崇禎十七年(1644)，闖王李自成領導的農民起義軍進攻北京，崇禎帝見大勢已去，絕望地叫來太子朱慈烺并另外兩個兒子——朱慈燦、朱慈煥，親自為他們換上民間衣服，令其逃亡，并叮囑他們說：“見到做官的叫老爺或相公，見到平民百姓叫老爹或老兄，見到文人叫先生，見到軍人叫長官，以此保全性命，勿忘父母之仇，勿忘光復明室?！边@是一位父親對不通人情世事的孩子們如何在亂世中安身立命的教誨，父子親情及無限感慨盡在其中。

后來，農民起義軍攻破城池，崇禎帝自縊煤山。由于局勢混亂，太子朱慈烺出宮后的下落便變得撲朔迷離起來，在當時就已經傳聞紛起。

其中第一種說法是，崇禎太子后被清廷處死。如《國壽錄·崇禎太子》和《甲申傳信錄》(作者錢粵只，明末清初人)中都有這樣的記載：

當時，太子趁亂逃出皇宮，被一位老太太收留。當老太太得知他是太子，便讓他隱姓埋名，在家藏匿三個月之久。后來老太太衣食無著，無力供養太子，就想辦法把太子送到了其親屬周奎家。這周奎膽小怕事，不敢收留，甚至聽到清廷的搜捕令后，立刻將朱慈烺上交了刑部。清朝統治者得到朱慈烺后，恐怕朱慈烺會成為明朝遺民的精神支柱，于是將他處死，斬草除根。

第二種說法是，被李自成俘獲。

《明史》記載：“京師陷，賊獲太子，偽封宋王?！?/p>

李自成進城后，受命保護皇子的太監怕受牽連，又見李自成下了懸賞令，便把太子獻給了李自成。李自成為了籠絡人心，將朱慈烺留在軍中，并將其作為招撫吳三桂的人質。

后來，李自成被吳三桂與清軍擊敗，他不得不與吳三桂議和，作為條件之一，把太子交給了吳三桂。后來太子逃出了吳三桂軍營，至于以后的行蹤，有人說太子被帶到了皇姑寺，也有人說太子死于亂軍之中，但還有人認為，李自成交給吳三桂的是假太子。

第三種說法是，出家為僧。

據廣東嘉應(今梅縣)地區的傳說，太子朱慈烺隨李自成西去途中，與當初的東宮侍讀李士淳一起逃走，到了嘉應州陰那山靈光寺削發為僧。

辛亥革命后，李士淳的后人李大中在《二何先生事略》一文中公開宣稱其祖先曾救過崇禎太子，文中稱，李氏淳也曾想以太子為號召反清，但是隨著清軍席卷江南，大局已定，反清無望，太子只好絕望地剃度為僧，以了殘生。

還有人說，朱慈烺逃奔了南明小朝廷。

朱慈烺出宮后，顛沛流離、隱姓埋名，輾轉至南京弘光小朝廷。福王朱由崧召集大臣馬士英對他進行盤問，自然對答如流，很多人都認為是真的。可是福王為了穩定自己的帝位，拒不承認太子為真，有言太子為真的皆殺。后來清軍攻破南京，朱慈烺被擄，從此下落不明。

綜上所述，由于有關崇禎太子的記載出入很大，流傳下來的傳說又難辨真假，因此，時至今日，這位明朝末代太子的下落仍然是個謎團。