經濟方面，東晉莊園經濟占據的比例比西晉更大。由于農業技術提升等因素，在僑姓世族與吳姓世族密集開發下，江南獲得全面發展而繁榮興盛，中國的經濟中心也逐漸南移，后來才有大運河的出現。此外，手工業和商業方面也有長足進步 。

農業農業農業方面，由于兵事將休，西晉廢除屯田制，將民屯田給予農民，實施占田制及蔭客制，并以課田法課稅 。占田制及蔭客制使世族占田有法可依，平民也擁有一定大小的土地，但世族大量并購土地的問題并未解決。雖然課田法使地租比曹魏時重一倍，但由于農民由賦稅更重的屯田農民構成，所以負擔比屯田制稍微減輕 。由于被蔭庇的農民只需向蔭庇者交租即可，國家稅收得由其他編民齊戶承擔，這使更多的農民轉蔭至大地主名下。最后政府稅收短缺，世族獲得經濟特權 。 東晉時期莊園經濟在社會經濟中所占的比例比北方更大。早在孫吳時期，江南經濟日益開發。當時吳姓世族即擁有眾多的莊園。晉室南遷后，中原人口大量南遷，改善南方地廣人稀的問題。僑姓世族大量開發無主地，建立方圓數十里至數百里的莊園，有效將勞動力組織起來。由于世族壟斷土地，占奪田園山澤，使得貧富差距極大。所以王導曾于晉成帝咸和五年(330年)實施度田收租，以改變西晉時將田租與戶調合一征收;咸康二年(336年)頒布“壬辰詔書”，禁止占山護澤。這些都意圖減輕百姓負擔 。當時莊園除了有部曲、佃客外，還有門生及奴隸。中原人士帶來北方精耕細作的技術，推廣牛耕加快耕田速度。東晉南朝重視水利，代有修筑。最后，南方的水田普遍開發，農作物品種增加、生產量提高(如嶺南地區一年可兩熟)，長久下來使中國的經濟中心南移。

手工業手工業主要由官府專營，設置少府及作部。冶煉業得到了發展，灌鋼技術的發明，把生鐵和熟鐵混雜在一起，工藝簡便，生產效率更高，鋼鐵的品質也更好。在熱處里技術中發明了油淬，使鑄鐵可鍛化，最后鍛件成為主導地位。紡織業用麻織成的布，馬鈞改良紡織機，品種及品質皆提升。當時制紙業除麻紙外也利用藤做出“藤角紙”。紙張已經可作出雪白紙及五色花箋，到南朝完全替代竹簡和絹錦。制瓷業在制成技術也有長足的進步，并廣泛在南方地區擴散。例如浙江就形成越窯、甌窯、婺州窯及德清窯。制茶業方面，由于晉代士人習慣飲茶并提倡以茶代酒，使需求提高，種植區域進展到東南沿海。造船業歸官府管理，當時大船載重達萬斛以上。由于江南水路繁多，所以十分興盛。

商業商業方面，晉室南渡后，中原財富大多轉移至江南地區，商業仍然興盛，最大商業中心為建康、次為江陵。由于戰亂與銅量不足，鑄錢不足，幣值處于混亂狀態。貿易也有發展，南北互市和海外貿易主要由官府掌握，私人經營商業的很多，交易的大宗物品是糧食、布帛、魚、鹽等生活用品和一些奢侈品。廣州海上貿易發達，進口明珠、翡翠、犀象、香料，出口以絲綢為大宗 。