拉祜族的宗教信仰有原始宗教、大乘佛教、基督教和天主教。其中，原始宗教在拉祜族的信仰體系中占主導地位。

萬物有靈論

拉祜族認為，世間萬物均有靈魂，而靈魂大體可分為兩類，一類是保護人的，一類是害人的。由于拉祜族尚未形成“鬼”、“神”區分的觀念，因而不管是佑人的神還是害人的鬼都可混稱。例如，寨神亦叫寨鬼，家神又叫做家堂鬼等等。在拉祜族的鬼神觀念中，除了自然物和自然現象鬼外，還有諸多反映社會現象的鬼，如頭痛鬼、肚痛鬼、冤死鬼及傣族的“娃哈尼”、“琵琶尼”等。在眾多的鬼神中，天神厄莎被認為最大的神，世界萬物都是它創造的。然而，正如“鬼”“神”區分的觀念尚未形成一樣，厄莎雖是最高神靈，其他鬼神對它并沒有明確的隸屬關系。基于萬物有靈的思想，拉祜族把一切自然災害和人生的祝福疾病都看作是鬼神的意志，為了祈福消災，生產生活中了對鬼神的祭祀活動。

圖騰財崇拜葫蘆

在拉祜族民間廣泛流傳著葫蘆孕育人種和人類源自葫蘆的傳說。至今仍將葫蘆視為吉祥、神圣之物，人們喜將葫蘆籽縫在小孩的衣領或帕子上，而婦女的服裝及圍巾、包頭上也多有彩線繡制的葫蘆和葫蘆花圖案，拉祜族認為穿了這種服裝魔鬼便無法近身，孩子能健康成長，婦女能終年平安。

在拉祜族看來，如果姑娘的胸部、腹部和臀部外形與葫蘆相似，那么，不僅姑娘健康美麗，將來還會多子多女。情人們相互贈送的信物上也繡有葫蘆花和葫蘆的圖案，以此象征愛情的純潔與神圣。

巫師“魔巴”

拉祜族巫師稱為“魔巴”。魔巴主持各種原始宗教儀式，為人驅鬼、治病、合婚、安靈。魔巴主要由男性擔任，也有極少數女魔巴，可世襲，但大多數是跟著老魔巴慢慢學會的。魔巴不脫離生產，沒有法衣法器，靠占卜、念咒語和殺牲來驅鬼祭神。其占卜種類有雞骨卜、羊肝卜、草卜等，經占卜確認鬼的種類及殺牲的大小、數量和時間。魔巴除占卜、念經外，還兼行草醫，并熟知本民族的歷史文化，在社會上有一定威望。

大乘佛教

拉祜族地區的大乘佛教是清初由大理白族僧侶傳入的。佛教在拉祜族地區傳播期間，漢族的天文歷法、醫藥學、農業生產技術及父系意識等也相繼傳入拉祜族地區，對拉祜族經濟文化的發展起到了積極作用。

基督教

1920年基督教傳入拉祜族地區。首先傳教士先入駐瀾滄。隨后逐漸發展到雙江、滄源、耿馬等地。

到20世紀30年代，僅瀾滄縣教堂學校就有上百所，教徒達20000多人。繼基督教之后，天主教也于20世紀20年代傳入拉祜族地區，但其傳播范圍不及基督教，信者不多。