李登輝抓到“總統”和國民黨代理黨主席大權后，開始了鞏固權力與政治清算的斗爭。他一是鞏固“擁李派”的權力;二是削弱“親蔣派”的權力，消除對他實行獨裁統治的威脅。在這一場實質是國民黨內蔣經國去世后的權力大轉移中，李登輝運用“本土化”“民主化”策略，一步一步將“親蔣派”徹底擊垮。

李登輝主導中常會大改組

李登輝鞏固“擁李派”權力的第一步，就是利用中國國民黨“十三全大會”提升自己的統治地位。1988年7月，國民黨“十三全大會”召開，正式推舉李登輝為黨主席。李登輝正式當上中國國民黨主席，也開啟了將國民黨撕裂和臺灣社會引向動蕩的先河。此說并非虛言。國民黨“十三全大會”召開時，李登輝一是嚴把黨代表關，出席會議的大部分代表必須是切斷蔣家臍帶、能夠支持李登輝的人;二是嚴把中央委員關，李登輝通過對半數(180名)中央委員候選人的提名及操控選舉，控制中央委員會的目的已經達到;三是嚴把中常委關，親蔣的中常委中有12人被換掉，這是中國國民黨第七次代表大會以來中常會規模最大的一次改組。

眾所周知，李登輝接任“總統”時，“行政權”掌握在“行政院長”俞國華手中，“黨權”掌握在中央黨部秘書長李煥手中，“軍權”掌握在“參謀總長”郝柏村手中，“國安會”掌握在“國安會秘書長”蔣緯國手中。面對蔣經國留下的“接班四人幫”格局，李登輝從削弱國民黨實力和鞏固自己在黨內地位的角度考慮，必須加以摧毀。要實現這一目標，李登輝在正式出任黨主席之后，利用“組閣”鞏固和擴大“擁李派”權力。

國民黨“十三全大會”召開一周后，7月20日召開中常會，根據李登輝提議，通過了內定的“行政院”改組名單：俞國華繼續留任“行政院長”，施啟揚為“行政院副院長”，許水德為“內政部長”，連戰為“外交部長”……在新“內閣”中，有施啟揚等9名本省籍“閣員”。李登輝利用不強勢的俞國華的“空頭院長”以減少對“總統”權力的牽制，把“內閣”成員盡可能換成親李派，實現對“內閣”的控制。并且以此為基礎，加快了黨務、政治、軍事及意識形態各個領域的全面“本土化”的步伐。

親蔣勢力出現極大分化

通過以上人事結構調整，可以看出國民黨的政權結構已經發生很大變化。一是，李登輝的最高領導地位得到進一步確立。他繼任“總統”是靠接收蔣經國的政治遺產，代理黨主席險遭封殺，但此次卻是以“十三全大會”形式選舉為黨主席并主導會議，在黨內的領導地位得到肯定。

二是親蔣勢力出現了極大的分化。變化最大的是蔣經國原設計的集體接班格局出現重大裂變。最有代表性的是，集體接班中最為關鍵的中央黨部秘書長李煥倒向李登輝。蔣經國生前安排李煥為國民黨中央秘書長，目的就是維持派系均衡。然而，他先是放任宋楚瑜，使李登輝順利抓到代理黨主席大權;在“十三全大會”上，支持李登輝打壓票選;而后，又急于排擠俞國華“組閣”。多年追隨蔣經國的李煥尚且如此，另一個深得蔣經國信任的宋楚瑜更是充當倒蔣與擁李的急先鋒。

第三“本土化”趨勢十分明顯。國民黨“十三全大會”正式決定由本省籍人擔任黨主席，在中常委中本省籍成員首次超過半數，中央委員中本省籍成員首次超過1/3。“本土化”開始于蔣經國上任之初，是為了緩和省籍矛盾。而李登輝的“本土化”，著眼點是把國民黨視為“外來政權”，為了改造“外來政權”，必須以本土勢力來取代外省籍，鞏固權力基礎。

俞國華最先被趕下臺

第十三次代表大會后，李登輝在黨內的領導地位得到鞏固，他開始全方位、多層次打壓黨內的所謂非主流派勢力，國民黨內從此不得安寧，臺灣政壇從此不得安寧。“總統府秘書長”沈昌煥是蔣家兩代重臣，也是宋美齡寵信之人，一直控制臺灣的“外交”事務。1988年10月，李登輝借故逼他辭職，安排親信李元簇繼任秘書長。

李登輝的目的是要逐漸清除“接班四人幫”。當他的權力得到相當的鞏固后，把清除親蔣派的目光瞄向了“接班四人幫”中當時處境最不樂觀的俞國華。親李派不斷出面制造“俞國華是國民黨的負債，而非資產”的假象的同時，又利用“立法委員”吳春晴質詢俞國華涉嫌早年曾包養酒家女的緋聞引爆風波。萬般無奈之下，俞國華于1989年5月17日向李登輝提出辭職報告。5月26日，李登輝順水推舟，準許俞國華辭職。國民黨“十三全大會”之后，李煥“組閣”的欲望特別強烈，可以說是志在必得，非要擠俞國華下臺。可以說，俞國華下臺既是國民黨內爭權奪利的結果，也是李登輝打壓蔣經國集體接班構想與排除蔣家勢力的結果。

親信宋楚瑜控制黨務系統

俞國華下臺后，李登輝提名李煥繼任“行政院長”。5月31日，國民黨方面宣布李煥“內閣”成立，6月1日，李煥轉任“行政院長”，登上仕途的巔峰。李登輝主導的第二次“內閣”改組，以同意俞國華辭職、提升同為“接班四人幫”成員的李煥的形式，不露聲色地“冷凍”俞國華，使得蔣經國安排的集體接班成員先失一將，這為李登輝從更深層次考慮權力基礎和人事組合創造了條件。

李登輝更深的考慮是，在打壓“接班四人幫”的同時，完成黨政軍系統的改造，擴大自己掌權的政治基礎。他之所以拿出“行政院長”職位，是因為“行政院長”是官場重臣、“顧命大臣”們求而難得的職位，可以以此為誘餌，進行調虎離山，實現鞏固權力計劃，調升李煥就是如此。李登輝收回了李煥控制的黨務系統后，任命其親信宋楚瑜接替中央黨部秘書長職務，對黨務系統進行了徹底改革，全面清除親蔣勢力，推行“本土化”。