1644年10月，年僅七歲的順治帝在北京南郊告祭天地，即皇帝位，向天下宣布“茲定鼎燕京，以綏中國”，標志著清朝正式入主中原。此后清朝開始進行長期的統一戰爭，但在清朝前期，這個王朝最大的敵人既不是南明，也不是李自成、張獻忠的起義軍，更不是吳三桂，那么這個王朝最大的威脅到底是誰呢？

其實清朝前期最大的威脅并非南方的反清復明勢力，而是來自西邊漠西蒙古準噶爾部，這一點從時間上就能看出來！清朝對付南明用了39年(1644年至1683年收復臺灣)，對付李自成的農民軍用了20年，對付張獻忠的農民軍用了18年，對付吳三桂用了8年，而為了對付準噶爾部，竟然用了將近百年，歷經康熙，雍正，知道乾隆年間才將其徹底平定！準噶爾部講究是怎樣的部落呢，他又為何能與清朝相持百年之久？

明末清初的時候，蒙古分為三部，漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三部。漠南蒙古大致相當于今天的內蒙古，漠北蒙古相當于今蒙古國，而漠西蒙古呢，它大概占據今天的新疆、西藏以及中亞地區。漠西蒙古分為四大部，準噶爾、和碩特、土爾扈特、杜爾伯特，其中準噶爾的勢力頗為強大。

明末清初之際，當清朝在東北崛起的時候，準噶爾部在西北同樣強大起來，他們欺凌土爾扈特部，把他們趕到了伏爾加河流域，接著又侵占杜爾伯特的領地，通過不斷的對外擴張，準噶爾已經占據北接額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游，南至西藏阿里地區，西包巴爾喀什湖，東至蒙古薩彥嶺及色愣格河流域，擁有將近四百余萬平方公里的土地。

但此時的準噶爾頗為低調，對清朝依然采取納貢稱臣的舉措。但隨著其首領的病死，其內部發生奪位之戰，就在此時，已經出家的噶爾丹成為準噶爾部新的首領。噶爾丹繼承汗位后，雄心勃勃，對漠北蒙古喀爾喀部進行戰爭，意圖統一蒙古諸部，重新建立一個強大的蒙古帝國，甚至想與清朝一決高下，從而入主中原！

康熙帝此時已經看出噶爾丹的威脅，為此他先后三次親征，大敗噶爾丹。東征受挫的噶爾丹的四面楚歌，他的侄子策妄阿拉布坦也在背后“捅刀”，噶爾丹被迫服毒自殺，他的妻子女兒向清朝投降。在影視劇中噶爾丹娶了清朝的公主，必須說明這是虛構的。

噶爾丹雖死，但準噶爾的勢力并未減弱，策妄阿拉布坦與他的兒子噶爾丹策零繼續統治準噶爾部。準噶爾部開始進犯西藏、青海等地，與清朝的戰爭又起，康熙帝甚至派出自己的第十四子為大將軍王，率軍平叛，此后雍正帝又派親信年羹堯坐鎮西北。至1734年，清朝與準噶爾部議和，雙方甚至劃定可邊界。

但隨著噶爾丹策零的死，準噶爾又爆發了奪位之爭，嚴重削弱了自身實力。乾隆帝此后再次用兵，并派出大將兆惠為帥。至1757年，兆惠率軍占領烏魯木齊，此后他又平定策妄阿拉布坦的外孫阿睦爾撒納的叛亂，徹底將準噶爾部平定。不久新疆又爆發大小和卓的叛亂，清朝為鞏固在新疆的統治，設立伊犁將軍、塔爾巴哈臺領隊大臣等職務，將新疆正式納入中央朝廷的直轄統治之下！