后金天命十一年(1626)八月二十一日，努爾哈赤毒疽發作而，死，皇太極繼承汗位。關于皇太極是如何繼位的問題，有不同的說法。

據朝鮮史籍《魯庵文集》記載：“老汗(努爾哈赤)臨死曰：洪佗始(皇太極)能成吾志。終無所命而死。”因而皇太極得汗位，是符合努爾哈赤臨終之命的。

長期以來，一些明清史專家認為，皇太極汗位是從其幼弟多爾袞手中篡奪來的。清人蔣良騏的《東華錄》順治八年(1651)二月己亥詔內載，多爾袞聲稱“太宗文皇帝(皇太極)之位原系奪立”，暗示皇太極篡奪汗位。據說，努爾哈赤生前已立多爾袞為嗣子，而皇太極用陰謀狡詐的手段從其幼弟手中奪取了汗位，為去除篡位障礙，還逼迫多爾袞生母大妃納喇氏死殉。此說受到一些人懷疑，因為努爾哈赤痛恨多爾袞生母不忠，去世前特命她死殉。當時多爾袞才十五歲，既無功業，亦無威望，故不可能立多爾袞為嗣。皇太極即位后，對多爾袞“特加愛重”，大力培養提拔，多爾袞對皇太極的恩育萬分感念，盡心盡力輔佐皇太極，勛勞卓著，成為皇太極最得力的助手。總之，皇太極與多爾袞兄弟感情較好，無法想像皇太極對多爾袞干下篡位、殺母的勾當。

有的則認為，皇太極的汗位是通過激烈爭斗，力克競爭對手而得到的。努爾哈赤死后，皇太極與諸貝勒爭奪汗位的斗爭白熱化，最后皇太極擊敗對手自立為汗。其間，皇太極與代善的爭斗尤為激烈，代善有勛績，有聲望，也有勢力，長期以來一直是汗位的有力競爭者，皇太極抓住一切機會打擊代善，如利用代善與大妃納喇氏的曖昧關系，推波助瀾，借助輿論，促使努爾哈赤罷黜大妃，代善威望遭受損害。努爾哈赤死后，又逼大妃死殉，削弱代善的勢力，最后壓服代善，奪取汗位。

還有學者認為，皇太極汗位并非奪立，而是由諸貝勒推舉產生。努爾哈赤生前未立嗣子，而是確立了八和碩貝勒共治國政的制度，為汗者須請貝勒推舉產生。當時諸貝勒中，數皇太極實力最強，努爾哈赤死去當天，代善長子勸代善說：“四大貝勒(皇太極)才德冠世，深契先帝圣心，眾皆悅服，當速繼大位。”代善表示同意。次日，在諸貝勒大臣聚于朝時，代善提議舉皇太極為汗，請貝勒“皆喜曰善。議遂定，乃合詞請上即位”。

《魯庵文集》所記更富戲劇性：代善表示，按努爾哈赤遺愿，當立皇太極為汗。皇太極推辭，主張代善當立，并“相讓走避”。國不可一日無一君，大臣們一會兒去請代善，一會兒去拉皇太極，“號呼奔走于兩間者再三，凡三日”，最后還是代善使人“群擁”皇太極即位。這里不見刀光劍影、不擇手段的權力爭斗，代之以和平友好的互相謙讓。

這與貫串清朝特別是其前期血腥的最高權力之爭，形成強烈反差，令人難以置信。其中雖有言過其實之處，但按當時情況，民主推舉皇太極為汗，還是有可能的。因為，當時人們相當崇尚武功，而皇太極的武功遠遠超過才十幾歲的多爾表，與代善比也不相上下;此外，在政治識見、軍事才能和個人威望上，皇太極都高出請貝勒一籌，由于君主專制制度尚未發展完善，遇大事須協商辦理，因而推舉才能卓著的皇太極即位，是不足為怪的。