當順治皇帝染病的消息傳出宮后，湯若望非常揪心，立刻進宮，要求覲見陛下。順治帝聽聞后非常感動，他下諭旨告訴湯若望，他的身體實在不允許他有任何走動，但湯的忠順令他感動，他視湯為瑪法(譯者注：滿語中瑪法的意思是爺爺)，所以有機會一定召他覲見。湯請內臣向皇上轉奏，神愛世人，圣上的病已經十分危急了，他懇請皇帝可以認真讀一遍他送去的《福音書》，書上記載著天國與人釋罪后可得永生。順治帝聽從了湯的建議，親自閱讀了《福音書》，之后他發出感慨：湯是真正忠于他、關懷他的人啊！但是他罪重錯繁，這樣的人是沒有顏面前去天國的。如果他這次可以痊愈，一定會接受洗禮信奉湯所信奉的宗教，但是現在身患重病，是沒有辦法做這件事的。

在那個時候，皇帝還沒有正式地冊封太子，于是身為皇帝母親的皇太后就開始催促順治帝盡快了結此事。順治帝對人選的問題還未選定，他認為自己的一位兄弟十分適合，但皇太后與眾親王均反對這個決定，堅持讓他從皇子中擢選。皇帝舉棋不定，便派人找到湯若望詢問他的看法，湯贊同了皇太后的意見，也同時贊同皇太后選擇的那位皇子。就這樣，皇帝在太后及眾臣的勸促下，放棄了原定的一位年長皇子，轉而選擇一位庶出的年幼皇子為太子，其時該皇子年紀不足七歲。而這位皇太子正是未來的康熙大帝，中國最偉大的皇帝之一，而湯的這一良策雖是人生最后一次，但也是最偉大的一次，為國家做出了不可磨滅的貢獻，有四人在之后被任命為新帝的輔政大臣——索尼、蘇克薩哈、遏必隆以及鰲拜。順治帝在立下太子后，也就是公元1661年2月5日或6日駕崩，同樣也是病倒后僅僅三天，享年二十二歲。

在先帝喪殯后，舉行了新帝登基的儀仗。百官在儀式上向康熙帝效忠，湯也不例外。但他同時也在大殿上當著所有人的面宣讀了天主的信仰，之后他便參加了典禮，不只是代表自己，也代表天主。他這看似癲狂的舉動給新帝和太皇太后還有皇太后都留下了深刻印象。太皇太后甚至邀請湯為新帝祈禱，同時也下諭旨讓湯的教友們也為新帝祈禱。

四位輔政大臣在新帝登基伊始就表現出優秀的作為，他們將宮中近四千名太監革職，僅留下1000人作為日常服侍。并下令，如有太監干政，一律嚴懲。而先帝生前結識的僧侶也不得不離開宮中，同時輔政大臣們也解散了先帝的嬪妃。

湯接連拜訪了四位輔政大臣，盡管蘇克薩哈并不待見天主教的信仰，但四人卻并沒有為難湯若望，以非常友好地氣氛結束了拜訪。大臣們請湯若望坐在身旁，并一致認為應讓他繼續做新帝的顧問，也就是太傅。在之后的日子中，湯與四位大臣保持了良好的關系，也屢次接受輔政大臣的表彰。

而湯受到敬重的原因，不僅是由于他的為人，還因為他的才能。他曾發明了一種技術，成功地解決了當時的一個難題。當時，京城附近發掘出五口銅鐘，大多是明朝時期的，十分巨大。新帝剛登基不久，決定將這五口中最大、也是最精美的一個吊到高樓上，但是因為太重，什么辦法都不奏效。后來，湯設計了一種起重機，成功地將這口巨鐘吊至樓上。這口巨鐘紋飾精細，銘文長達萬余字，重達十二萬斤。湯的這一壯舉，贏得所有人的尊敬。

在四個月后，發生了一起事故，鐘樓失火了，大鐘也同時受損。但過了兩年后，湯又用他的機器將另一口鐘吊到修復的樓上。據傳教士南懷仁說，這些鐘起碼有兩萬五千多德國磅，比歐洲人公認的德國艾府城巨鐘還要大得多。

太皇太后此時是清朝的實際掌控者，她稱湯為“義父”，對湯抱有善意的好感，經常賞賜給他禮物，而在御宴時，太皇太后也時常將自己的食物分于湯，以示特別的恩惠。直到1664年，湯的地位一直不曾變動。