1638年1月至2月，在九州長崎東部的一個鉤子形半島上的“春城”，由幕府老中、伊豆守松平信綱率領的12萬4千幕府大軍兵臨城下，據守城池的守軍卻是3萬基督徒，他們是平時手拿鋤頭、鍬鎬在土里刨食的農民和少數町人(商人)，而且其中有三分之二是婦女、小孩和老人。令人難以置信的，率領著3萬多教徒軍的竟然是一位16歲的少年，他就是天草四郎時貞。

一方是訓練有素的12萬多正規軍，一方是實際能戰斗者只有1萬多人的老弱之兵，幕府軍以眾打寡，顯然勝負是明擺著的。是為“島原之亂”。然而，教徒軍的城池就是久攻不下。原來幕府派來的板倉重昌在元旦之戰中戰死，那一戰幕府軍死傷4000余人，起義軍死傷還不到100人。這回幕府派來的松平信綱又來繼續圍城。農民們沒有活路了便揭竿而起，這就打亂了幕藩政治的封建秩序，在他們看來就是“犯上作亂”。那么，“島原之亂”是如何發生的呢？這要從基督教傳到日本說起。 天主教初到日本是在1549年，登陸地點是鹿兒島。天主教、基督教在九州已有近90年的歷史，可謂根深蒂固。之所以鹿兒島一帶教會大行其道，主要原因有，如地處偏遠，中央不易控制;此地土地貧瘠，收獲不豐，而領主租稅繁重;加之，領主幕府鎮壓手段過于殘酷等等。

當年豐臣秀吉平定九州時，曾看中一個有馬領內的美女，便要將其帶回大阪，而此女是個虔誠的教徒，力陳豐臣秀吉做法有違一夫一妻教義，堅辭不就。當然，豐臣秀吉已有寧寧和300多個美女，但當時的世道是強者可以為所欲為，一個普通女人居然敢不服從“關白”的命令，惱怒的豐臣秀吉發布禁教令據說與此有關。再則，當時禁教之所以不徹底，一方面是豐臣秀吉忙于南征北戰，另一方面則是牧師們暗中得到了島原半島領主有馬晴信的庇護。后來德川家康在關原之戰打敗豐臣秀吉后代勢力后，將有馬晴信處了死刑。不過，因為有馬晴信之子有馬直純從小在德川家康身邊長大，又娶了德川家康曾孫女為妻，所以德川家康叫有馬直純繼承了其父的4萬石俸祿去當島原領主。受寵若驚、感激涕零的有馬直純，雖然也是個教徒，但為報答德川家康厚愛，毅然退教，發誓要將天主、基督斬草除根。島原教徒從這時起便開始了劫難。有馬直純大開殺戒，將不愿棄教者活活燒死，并叫其他教徒現場觀看。可結果不怕死的教徒反而更增加了勇氣。幕府看有馬直純治不了教徒，便把他調到日向(宮崎縣)，但他的很多部下不愿離開故鄉，寧可落魄為浪人、百姓，這部分人后來反倒成了義軍的力量。

接替有馬直純來島原當領主的是豐后守松倉重政，此人是個筑城名人，到此地當然不滿意日野江城，于是大興土木要錢要工。這樣，島原人民受的是雙重苦難——信教不準，還要無休止地出錢出工。不愿棄教者不僅遭到湯澆、火燒、投入大海，而且，還被丟進云仙溫泉硫磺火山口活活熏死。不僅如此，租稅也極其苛刻，種一棵煙草，收獲煙葉的一半要上繳;種的茄子要預計結幾個果，有時收成不好，收獲的東西要全部上繳。

正當人們已經沒有任何生機的時候，一個傳說在島原、天草不脛而走。原來1614年左右，一個神父在被迫離開日本時曾預言：“25年后當出現一位天童，是上帝再世，精通教義，諳魔法，他一定會拯救你們。”后來出現了一個人，他就是天草島小西家武士益田好次的兒子四郎時貞，年方16歲。苦難中的人們成千上萬地聚集在他的周圍，形成了一股強大的力量。