黃侃字季剛，少年懷才負氣，未弱冠，即已寢饋經史百家矣。1906年，章太炎在東京開設“國學講習會”，定期講授文字學、音韻學等課程，黃季剛始從章太炎治古韻，后乃精思獨詣，自成家法，其用工之深，求真之切，雖干嘉諸老，不能過也。其學問在章門諸子中首屈一指，與章太炎并稱“章黃”。章太炎曾說：“季剛從余學，年余冠耳，所為文已淵懿非凡。”又說：“清通練要之學，幼眇安雅之辭，并世固難得其比，雖以師禮事予，轉相啟發者多矣！”

一九一三年八月十一日，章太炎應共和黨之召，由上海抵北京，共和黨此時已脫離進步黨而獨樹一幟，推黎元洪為理事長，章太炎副之。惟黨人較少，黨勢過弱，為謀當前之發展計，遂敦請章氏北上，共商對策。章氏亦欲有所擘畫，即應召而至。袁世凱以章氏好為詆訶，固深忌之，且聞其曾與謀二次革命，尤不愜于懷。章氏下榻于化石橋共和黨本部，自以為無患，而黨部前，已軍警布列，名為保護，實則監視。其實共和黨鄭某、胡某陰受袁賄賂，誘騙章氏入京。章太炎心中也有數，據其夫人湯國梨口述云：“(章太炎)定要去京，面直包藏禍心的袁世凱，明知虎穴也要去，不入虎穴，焉得虎子！”不料一入都門，竟遭軟禁。

黃季剛在八月二十日收到湯國梨來函后，二十九日即辭家由海路進京，九月七日抵北京，拜見章太炎。九月十五日陰歷中秋，章黃師徒有詠懷唱和詩，章詩有“虞卿捐相印，蓬轉隨逋囚。魏網密凝脂，收骨知王修。”之句，其意是他去官(時任東北籌邊使)反袁，卻遭到袁氏嚴密的監控，有如曹魏之刑網，必置己于死地;而己死后，收骨之人必有急難如王修者。在此王修暗指黃季剛，師生間肝膽相照，彼此的心事是深深了解的。

據共和黨干事吳宗慈說章太炎幽居期間，“談話既窮，繼以狂飲，醉則怒罵，甚或于窗壁遍書‘袁賊’字以泄憤，或掘樹書‘袁賊’，埋而焚之，大呼‘袁賊燒死矣’。”而袁氏此時對章太炎尚具善意，只是不愿其出京和發表任何文字罷了。從章太炎致袁世凱書中，可知趙秉鈞曾與袁氏計議，欲請章氏擔任國史館長一職，但章太炎以“豈能與雞鳴狗盜從事耶？”“縱作史官，亦倡優之數耳！”而斷然拒絕。最后由黎元洪斡旋，建議設立“考文苑”，但以其規模較大，恐難即就，乃改為“弘文館”，其工作則為編字典等，館員有其門生錢玄同、馬裕藻、沈兼士、朱希祖等。并允撥給大洋數千元做開辦費，其經費每月若干，但章太炎開出條件要“同苑須四十人(仿法國成法)，書籍碑版印刷之費，數復不少，非歲得二十四萬元不就。”章氏原是寄希望于弘文館的設立，以主持該機構，弘揚文化。拖至一九一三年底，他發現袁氏只是用種種借口羈留自己，于是一九一四年一月三日強行離京，但遭軍警阻攔，章太炎痛罵袁氏無狀。七日，章氏以大勛章作扇墜，臨總統府之門，大詬袁世凱包藏禍心，陸建章奉袁命，幽章氏于龍泉寺。

而在此之前，從來無意于仕途的黃季剛，卻突然出任被章太炎罵為“四兇”之一的趙秉鈞之秘書長，委實令人詫異與不解！黃季剛的弟子兼女婿潘重規在《師門風義》文中云：“當太炎先生絕食后與袁氏瀕臨談判決裂的時刻，季剛先生卻突然出任袁氏心腹直隸總督趙秉鈞的秘書長。”然據《民國職官年表》得知，趙秉鈞于一九一三年十二月十六日接替馮國璋出任直隸都督。而黃焯(黃侃之侄)在《黃季剛先生年譜》中云：“十二月，直隸都督趙秉鈞延先生赴天津，以秘書長見諉。先生度已至此，強應之。”黃季剛答應接掌秘書長的時間，是在趙出任直隸都督之前。而其時章太炎尚未大鬧總統府，更沒被幽居龍泉寺，當然更談不上絕食事件(那已到一九一四年五月間了)，潘重規似乎有意將黃季剛出任秘書長的時間后延，用來加重他“屈身事兇”是為了營救其師的氛圍。

其實在這之前，章太炎和袁世凱還在談設立“弘文館”之事，但袁并無心于此，他只是想要籠絡章太炎，想以一種名義及金錢，以示羈縻而已。袁、趙要籠絡章氏，勢必也要籠絡章氏最得意的弟子黃季剛。因此趙秉鈞必然卑辭厚禮，要黃季剛接受他的邀請。此事章太炎必然也知道，因此后來章太炎撰《黃季剛墓志銘》中有云：“季剛自度，不能與時俗諧，不肯求仕宦。嘗一為直隸都督趙秉鈞所迫，強出秘書長，非其好也。”合理推測，此次黃季剛出任秘書長，可說是完全為了章太炎，為了“弘文館”之事能圓滿達成。又“弘文館”之館員皆為章門弟子，何獨不見黃季剛之名，是此時黃季剛已答應趙秉鈞之邀乎？因此潘氏以其為“營救其師”，無疑不確。黃季剛在就職前夕曾托名華亭女子有詩二首以見意，詩云：“戎幕棲遲杜牧之，愁來長詠杜秋詩。美人紅淚才人筆，漂泊情懷世豈知。”“簪筆何殊挾瑟身，天涯同病得斯人。文才遠愧汪容甫，也擬摛詞吊守真。”是以華亭淪落女子自比，真是極無可奈何之運，對無可告訴之天，惟有托言簪筆饑軀，棲遲戎幕，以寄哀思。其中難言之隱，溢于言表。

后來章太炎被幽居龍泉寺時，黃季剛還身處戎幕中，或謂其可斷然離去，但是若如此將對其師則更是不利，于是他只能忍負師門，欲報無從了。章太炎在自定年譜中提到幽居之時，常來候視他的弟子有錢季中(后改名錢玄同)、平剛(少璜)。其中平剛亦是黃季剛的好友，后來當平剛離京別去后，黃季剛感念今昔，有長歌一首贈之。其中有句云：“微軀苦受饑寒累，屈身戎幕儒為戲，枉將小技換錢刀，卻望師門負恩義。”其中隱情難言，是不能一言自白的，于是他只有冒辜負師門恩義之惡名，其用心亦良苦矣。直到一九一四年二月二十七日趙秉鈞暴卒任所，黃季剛始得脫離戎幕，結束兩個月又十一天的任期。他有詩云：“沽水回流尚繞闌，來時曾此卸征鞍。豈知兩月朱門客，也當邯鄲一夢看。”這“兩月朱門”對他而言，真仿如噩夢一場。

至一九一四年夏末，章太炎又為袁氏轉幽禁于錢糧胡同，黃季剛曾兩度入京省視。據掌故大家徐一士說：“章在錢糧胡同寓所，所用仆人及庖人，共有十人左右之多，一仆系前由軍政執法處長陸建章所薦，曾隨侍于龍泉寺，此外則吳炳湘所間接推薦，蓋由警察之類改充，皆負有暗中監視之責者也。”又稱：章氏門人黃季剛應北京大學之聘來京，講授詞章學和中國文學史，見章生活寂寞、身體消瘦，恐其健康受損，于國于私都為不利，于是假借“欲與章同寓，俾常近大師，遇有疑難之處，可以隨時請教”為名，被允許搬入章太炎囚禁處，就近照料，“不料不數月，而黃突為警察逐出，章氏因之復有絕食之事。”之后黃季剛更罔顧生死，奔走營救，嘗有《致教育總長湯濟武(化龍)托救太炎師書》，中有“安可獨使斯人長此仰日月而不見照燭，臨風塵而不得經過，悵恨郁塞槁餓以死乎？”語甚哀切，終不負師門風義。