日軍通過這些在美國被禁止的研究方式獲得的細菌戰資料對美國軍方和科學家有著特殊的吸引力。因此，美軍迫切想獲得日軍細菌戰情報，以了解其研究水平和進展。美軍占領日本后，迅速通過各種途徑找到了不少日軍細菌戰部隊的專家和將領，特別是1946年1月美軍情報部門發現并拘留了731部隊的負責人石井四郎。美軍隨即“對石井進行了為期7周的秘密訊問”，在這7周當中，美軍還對另外20多名石井的親信人物(包括一些軍醫)進行了審訊。

但是美軍的審訊進展并不順利，沒有獲得多少有價值的情報。因為日軍在戰敗前燒毀和藏匿了細菌戰部隊的所有材料，同時命令所有的參與者要對所見所聞的事實和自己曾是細菌戰部隊成員的身份絕對保密，因此美軍很難獲得有價值的實物證據和口供。同時，由于害怕被審判，石井等雖然承認了731部隊的存在，但完全否認做過人體實驗以及在實戰中使用過細菌武器。

增田知貞、北野政次等日本細菌戰部隊其他核心人員在接受審訊時也都裝作一無所知。對此美方情報人員報告說：“從不同審問對象所獲得的情報大同小異。在調查中，沒有發現日軍在該領域進行研究開發的任何文字證據。接受當面調查的對象異口同聲說因為有關文件都是絕密，因此已按照陸軍的命令全部予以銷毀。所以，獲得的情報只是被調查者的記憶所及。”這種情況讓美國情報部門非常頭疼。

石井四郎等人以細菌戰情報為籌碼與美國博弈，要求赦免其罪責石井四郎等人之所以不愿意配合美軍的審訊，一方面是“因懼怕被定為‘戰爭罪犯’而提供不完全的情報，以逃避責任”，另一方面石井等也非常清楚美軍對這些情報的渴求以及自己對美軍的價值，因此他們想用自己所掌控的細菌戰情報跟美軍討價還價，使得主導東京審判的美國幫他們“免罪”，保他們逃脫懲罰。他們用以下方式與美軍情報人員進行周旋：

方式一：吊足美軍胃口。石井等人在當面否認進行過人體研究和細菌戰實戰，卻私下通過參與美軍審訊的日本翻譯龜井貫一郎向美軍情報官員暗示：“除了已供認的以外，還有很多攻擊性武器的細菌實驗和開發，在中國內陸曾對中國軍隊進行過細菌戰實戰試驗，這是毫無疑問的。而且不只是石井部隊一個部隊而是有一群部隊進行了人體實驗并取得了成果。”這樣一方面會讓美軍情報部門因為他們的價值舍不得將他們送到國際法庭，保證他們的安全，另一方面也會刺激美軍獲得情報的欲望。

方式二：石井四郎、增田知貞等731部隊核心人員向美軍審訊人員提出要“免除戰爭犯罪的書面保證”：“我們愿意合作……但是我們對我們的朋友也負有義務，我們曾宣誓永不泄露人體實驗的秘密，我們擔心我們中有些人會被作為戰爭罪犯起訴。如果你能向我們提供書面豁免保證的話，也許我們能弄到所有的情報。”同時日本翻譯龜井也幫腔說：必須讓這些“掌握詳盡實驗結果的人確信你的調查是出自純科學的目的(也即確保日本人的證言不是被用于戰爭犯罪審判)，我相信這樣你會得到更多的情報”。龜井還告誡美方人員說：由于所有與細菌戰有關的人都已宣誓不能泄密，“你將不得不克服那個障礙……除非提供豁免，否則將不會得到什么情報。”

方式三：為了迫使美國同意赦免細菌戰研究者的戰爭罪責，日本人還打出了蘇聯牌。當時冷戰已經開始，他們非常清楚美軍對蘇聯的敵對情緒，因此增田知貞曾語帶威脅地向美軍審訊者表示：“如果我們與某個共產主義分子聯系的話，他有可能告訴蘇聯人”。龜井也暗示美軍說：“日本人相信如果他們披露這些(攻擊性細菌武器)情報，共產主義分子會發現，寫信給盟軍最高司令部，告訴蘇聯人，引起輿論，迫使調查公開……日本人傾向認為保持沉默是最明智的”。因此龜井建議美軍將對細菌戰知道最多的人“轉移到美國本土”保護起來。

方式四：石井對美軍審訊采取拖延和敷衍方式，以迫使急于獲得全部情報的美軍審訊人員答應幫其免罪。他一方面表示無法向美國人提供詳盡的技術資料，因為731部隊所有記錄都已銷毀了，而且他從來也“不了解那么多的細節，許多知道的也已忘記”，并聲稱他根本就不知道細菌戰實戰試驗。另一方面，在適當的時候，他又表示：“如果你們書面同意赦免我、我的上司、部下的全部責任，我將會把我知道的一切情報提供出來。”他同時表示“愿意被美國雇傭為細菌戰專家……在準備與俄國人進行戰爭時，我可以提供我20年以來的研究和經驗，我曾在實施和防御細菌戰的戰術問題上提出過許多設想，可以寫出幾部關于細菌戰的書”。

就這樣，美國為了自己的利益，最終放棄駁回了國民黨代表的正當合理要求，日本戰犯沒有得到應有的懲罰！