經過考成法的實施，愛挑毛病提意見的監察干部——給事中御史這類言官已被內閣控制，他們不發一聲。可按倒葫蘆起了瓢，冒出兩位翰林詞臣和兩位刑部官員上疏彈劾張居正。他們是：翰林院編修吳中行(字子道，南直隸武進人)、檢討趙用賢(字汝師，南直隸常熟人)、刑部員外郎艾穆(字和父，湖廣平江人)、主事沈思孝(字純父，浙江嘉興人)。這四人中，吳中行、趙用賢是張居正任主考官的門生，艾穆是張居正的同鄉(當時湖南湖北還沒有分省，都屬于湖廣)。這簡直是在張居正傷口上撒鹽，當初劉臺彈劾他時，他傷心地說立國二百年無門生劾座師，這回又說，嚴嵩(嘉靖朝的權臣，江西分宜人)當政時從沒有老鄉彈劾他，我混得還不如嚴嵩。

首先上疏的是吳中行，翰林院的官俗稱“詞臣”，既不用負六部九寺官員的行政責任，也沒有科道官的監察責任，而是在文墨上供皇上差遣，但很清貴，基本上作為帝國重要的后備高官培養，翰林院出來的，升官比一般人要快。穩穩當當不惹事，外放做知府，或者進部院任要職，是指日可待的事情。

吳的上疏以情取勝，說父子一別十九年，于今永訣，兒子不親自憑棺臨穴，不近情理，元輔當天下重任，正己才能正百官，然后可以正萬民。這吳中行比較坦蕩，他上疏后，抄了一個副本，送給老師過目，張居正看后，驚問：這上疏送進去了？吳回答干脆，不送進宮我是不敢告訴先生的。

大家正為張居正守制問題爭論不休時，彗星出現了，這種自然現象在古代被認為這是上天示警，另一位學生趙用賢抓住“星變”這件事，要求皇帝至少仿照先朝楊溥、李賢的成例，讓張居正先回家守制，未滿二十七個月時下詔讓他提前回朝。

艾穆和沈思孝聯名上書，措詞更為激烈，說陛下留張居正，聲言為了社稷，可社稷所重莫重于綱常，而首輔大臣是維護綱常的表率，現在連綱常都不顧了，社稷怎么能安呢？

這艾穆因為是張居正的老鄉，張對他十分關照，他和海瑞一樣，僅僅是個舉人，這在重科第出身的明朝，是官場最大的劣勢，但他名氣大，張居正曾讓他當誥敕房中書舍人——即中樞看管皇帝誥命敕書的機要秘書，位置很重要，艾穆謝絕了這番好意。不久，他提拔成刑部員外郎(最高審判刑罰機構的副司長)，有一年和御史一起去陜西錄囚，即對死刑進行復核。張居正推崇剛猛治國，懲治犯罪要用重典。在這種“嚴打”的指導思想下，每個省取決犯人都有名額，不完成任務的相關官員要受處罰，如此冤案自然難免。而艾穆那年復核死刑，只殺了兩個人，同去的御史很擔心上面怪罪，艾穆說，我總不能用人命來博取自己的官位。

可以說，這上疏彈劾張居正的四個人，都是有一身正氣的君子，他們的出發點是好的，為了維護綱常名教，不惜得罪皇帝和宰相。張居正未必不知道這幾個人的品行，也未必不知道這些人并非專門給自己作對。但作為主持改革大局的政治家，他看得更遠，他看到幾位道德感很強的小官員后面的潛流。有人盼望著這潛流無限泛濫，直至否定新政。所以張居正必需用霹靂手段阻止這潛流。張居正曾對人說過：芝蘭當路，不得不鋤。意思說再高貴的花，擋在大路中間，也得把其鋤掉。

張居正便用廷杖——打板子的方法來“鋤”這些芝蘭，來應對他一生最大的公關危機。

廷杖是明朝開國皇帝朱元璋創立的不人道、嚴酷的刑罰之一，主要用來對付不聽話的官員。大庭廣眾之下，讓校尉用棍子打屁股，這不僅是對肉體的傷害，也是對人格的侮辱。

但事物總在不斷地變化，因為觸怒圣顏而被廷杖的多是耿直之士，往往獲得輿論的同情，有辱斯文的廷杖便演變成一種榮譽性標志。黃仁宇評價道：“有的人卻正好把這危險看成表現自己剛毅正直的大好機會，即使因此而犧牲，也可以博得舍生取義的美名而流芳百世。”正德朝的王陽明說得很明白：“為名與為利，雖清濁不同，然其利心歸一。”

廷杖通常由司禮監太監監督，行刑人和監督太監心有默契，看監督者站立姿勢決定下手的輕重。若監督太監靴尖朝外成八字型，就下手較輕，高高揚起，輕輕地拍一拍;若朝內成八字型，則下手較重，往死里打。

這番首輔很生氣，后果很嚴重，當然要往死里打。掌管禮儀大事的禮部尚書馬自強(字體健，陜西同州人)、翰林院的長官王錫爵(字元馭，蘇州太倉人)兩大重量級人物前來求情都沒有用，連張居正兒子張嗣修的同年好友沈懋學(字君典，寧國府宣城人)拜托嗣修向父親求情，也被拒絕。這沈懋學和張家的關系不一般，張嗣修中進士前，張居正物色天下的才子陪自己兒子讀書，相互促進。沈欣然答應，后來中了狀元，另一位大才子、《牡丹亭》的作者湯顯祖(字若士，江西臨川人)拒絕了，直到張居正死后才考取進士。

吳、趙兩人被打六十棍后，發回原籍為民。打完后，吳中行口鼻流血，奄奄一息。中書舍人秦柱(字汝立，常州府無錫人)很仗義，帶著醫官趕來治理才救了一命。這要擔很大的風險，親朋好友前來探視受傷的吳中行，看管的士兵都要詢問記錄，朝廷要了解哪些人在同情他。趙用賢是個大胖子，廷杖時，一片片手掌大的肉脫落，他老婆干脆將脫落的肉腌制起來收藏，留給子孫做傳家寶。現在想來這種方式真有些恐怖。艾穆、沈思孝罵張居正更厲害，因此他倆的刑罰更重。兩人被杖八十，三天后才蘇醒，然后被發配到邊疆充軍。

被杖的四人一下子成為天下士大夫仰慕的楷模，當時皇帝經筵的講官許國(字維楨，徽州歙縣人)送給吳中行一只玉杯，上刻詩曰：“斑斑者何？卞生淚。英英者何？蘭生氣。追之琢之，永成器。”送給趙用賢犀角杯一只，上刻詩曰：“文羊一角，其理沉黝。不惜剖心，寧辭碎首。黃流在中，為君子壽。”對二人做出高度的評價和美好的祝福。可世事難料，張居正死后，吳、趙二人重新回朝廷做官，許國已做到內閣中僅次于首輔的二把手，和吳、趙成為政治上的對手，許國譴責二人，“意氣感激，偶成一二事，遂自負不世之節，號召浮薄喜事之人，黨同伐異，罔上行私，其風不可長。”真乃此一時，彼一時也。

今天看來，張居正這種危機處理方式霸道殘酷，但在當時他能找到更好的辦法么？不像一個民主社會里，可以到議會替自己辯護，又沒有一個中立的仲裁機構。當時只可能一方不惜自己的生命博取輿論，另一方利用國家權利進行懲罰。上疏彈劾張居正不丁憂，既不是個純粹的道德問題，也不是個純粹的法理問題，而是各種因素攪和在一起的政治問題，對萬歷帝和張居正而言，不快刀斬亂麻將攪得沒完沒了。