)他們的后裔給予撫恤。

終明一朝，總在不斷地制造冤案然后平反，再制造冤案再平反循環(huán)。一般說來冤案平反的周期并不長(zhǎng)，有些是制造冤案的皇帝自己“撥亂反正”，有的是先帝死后，新皇帝登基后，馬上用平反來收拾人心，也就幾十年左右。而建文朝諸忠烈被殺是十五世紀(jì)初，此時(shí)到萬(wàn)歷平反，已是十六世紀(jì)末，將近兩百年，時(shí)間也太長(zhǎng)了點(diǎn)。

為什么經(jīng)過這樣長(zhǎng)的時(shí)間才給他們平反？

大家都知道，明朝的帝系在明成祖朱棣那里拐了彎，發(fā)生變故，帝位從長(zhǎng)房建文帝那里轉(zhuǎn)移到第四房燕王朱棣那里。朱棣不起兵“靖難”奪了江山，他的后裔不可能當(dāng)皇帝，萬(wàn)歷也頂多是個(gè)飽食終日的藩王而已——明朝的歷史一旦改寫，有沒有萬(wàn)歷帝朱翊鈞這個(gè)人存在還難說，萬(wàn)歷帝當(dāng)然要感謝自己祖宗起兵篡位。

朱棣當(dāng)年以“靖難”、“清君側(cè)”之類的名義造反，攻陷了南京城，建文帝化裝成和尚遠(yuǎn)遁，朱棣謊稱建文已經(jīng)自焚致死，自己便坐了皇位。他如此做是想極力宣揚(yáng)自己不是篡位，而是合理合法地繼承皇位。這顯然是在玩騙人的把戲，如果自己不想篡位，當(dāng)時(shí)建文的兒子還在，為什么他不做輔佐成王的周公呢？而將人家兒子禁錮了半個(gè)多世紀(jì)。朱棣無(wú)論如何解釋，也違反了明朝最重要的政治程序——帝位的嫡長(zhǎng)繼承制，用現(xiàn)在的話來說，是嚴(yán)重的違憲行為。所以劉伯溫的兒子劉璟被朱棣抓獲后，依然稱朱棣為殿下而不是陛下，而且說：“殿下百世難逃一個(gè)篡字。”

因此對(duì)成祖朱棣來說，帝位繼承的不合法是他一生最大的傷疤，誰(shuí)揭這個(gè)傷疤將會(huì)得到最殘酷的報(bào)復(fù)，由此也能說明他為什么要誅人家十族那樣殘忍。明末清初的張怡在《玉光劍氣集》中說道：“文皇(朱棣謚號(hào)為“成祖文皇帝”)誅殺忠義，不遺余力，雖從來待帝國(guó)巨憝，未有若此者。”當(dāng)時(shí)建文朝忠臣被殺后，兒孫或被殺或充軍，妻女被發(fā)配到教坊司(主管特殊行業(yè)的機(jī)構(gòu))當(dāng)妓女。張怡舉例說，茅大芳的妻子在教坊司被凌辱致死后，朱棣御筆批示：“著錦衣衛(wèi)分付上元縣，抬去門外，著狗吃了。”黃子澄的四位女親屬，被二十幾個(gè)漢子輪奸，懷了身孕，生了男孩令作妓院的小龜奴，生了女孩，朱棣親批：“由他不得，長(zhǎng)到大，便是一個(gè)淫賤材兒。”——這哪是文皇帝的作派，分明是厲皇帝、煬皇帝的作派。

如張怡所說，朱棣對(duì)這些忠臣比對(duì)敵國(guó)的大奸大惡還要狠毒，這也不是沒有緣由的。和敵國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)，俘虜敵國(guó)君臣，這是大多數(shù)人都能接受甚至加以贊揚(yáng)的壯舉，當(dāng)然可以對(duì)俘虜寬厚以示仁義。王朝更替也很好解釋，就如朱元璋推翻元朝，可以說自己是天命所歸，因?yàn)樵蓙y，元朝統(tǒng)治者貪婪殘暴是事實(shí)，起義兵解萬(wàn)民于倒懸，是替天行道，所以沒必要對(duì)俘虜那么兇狠。而自己鬧家務(wù)事，叔叔篡了侄子的位，不能說天命已移，也不能說替天行道。只能說侄子被奸臣們蠱惑、左右做出傻事，起兵是為了保衛(wèi)祖宗留下的社稷江山。

那么，要證明“造反有理”，自己不是篡位，要把罪過推到建文帝的臣子身上，是他們離間皇室骨肉，是他們搬弄是非，因此必須嚴(yán)酷鎮(zhèn)壓。

朱棣的篡位和對(duì)建文朝忠臣的殘害，是留給他后代子孫最大的歷史包袱。他的兒子、孫子、曾孫即位，都不能也不敢懷疑自己祖先對(duì)這一重大歷史問題所作出的定性，否則的話就說明自己屁股下的龍椅來路不正，簡(jiǎn)而言之，當(dāng)年造反有理不容懷疑。盡管包括皇帝在內(nèi)心里都明白，那些被成祖殘酷迫害的建文舊臣都是忠義之士。在最推崇道德禮法的大明朝，一群道義上最值得人尊重的士人，其冤屈卻沒人敢為其鳴冤。——因?yàn)檫@不是簡(jiǎn)單的刑事案件平反，亦非一般的政治案件翻案，而是直接動(dòng)搖皇權(quán)合法性來源的根本性事件，包括皇帝在內(nèi)沒誰(shuí)敢輕易作主。

但血跡總在時(shí)光中一點(diǎn)點(diǎn)被沖淡，對(duì)當(dāng)時(shí)朱棣當(dāng)皇帝的合法性質(zhì)疑也一點(diǎn)點(diǎn)在沖淡，因此朝廷對(duì)建文君臣的看法悄悄地發(fā)生改變。先是英宗復(fù)辟后，想到自己被弟弟景帝囚禁的滋味，將心比心，釋放了建文帝的兒子建庶人，由于長(zhǎng)期與世隔絕，這位龍子鳳孫分不清豬牛。但這只是人道主義關(guān)懷，對(duì)“靖難”的政治定性，都得小心翼翼回避，不能涉及。可是，有一個(gè)尷尬的現(xiàn)實(shí)是，方孝孺的人仍這樣然蒙冤，似乎在向整天喊忠孝的文臣們昭示一個(gè)簡(jiǎn)單的道理：向勝利者低頭，不要對(duì)失敗者愚忠，造反只要成功就有天然的合法性。——這個(gè)結(jié)對(duì)朱棣以后的每個(gè)皇帝來說，解不開就有后遺癥。比如武宗正德皇帝荒唐異常，不把祖宗江山當(dāng)回事，野心勃勃的寧王朱宸濠在南昌造反，理由和當(dāng)年朱棣相同，真是有樣學(xué)樣。如果不是王陽(yáng)明及時(shí)剿滅，寧王真的坐了江山，誰(shuí)敢說他是篡位呢？

到了萬(wàn)歷帝時(shí)，距朱棣篡位已經(jīng)近兩百年了，皇帝這把龍椅，當(dāng)年是騙來的，是搶來的還是合法繼承來的，已經(jīng)不重要了，時(shí)間讓不合法變成了合法。這有點(diǎn)像一個(gè)人占有某份本不屬于自己的財(cái)產(chǎn)，長(zhǎng)期無(wú)人提出異議，最后相關(guān)民事法律認(rèn)可他對(duì)該財(cái)產(chǎn)的所有權(quán)。帝國(guó)已進(jìn)入暮年，當(dāng)政者最大的希望是利益格局穩(wěn)定下去不被人打破。此時(shí)，就得大力提倡方孝孺對(duì)建文帝的赤膽忠心，也需要一再?gòu)?qiáng)調(diào)曾被自己祖先朱棣破壞的程序法。也就是說，當(dāng)年自己的老祖宗造反有理，現(xiàn)在造反有罪。如此，為方孝孺等建文朝忠臣平反并修紀(jì)念碑，既是一種政治需要，而且時(shí)機(jī)也成熟，對(duì)政局不會(huì)有負(fù)面影響。

萬(wàn)歷帝本人對(duì)建文帝非常感興趣，他登基后多次問張居正建文帝最終下落，是不是真的去當(dāng)和尚了。而且讓張居正將一首傳為建文所寫的七律抄錄進(jìn)呈。詩(shī)中說道：“淪落江湖數(shù)十秋，歸來白發(fā)已盈頭。乾坤有恨家何在，江漢無(wú)情水自流。”萬(wàn)歷和建文性格有些相似，優(yōu)柔寡斷而文才出眾，這大約也是為建文忠臣平反的一個(gè)原因，但不是主要原因，主要原因是政治需要。而恢復(fù)被朱棣削奪的建文年號(hào)，追謚建文為惠宗，也就是說恢復(fù)歷史的本來面目，承認(rèn)建文是合法的皇帝，徹底了解這一歷史公案，則推遲到崇禎年間，離明亡沒幾年了。

張怡評(píng)論朱棣對(duì)待建文忠臣的家屬 “慘動(dòng)天地”，“以見烈皇帝(崇禎)殉社稷，死事寥寥，非無(wú)故也。”當(dāng)年祖先那樣對(duì)待方孝孺?zhèn)儯F(xiàn)在自己到了山窮水盡的地步，卻希望臣子們都學(xué)方孝孺，世上哪有這樣的好事。