吳三桂殺害永歷帝后，清順治帝給他很重的獎賞，封他做平西王，讓他鎮守云南、貴州，給他許多特權，管轄兩省的文武官員，可以隨意任免官員;處理軍民一切事務，還可以開礦山，煮井鹽，鑄造錢幣，清廷每年還要撥給他餉銀九百多萬兩，占了國庫的很大一部分。吳三桂自恃功高，在云南稱王稱霸。

公元1662年，順治帝去世，才八歲的康熙帝即位。順治帝臨死前有遺詔，命鰲拜等四個滿洲大臣做康熙的輔政大臣，幫助處理國家大事。鰲拜立過戰功，手握兵權，根本不將小皇帝放在眼里，更不愿意與其他三個輔政大臣商量，什么事情都獨斷專行。甚至到康熙帝年滿十四歲親自執政以后，他還把持朝政，敢在朝堂上誣陷輔政大臣蘇克薩哈，逼迫康熙帝違心地將蘇克薩哈處死。

鰲拜成了康熙帝頭一個心腹大患，成為康熙帝要清除的一個目標。但宮中衛士多是鰲拜挑選的親信，不能信任。康熙帝就借口要練習摔跤，從貴族子弟中，挑選十多個棒小伙進宮，陪他摔跤。暗地里卻給這些小伙伴作了布置。一天，鰲拜大搖大擺地走進內宮時，宮門突然關上，他自己的衛士被隔離在宮門外，十多個身強力壯的少年，突然跳出來，將他團團圍住，拽手的拽手，扳腳的扳腳，將他摔倒在地，捆綁起來。接著，康熙帝下詔宣布鰲拜的罪行，將他投入監獄。

清除鰲拜后，就該解決吳三桂的問題了。當時，驕橫跋扈的藩王，不止吳三桂一個。廣東有平南王尚可喜，福建有靖南王耿仲明、耿精忠。他們都是早期投降清廷的原明朝官員。因為跟隨清軍入關打農民軍，打明朝軍隊，打反清義軍賣力，立了“大功”，受到清朝的獎賞，都有許多特權，因而非常驕橫起來，不再肯服從清朝的指揮，妨礙清廷政令的統一，成為潛伏著的新國家的特大禍害。這三個藩王，被稱為“三藩”。

康熙帝深感三藩危害的嚴重性，他將“三藩”與治理黃河、辦理漕運作為三件最重要的國家大事，寫成字條，懸掛在宮殿的柱子上，天天念叨。他一直在苦苦思索，找個什么辦法，削弱并消滅“三藩”。

“三藩”也深知清廷對他們的不信任，遲早會對付他們，但一時還吃不準會采取什么措施，嚴厲到什么程度。他們心懷鬼胎，要試探一下朝廷的態度。平南王尚可喜老了，就上了一道奏章，請求告老還鄉，但要求將王爵傳給兒子，繼續帶兵鎮守廣東。康熙帝也想借此機會試探“三藩”對撤藩的承受程度，就順水推舟，批準尚可喜告老還鄉，但要撤銷靖南王府，王爵不能繼承。理由是廣東安定，不必再設藩王鎮守。

這個答復，深深震撼三家藩王。吳三桂一面加緊準備造反，一面邀靖南王耿精忠一道再上奏章，請求康熙帝同時將“三藩”都撤掉。接到奏章，康熙帝冷笑說：“他們竟想威脅我！”就交給議政王大臣會議討論，大臣們意見不統一，有主張撤的，有主張不撤的。最后康熙帝決定，這些藩王掌握兵權太久，拖得越久，越不容易解決，索性一次解決，三藩都撤，將全部人員、兵馬遷到關外去。

吳三桂本意是希望康熙帝會作出些挽留的姿態，他們就順水推舟留下來。誰知康熙帝會這樣決斷，他又驚又恨，決定起兵造反。公元1673年農歷十一月，吳三桂殺掉云南巡撫朱國治，發布討伐清廷的檄文，自稱“總統天下水陸大元帥，興明討虜大將軍”，并寫信與平南王、靖南王及各地老部下，還有臺灣的鄭經，要他們共同起兵造反。

吳三桂宣布恢復明朝的發飾、服裝，革除滿洲的習俗，要替明朝報仇雪恨。但是，他引清兵入關、絞死永歷帝的斑斑劣跡如在眼前，人們怎能相信他“興明討虜”的宣傳？他的造反，完全是個人野心所致。不過，對清王朝高壓政策長久感到憤怒的人們，還是找到了一次抒發胸中悶氣的機會，所以，頭幾年內，許多地方都起兵響應，大半個中國都沸騰起來，清廷的統治岌岌可危。吳三桂的兵馬打到了湖南、江西。

康熙帝臨危不懼，停止執行耿精忠、尚可喜兩藩的撤藩命令，將他們從造反行列中暫時分化出來，孤立吳三桂;同時迅速調兵遣將，阻擋吳三桂的進攻。由于吳三桂在軍事上犯了錯誤，他的軍事攻勢持續了幾年就停止了。雙方在西北、西南、中南、華南相持了八年。公元1678年，吳三桂七十八歲，等不及了，在湖南衡陽匆匆忙忙地登上皇帝寶座，國號大周。可是到這年秋天，他就病死了。

此后，形勢大變，清軍的進攻越來越猛烈。到公元1681年，清軍攻下昆明，吳三桂的孫子吳世自殺，“三藩”的叛亂終于徹底平定。