對于張獻忠“屠川”之說，清朝時的書籍中，其可信度有些值得懷疑，有一些歷史學家持懷疑態度。他們認為，這些史料多半出自清朝的官方正史和御用文人，有嚴重的污蔑、栽贓的傾向。

其一，攻占四川意圖

從張獻忠的主觀意圖來看，張獻忠入川的本意是要奪取四川作為根據地，既可出漢中定西北，又可下長江定江南，重演隆中對的策劃，退則可割據一方，天下有事則坐山觀虎斗，天下無事則舉蜀而降，也可以封王封侯。1644年張獻忠好不容易攻進成都，建立了自己的國家。建國之后就拼命招徠四川人才，并發布“三年不征錢糧”的政治號召。很難想象他一邊建國，一邊又大肆屠殺民眾而自毀長城。

其二，安撫當地百姓。

以張獻忠經營四川的第一年情況來看，“屠蜀”是不符合事實的。1644年，張獻忠進軍成都時，明朝守土官員曾問張獻忠入川的意圖何在。使者回答說：“暫取巴蜀為根，然后興師平定天下。歸誠則草木不動，抗拒即老幼不留。”。所以他在入川初期是非常注重團結所有有可能團結的力量的，打擊的對象僅限于與大西政權為敵的官紳，除了抵抗者之外，并不濫殺無辜。

他在攻打瀘州的檄文中說：“凡我軍士，如有借故滋擾，株連良民，及其他淫掠不法情事者務須從嚴查辦，賠償損失。

保存至今的大順二年(1645)《大西駁騎營都督府劉(進忠)禁約碑》鄭重聲明：“本府秉公奉法，號令森嚴，務期兵民守分相安，斷不虛假不許擅自招兵，擾害地方;不許往來差舍擅動鋪遞馬匹兵夫;不許地方武職擅受民詞;不許假借天兵名色擾害地方;不許無賴棍徒具詞詐告，妄害良民;不許文武官員擅娶本土婦女為妻妾。”違者按碑律斬殺。這是張獻忠起義軍注意紀律的鐵證。

與張獻忠接觸頻繁的西方傳教士曾統計過，張獻忠在成都建立政權之初，“在朝之官統計千人”，而其中大部分是在四川吸收的。至于那些未及入仕的知識分子，在張獻忠攻克成都后，或“入學”，或“習舉業”，以至于當大順二年“開科取士”時，“應詔者不下數千”。

如果張獻忠入川后發動大規模屠蜀或鎮壓官僚士子事件是真的話，上述原明官吏轉到大西政權尋求保護，或是知識分子在新朝積極考取功名的現象是不可能出現的。而當時的真實情況就是大西軍占領四川的初期，各地社會秩序比較穩定，地主豪紳既有攀龍附鳳之心，又懾于大西政權的兵威，階級沖突并不十分尖銳。因此，大西政權采用暴力鎮壓的措施相當有限，殺人并不多。

其三，“七殺碑”的傳說。

例如滿清的“七殺碑”傳說。清政府說張獻忠不僅殺人如麻，還在他殺人的地方立了個碑，碑上寫有：

“天生萬物以養人，人無一善以報天， 殺、殺、殺、殺、殺、殺、殺’”。

但是，1934年一位英國傳教士在四川廣漢的一個公共墓地里，找到了一塊張獻忠立下的“圣諭碑”。碑文上卻是：

“天生萬物與人，人無一物與天;鬼神明明，自思自量”。

說的是慈悲的上天賜萬物于人類，而人卻沒有一物可用來報答上天，所以人需要反省，是勸人畏天行善的，根本就沒有一點殺氣。而某些御用文人，把前兩句留下，后面加上七個“殺”字，來凸顯張獻忠的殘暴，其污蔑、潑糞之意，不言自明。

其四，當地人自發祭拜張獻忠。

在梓潼七曲山大廟，是中國第一座文昌帝君廟。奉祀主神自然是文昌帝君張亞子，但在大廟的風洞樓上還塑了一尊張獻忠的綠袍像，附近還有有一座張獻忠家廟。每年二、八月時，梓潼居民都要到塑像前參拜一番。當地傳說是明朝崇禎年間，官逼民反，張獻忠領兵對抗朝廷，到了梓潼后，殺貪官、開米倉，解決百姓長期的缺糧之苦，因此雖然朝廷大舉圍殺張獻忠，四川百姓對于張獻忠卻有擁戴之心。

張獻忠死后，當地人為寄托懷念之情，于七曲山風洞樓上，為他塑像，綠袍金臉，甚為威武，香火不絕三百余年。乾隆初年，此廟曾經遭地方官砸毀，其后，又有人重塑，但又被官方搗毀，幾經反復。張獻忠如果屠蜀，當地百姓為何對他如此崇拜？

其五，清朝“文字獄”的下被毀的真實史書，

自康熙五十年(1711)戴名世的《南山集》案起，歷時一百多年，士大夫和老百姓懾于法令的殘酷，都不敢私自藏匿張獻忠的真實史料，因而那些能證實張獻忠生平的翔實材料均被統治者收繳殆盡。《明史·張獻忠傳》，是根據《綏寇紀略》、《蜀碧》等野史炮制而成。《綏寇紀略》的作者吳偉業，是投誠張獻忠后又因罪被張所殺的吳繼善的本家;《蜀碧》的作者彭遵泗，是乾隆二年(1737)進士，官居御林院編修。他們的書有多大可信度值得懷疑。

而官方編纂的《明史》這部正史都漏洞百出，先是記載蜀地有三百余萬口，后又記載張獻忠殺了“六萬萬”蜀人。

其六，張獻忠死了十三年后，清廷才評定四川。

1646年，即清人入關后第三年，張獻忠在西充縣鳳凰山多寶寺前中箭身亡后，滿人即宣布四川平定。然而事實并非如此。直到張獻忠死后十三年的1659年，清軍才攻陷重慶。也就是說，在這十三年中，張獻忠余部以及四川人民和清軍展開了殊死戰斗。對四川人民的這種頑強不屈的抵抗，清軍必然采用了殘酷的屠殺來征服。“揚州十日”、“嘉定三屠”就是再確鑿不過的證據。據《四川通史》，1647年清將張德勝攻入成都被殺后，相繼進攻四川的清軍有高民瞻、吳三桂、李化龍等部。直到1660年，巡撫佟鳳彩始在成都建立官署;直到1663年，清軍才真正拿下重慶;直到1665年，川境戰事結束，全蜀才完全歸于清廷統治。如果張獻忠在1646年11月前，就已將四川人幾乎殺光，何需清軍花費十多年時間去平定？千里已無人煙的四川，又何能抵抗清軍十多年？

其七，被殺人數的肆意夸大。

《續編綏寇紀略》和《明史》說張獻忠在四川殺了六萬萬(六億)人，這數字明顯夸大，當時的中國總人口還不到一億 ，這些事實說明清政府的宣傳存在明顯夸大的成分。然而也有人指出“六萬萬”的意思，其實就是六十萬。

盡管歷史上農民起義有亂殺的現象，但張獻忠屠殺到四川只剩下6萬人是不可想象的。

對此，《中國斷代史系列·明史》有如下論述：

“《續編綏寇紀略》所記的張獻忠起義軍在川殺人數，絕不可靠。由此推想，舊史書上述幾起張獻忠起義軍殺戮事件的記載，夸大渲染之處肯定存在。但是，關于上述殺戮事件，有多種 史書加以記載，而且除了細節的差異外，基本情況大體相同，這說明這些事件應是確有其事。狹隘的地域觀念，使他對四川人產生偏見，從而不僅殺了明朝殘余勢力，也殺了許多一般紳士，更殺了不少勞苦群眾，這便使這類事件在一定程度上帶有了反人民 性。由于張獻忠之在四川大殺戮，具有反人民性的一面，這便使之嚴重脫離群眾。脫離群眾的人是不可能成功的，張獻忠之大殺四川人，成為其后來遭到喪命慘敗的一個 重要原因。”

在各種各樣記載張獻忠屠蜀的史料中，最離奇的莫過于毛奇齡《后鑒錄》中所謂的“四路屠蜀”：

“自成都起由城北威鳳山至南北桐子園綿亙七十余里，尸積若丘山。其婦不勝殺，則引絙而批于水。歲丙戍元日，命四將軍分路草殺。五月，回成都，上功疏：平東一路，殺男五千九百八十八萬，女九千五百萬;撫南一路，殺男九千九百六十余萬，女八千八百余萬;安西一路，殺男九千九百余萬，殺女八千八百余萬;定北七千六百余萬，女九千四百余萬。獻忠自領者為御府老營，其數自計之，人不得而不知也。”

把毛奇齡所記錄的四路屠蜀的數字相加被屠殺的人口竟接近7億。

此外，將屠川責任全推給張獻忠一人也是不合理的，造成清初四川人口銳減的推手，清初張烺的《燼余錄》說了一大半實話。《燼馀錄》記載：

“今統以十分而論之，其死于獻賊(張獻忠)之屠戮者三，其死于搖黃之擄掠者二，因亂而相殘殺者又二，饑而死者及二，其一則死于病也。”

“獻賊”即張獻忠，“姚黃”是另一支農民武裝勢力姚天動、黃龍的部隊，“因亂而自相殘殺者”，則是指四川地方土豪之間的攻伐。當然，由于這本書是獻給康熙皇帝看的，作者不敢指認清軍殘害川民的狀況。

《圣教入川記》卻率直地寫道：

“張獻忠滅后，旗(清)兵在川，一時未能設官治理。彼時川人不甘服旗人權下者，逃往他處，聚集人馬，抵抗旗兵。如此約有十年。迨至1660年(順治十七年)，川省稍定，始行設官。所有官長，皆無一定地點居住，亦無衙署，東來西往，如委員然。此時四川已有復生之景象，不幸又值云南吳三桂之亂，連年刀兵不息。自1667年(康熙六年)，至1681年(康熙二十年)，一連十五載，川民各處被摟，不遭兵人之劫，即遇寇盜之害。哀哉川民，無處不被劫掠，殊云慘矣！幸至1681年，匪黨盜寇，悉為殄滅。然四川際此兵燹之后，地廣人稀，除少數人避跡山寨者，余皆無人跡。所有地土，無人耕種，不啻荒郊曠野，一望無際。”

由上述可見，造成清初四川人口銳減之“人禍”，實是張獻忠、姚黃農民武裝、殘明軍隊、清軍、地方土豪、吳三桂叛軍等戰亂共同肆虐之結果。此外，還有大旱、大饑、大疫、虎害。