段祺瑞反對學生運動。在親自撰寫的《內感篇》一文中，他分析道，國內的一般學人在游歷歐美后，都想把西方的政治思想和制度立刻移植過來，就好象是拿別人的裝飾物，來美化自家廳堂一樣。素不知上層建筑的東西絕非如此簡單，畢竟西方人對他們的那一套早已習慣，而國人在此前的三千多年里，一直都有自己的歷史和文明，如果一定要強行移植，只會帶來東施效顰的結果。

段祺瑞認為中國的“立國要素”，仍是傳統的孔孟之道，是“老吾老以及人之老，幼吾幼以及人之幼”。由此出發， 其治國之道可以用四個字來概括，即“綱紀為先”。可是當時的社會風潮卻與他的想法完全背道而弛，各地學生運動此起彼伏，對北京政府的“綱紀”形成了極大沖擊。段祺瑞慨嘆：“最奇特者，人之所無，而我更有澎湃之學潮，可謂新之又新。”

章士釗是段祺瑞晚年的重量級幕僚，其政治理念與段祺瑞也如出一轍。為此，在執政府尚能維持局面時，段祺瑞便讓章士釗由司法總長兼署教育總長，想通過這位名士出身的政治家來整頓學風。

章士釗兼署教育總長后，下決心從三件事抓起，即宣布大學統一考試，教育部專設考試委員會，主抓學生的入學畢業考試；教育部設編譯館，督促獎勵各大學教授著書、譯書；合并北京八所大學。

章士釗的這些措施后來被認為皆切中時弊，但在當時遭到了教育界及青年學生的強烈反對，根本無法得到有效的貫徹實施。因阻止學生參加5月7日的“國恥紀念日”，章士釗自己的住宅也被激憤的學生搗毀，各校學生更聚會請愿，要求罷免章士釗。

章士釗整頓學風的舉措歸于失敗，他被迫呈請辭去本兼各職，經段祺瑞挽勸，才重就司法總長職。

此后，學生參加政治運動更為積極踴躍。段祺瑞索性將司法總長委于他人，專調章士釗出任教育總長，意圖整頓教育，抑制越演越烈的學潮。這時正好北京國立女子師范大學（女師大）的學生要求撤換楊蔭榆，章士釗便率先拿女師大作為典型開刀。

女師大校長楊蔭榆是中國第一位女大學校長，她遵循西方教育理論，主張學生應專心讀書，不要參加和過問政治運動，在相應的校規校紀上也很嚴格苛刻，由此激起了學生和教職工的嚴重抗議。

女師大學生自治會派代表前往教育部，要求教育部撤換校長。章士釗對學生的這種激烈行為非常惱火，決心以強力壓制的辦法加以整頓。在他的公開支持下，楊蔭榆宣布開除劉和珍、許廣平等六名學生自治會成員。

女師大學生針鋒相對，決定驅逐楊蔭榆，發起“驅羊（楊）運動”，從而爆發了女師大風潮。其間，魯迅、錢玄同等七名教育界名士聯合發表宣言，表示堅決支持學生，魯迅還因此被章士釗開除了在教育部的職務。

魯迅早就在風壇聲名遠播，其雜文之殺傷力更是無人能及。他不僅在文章中將章士釗罵得狗血淋頭，毫不客氣地稱章“是兇獸樣的羊，羊樣的兇獸”，而且還拿起法律武器，告倒了這位昔日上司。

最終扛不住的不是學潮中的師生，而仍是早已喪失實力的執政府。除楊蔭榆被免去校長職務外，章士釗也在其住宅再度被學生搗毀后，被迫辭去教育總長一職。書生本色的章士釗在加入執政府前頗負時譽，但掌握教育部卻讓他背負了太多罵名，結局可謂潦倒。