乾隆帝每次南巡都于正月十五前后從京師出發，經直隸、山東到江蘇渡黃河，乘船沿運河南下，經揚州、鎮江、丹陽、常州、蘇州進入浙江境內，再由嘉興、石門抵達杭州。回鑾時，繞道江寧，祭奠明太祖陵，于四月下旬或五月初返回京師。

乾隆帝南巡走水路時，御舟前有兩對船走兩邊引路，船旁有一人騎馬在河邊行走，以備差遣。另有四只大船名安福艫、翔鳳艇、湖船、撲拉船，跟在其后，其余船只裝載各種用品及隨從官兵。船行時，河兩岸及橋頭村口各安排士兵守衛，禁止私船出入，纖道每里安設兵丁三名，令村鎮民婦跪伏瞻仰，御舟經過需回避時，令男子退出，不禁婦女。

每次到揚州，乾隆帝都會駐蹕多日。揚州的御道用文磚或石板鋪成，要求平整筆直，不能隨意彎曲，為此，許多民宅被拆，墳墓被挖，良田被毀。此外，所經之路要用黃土鋪墊，潑水清塵。道旁或搭彩棚，或陳水嬉，還要有老百姓沿路迎接。乾隆三十年(1765)游上方寺時，由于“萬民隨馬足趨瞻”，出現了“或有踐踏麥苗者”的景象，乾隆帝作詩云：“馬足紛隨定何礙，蹂躪惟惜麥苗芒。”

乾隆南巡的主要財政支柱是兩淮的鹽商，兩淮鹽運使司公署就設在揚州城內，八大商總也住在揚州城內。“揚州鹽商豪侈甲天下，百萬以下者謂之小商。”這些商人盡管經濟上富逾王侯，但在政治上卻無權無勢，對官府存在著嚴重的依附關系。因此，每次南巡時，當地官員都從他們手中勒索資金，巴結皇帝，還令他們籌辦行宮、園林等南巡工程。而這些富商也正想借南巡討好官府，特別是皇帝，為自己贏得榮譽和權勢。

鹽商對乾隆南巡的資助首先是捐銀。如二十六年、四十五年、四十九年，兩淮鹽商每次都捐銀100萬兩，這些錢相當一部分被充作南巡時揚州官府辦差及乾隆帝賞賜之用。他們還進獻詩、賦、字畫和文集等禮物，有的也進呈和時事有關的論文。乾隆帝對此都賞賜從優。此外，鹽商還直接辦理接駕等事，負責供應皇帝南巡的日常所需。因巡幸隊伍十分龐大，這筆開支為數很大。如地方官命商人沿塘遍置盆盂，數量成千上萬，以備纖夫便溺，而御舟一過，盆盂即被役夫破壞，等御舟再經過時，又要置備新的。

乾隆南巡所建揚州行宮的出資人多為鹽商。中國第一歷史檔案館所藏《揚州行宮名勝全圖》上標明，集資修建當地行宮的商人一共修建了樓廊5154間，亭臺196座。揚州有4處行宮，其中天寧寺行宮是專為乾隆南巡而修建的。該寺居揚州八大寺之首，乾隆二十一年由商人出資在寺旁建起行宮。行宮內的布置和陳設非常奢華，書籍、字畫、瓷器、掛屏等不計其數。這些玩好器物大多是地方督撫向通省大小官員臨時借用或重金購買，乾隆帝對此心知肚明，擔心由此造成種種情弊，在二十六年下令：“除高旻寺行宮原系商人自行置辦，應仍聽其預備，但須交收清楚外，其余各處行宮，概無得陳列玩器。”

鹽商們還廣建園林，“如汪氏之凈香園，黃氏之趣園，洪氏之倚虹園，汪氏之九峰園等。”“當時各大商所造園林，甲于天下。”乾隆帝六次南巡，揚州鹽商一次又一次建造園林，園林加上行宮，從揚州城里到平山堂，處處亭園樓臺，號稱“一路樓臺直到山”。為迎接南巡，鹽商們還不惜花費巨資，蓄養花、雅兩部戲曲班子，在數十里長的河兩岸，搭起戲臺，奏樂演戲。由此也帶動了揚州戲劇的發展。乾隆四十二年，巡鹽御史伊齡阿奉旨在揚州設局修改曲劇，歷時四年完成，留下了寶貴的戲曲文化遺產。

南巡中，乾隆帝的特殊褒獎種類繁多，題字最為常見。在揚州駐蹕時，他曾書寫許多福字分賜官商縉紳。當時揚州盛行修建私家園林，得到御書福字的人紛紛蓋起福字廳，以相炫耀。天寧寺就曾得到乾隆帝賜給的匾額七個、盈聯八副，另有御制七言律詩四首，刻石供奉于碑亭中。有時乾隆帝也給商人一些實際好處，如四十五年，免除兩淮鹽商未交稅銀一百二十萬兩，緩征銀二十七萬兩;四十七年，免除淮南商人未完銀二百萬兩。此外，還允許鹽商在規定領取的鹽引之外，每引加耗二十斤。由此，乾隆帝博得了“圣恩浩蕩”的美名，但事實上，這些減免和加耗數量上有限，而商人們在巡幸期間的巨額開支及損失，是無法用數字統計的。

乾隆帝還授予商人大量的空頭官銜。如十六年南巡，乾隆帝發布上諭說，兩淮商人“踴躍急公，捐輸報效”，令將其職銜加頂戴一級;二十二年，又以兩淮眾商承辦差務積極，令將官秩在三品以上者，賞給奉宸苑卿銜(內務府掌皇室苑囿園林的官署名)，未到三品者，各加頂戴一級。二十七年又下諭旨，給16位商人或賞銜，或加級。這些空頭官銜沒有什么實際意義，但可以榮耀身份，而這正是商人們朝思暮盼的。四十九年南巡時，乾隆帝將一部《四庫全書》藏于揚州大觀堂的文匯閣，并允許士子借閱。這對當地教育、文化的發展有推動作用。