1864年，太平天國失敗后，遵王賴文光和梁王張宗禹等重組捻軍。賴文光正式授予捻部各將太平天國新王號；新捻軍采用靈活機動的戰術，逐漸變為一支約十萬余人的騎兵部隊。1865年，5月18日，捻軍在山東曹州埋伏，全殲窮追不舍的僧格林沁所部騎兵，殺僧格林沁，清軍主力淪喪。

華北震動，燕京戒嚴。京師令曾國藩剿捻。曾改追擊為四鎮堵剿，于河南周家口、山東濟寧、江蘇徐州、安徽臨淮關分置四鎮，駐淮軍和湘軍八萬，將捻包圍在蘇、豫、皖邊區。又在淮北捻軍的根據地修筑墟寨，清查戶口，實行保甲連坐法。但捻軍突破湘軍、淮軍的包圍，進入湖北。又突破開封、朱仙鎮間的賈魯河防線，東走山東。曾國藩被朝廷撤欽差大臣，詔李鴻章繼任。1866年10月，捻軍分為東西兩部，東由賴文光率領，西由張宗禹率領入秦。1867年，東捻被李鴻章淮軍圍困，突圍失敗，11月任柱與劉銘傳戰斗中遭叛遇害，主力覆沒，西捻軍東下救援。1868年1月，東捻在山東膠萊河壽光戰斗全軍覆沒，賴文光遭俘虜后被殺；西捻進入陜西，配合回民軍作戰，后為援救東捻軍，一度逼近保定、天津。8月，在山東為淮軍圍困于魯西北，恰逢連日大雨，捻騎不能奔馳，西捻潰敗，張宗禹也在逃離中失蹤。至此捻軍全部失敗。

1864年天京被清軍攻陷，清軍隨后對天京進行了滅絕人性的屠城，無數太平軍被俘女兵遭受了騎木驢游街然后凌遲處死的酷刑。

1860年6月13日《華北先驅報》上目睹清兵凌遲太平軍俘虜的信件：

“太倉被占領的次日，上午十一時光景，有一大批俘虜被押送到衛康新附近清軍營地。這批太平軍，有男有女，有老有少，從剛出世的嬰孩，到80歲蹣跚而行的老翁，從懷孕的婦人，到10至18歲的姑娘，無所不有。清軍把這些婦女和姑娘，交給一批流氓強奸，再拖回來把他們處死。有些少女，劊子手將她們翻轉來面朝天，撕去衣服，然后用刀直剖到胸口。這些劊子手做剖腹工作，能不傷五臟，并且伸手進胸膛，把一棵冒熱氣的心掏出來。被害的人，直瞪著眼，看他們干這樣慘無人道的事。還有很多吃奶的嬰兒，也從母親懷里奪去剖腹。很多太平軍俘虜，不但被剖腹，而且還受凌遲酷刑，他們的衣服被剝光，每個人被綁在一根木樁上面，受到了最精細的殘忍酷刑。他們身體的各部分全被刺入了箭族，血流如注。這種酷刑還不能滿足那些刑卒的魔鬼般的惡念，于是又換了別種方法。

劊子手們割下他們一塊一塊的肉，有時塞到他們的嘴里，有時則拋向喧嘩的觀眾之中。令人不忍卒睹......這些可憐的人們在數小時內都一直痛苦地扭動著。大約在日落時分，他們被一個獸性的清軍劊子手押到刑場上，這家伙手里拿著刀，急欲把自己的雙手染滿鮮血，簡直像個魔鬼的化身。他抓住這些不幸的犧牲者，威風凜凜地把他們拖到前面，嘲笑他們，侮辱他們，然后把他們亂剁亂砍，用刀來回鋸著，最后才把他們的頭砍斷一大部分，總算結束了他們的痛苦?！?/p>

太平軍余眾和后裔出走香港和海外，絕大多數人已銷磨了斗志，由此默默無聞。