清軍人關，定鼎北京。要完成統一中國，首要戰略還是消滅李自成的大順國，為此全力以赴;李自成軍卻屢戰屢敗，一蹶不振，直至崩潰。 放棄北京，逃進西安李自成在山海關慘敗。順治元年(1644)四月二十六日逃回北京。 早在出征前，李自成和主要將領們就有返回西安的打算，此次戰敗更使他們下定了決心。

同月二十八日，李自成命劉宗敏、李巖等部在北京城郊阻擊追軍，又遭慘敗。二十九日，他草草登基做皇帝，隨后準備撤出北京，臨行時還在城里放了一把大火，更是失去民心。翌日清晨，也就是闖王進京的第四十一天，大順軍離開北京城，正是來也匆匆，去也匆匆，在北京當了一天皇帝，就走了。多爾袞命吳三桂和英親王阿濟格、豫親王多鐸等部尾追，李自成軍人數遠遠超出追軍，但卻一敗于慶都，二敗于定州，三敗于真定，正是連戰連敗，但也暫時擺脫追擊，經獲鹿、井陘，進山西南往西安去了。放棄西安，再走武昌 五個月后，清軍經休整后兵分兩路：一路是吳三桂、阿濟格等西進;一路是多鐸南下。

吳三桂、阿濟格等進入山西，沿途州縣大順軍紛紛投降，在陜北趕走李過、高一功軍，先后占榆林、延安，即南下進攻西安;多鐸軍在河南懷慶(沁陽)擊潰李自成的反攻部隊，又在潼關四戰四捷，把李自成、劉宗敏親率的主力打得大敗。李自成在返回西安后，自知西安難保，在多鐸軍進潼關時，就主動放棄了西安，急忙東南走藍田、紫荊關，經河南南走，臨行時，令田見秀斷后燒毀糧倉，田見秀沒有執行，就跟隨走了。兩路清軍會師于西安。

清軍占領西安后，多爾袞命多鐸照原計劃對南明福王政權展開大進攻，由吳三桂、阿濟格繼續尾追李自成。李自成軍不敢回擊，急于南下襄陽，進駐武昌。兵敗如山倒李自成在武昌駐留了五十天，他改武昌府為祥符縣，這時他的丞相牛金星已脫離了大軍，李巖已遭冤殺，將士多批散失、逃亡或降敵。在武昌，李自成又曾組織反擊，仍被敵軍擊潰。從山海關慘敗到此，不過十個月光景，他和追軍從沒有打過一次好仗，幾十萬人的大順軍常常被少于他十倍、百倍的追軍打垮，正是兵敗如山倒。

清軍奪得武昌后，繼續緊追，在興國(湖北陽新)東的富池口，再次大敗李自成軍，幾天后又在富池口東幾十里，全殲李自成軍主力，劉宗敏被俘殺，宋獻策投降。李自成率殘部西走，他本人在探路時，于通山九宮山為民團殺害，但也有說他是逃到離富池口千里外的湖南石門，躲進夾山寺做了和尚。

野史多有將農民領袖寫成失敗后出家為僧的，如黃巢、李順、芝麻李，包括稍后幾十年的山東棲霞于七。但不管如何說法，此后不再見有李自成此人的名字和事跡了。李自成散落兩湖的余部還有三四十萬人馬，一部分如田見秀、張鼐等部投降了大清，其他如李過、高一功等部歸依了南明。

吳三桂沖發一怒為紅顏確實為李自成的失敗打下了致命一擊，但是值得留意的是，滅了大明的李自成，其實已經開始腐敗了，他焦躁自滿，趕走大將李巖夫婦，最終結果可想而知。沒有了眾多將士的勠力同心，他最終只能走向毀滅。當然，如果從歷史發展的角度來看是，傳統的農民階級是敵不過封建大地主階級的。除非他們能極快地同化。