明朝嘉靖年間重錄《永樂大典》后，有關(guān)大典的記載就很少見了，特別是永樂正本的下落更是人云亦云、變得撲朔迷離。有人認為大典正本毀于戰(zhàn)亂或火災(zāi)，早已蕩然無存。有人卻認定大典應(yīng)該是被殉葬了，還有重現(xiàn)于世的希望，要不然怎么會突然間杳無音訊的呢？以歷史記載詳實而著稱的中國，怎么會連這樣大的一部重要典籍的下落都沒有記載呢？實在匪夷所思！正本究竟遭受了何等命運？如何亡佚的？至今還是歷史上的一大懸案。

毀于明末說

根據(jù)史書記載，永樂年間曾經(jīng)考慮過將新編就的《永樂大典》付梓，但因工費浩繁而罷。嘉靖副本重錄30年后，又有南京國子祭酒陸可教曾上書建議刊刻大典，因為同樣的原因未被采納。更有太史令李維楨批評《大典》“冗濫可厭，殊不足觀”，說明在明朝萬歷年間，《永樂大典》仍然存世。可到了明末，學者談遷和顧炎武卻認為大典在萬歷末年間就毀于大火了。熟悉明末宮闈舊事的宦官劉若愚寫的《酌中志》也說：“舊《永樂大典》二部，今又見貯于何處也？”真是一點線索也沒有。所以《四庫全書總目》就下了個結(jié)論，說“明祚既傾，南京原本和皇史宬副本并毀”，還說嘉靖錄副時，實際上是抄了正、副二本，錄副后，永樂原本歸還南京去了，一并毀于明末戰(zhàn)亂。這些說法看來并沒有明確的歷史依據(jù)。

毀于嘉慶乾清宮大火說

清朝康熙年間，學者徐乾學和高士奇等人在皇史宬中發(fā)現(xiàn)了《永樂大典》副本，已有殘缺。雍正間，這部副本被運到翰林院保存了起來。學者全祖望猜測永樂正本應(yīng)該還在乾清宮中，希望能用正本來配補遺失的副本。清末的繆荃孫也執(zhí)相同看法，并且明確說，正本是在嘉慶年間乾清宮大火中被焚毀了。可是乾隆間編纂《天祿琳瑯書目》時并沒有記載正本的存在。而且乾隆皇帝在編纂《四庫全書》時，還尋找過丟失的副本，負責輯佚《永樂大典》的館臣們也沒有見過正本。所以正本毀于乾清宮大火的說法應(yīng)該是靠不住的。

殉葬說

20世紀60年代，位于北京十三陵的明神宗(萬歷皇帝)的陵墓定陵的大門被緩緩打開。定陵的挖掘是當時考古界和史學界的一件大事，報刊一時紛紛報道。但定陵的挖掘還有著一層不為人所知的背景，就是以郭沫若為首的一些史學家論證《永樂大典》的正本被殉葬在定陵中，結(jié)果當然讓人有些失望。可是《永樂大典》殉葬說卻被很多學者所采納，他們從最喜愛《永樂大典》的明世宗的下葬時間和《永樂大典》錄副的進度來比較，以及從《永樂大典》正本突然失蹤的情況來判斷，猜測《永樂大典》的正本極有可能是殉葬在明世宗的陵墓──永陵中去了。殉葬說并不意味著我們尚可以找到完整無損的《永樂大典》正本，可是這部資料價值極高而又歷經(jīng)磨難的類書的命運又一次牽動了人們的神經(jīng)，而被廣泛地關(guān)注和報道。《永樂大典》的命運已經(jīng)成為人們心中永遠解不開的結(jié)。