康熙二十六年(1687年)，75歲的孝莊離開了人世。但是，出人意料的是，孝莊并沒有與皇太極合葬于關外昭陵，而是要求別葬于關內盛京之西的昭西陵。如此出于情理之外的請求，引發了多方的揣測，世人以為發生這種變故很可能是下嫁之故。

史書記載，孝莊太皇太后在臨終之時，告訴圣祖康熙，由于太宗陵寢奉安已久，且已有孝端皇后合葬，不可因為自己而輕動土木，而且，自己心中還時刻惦念著順治與康熙父子，所以，應當在順治孝陵附近安陵。但這不過是官方文書藻飾之辭，不能夠令人折服。而且，在事實上，康熙年間也認為這事難辦，難堵眾人悠悠之口。終康熙一朝也始終未能安葬孝莊，孝莊的梓宮一直停放在順治孝陵之側。直到雍正三年(1725年)，雍正服父喪27個月之后，才動工興修昭西陵。

在中國傳統的喪葬禮節中強調的是“入土為安”，但康熙卻三十多年不葬祖母，雖然雍正解釋為康熙與祖母感情篤深，不忍下葬，但這始終是說不過去的，其中必有迫不得已的隱衷。在孝莊崩逝之后，康熙違反常規執意要在宮中為祖母守三年之喪，后因朝臣反對，康熙也戴孝將近兩年。康熙的言行留給世人的感覺是，在純孝之外，似乎還對祖母懷有一份非常濃重的歉疚之心，希望有所補償。而這份歉疚來源于何，必然是康熙的一份不可告人的隱痛。這隱痛就是孝莊為了保存皇太極的遺孤，保住皇太極一生奮斗而來的事業，不得不做出有悖倫常的事情。在這一點上，孝莊不僅沒有辜負太宗，而且應當為太宗諒解，甚至是感激。但是，礙于世俗禮法，孝莊竟然不能與太宗合葬，遭受了莫大的委屈，背負著不白之冤，這是康熙心中永遠的隱痛，至死不休。

當時，多爾袞提攜原本不受重用的滿達海、阿巴泰、尼堪繼承了王位。他們成為議政王之后，自然對多爾袞唯命是從。此時，八旗兵力的分配情況是：兩黃旗，名義上歸世祖，實際上由多爾袞以攝政王的身份指揮。正白旗，為多爾袞的嫡系武力。鑲白旗，本由多爾袞胞弟豫親王多鐸為旗主，此時亦歸多爾袞。正藍旗，本為太宗所有，順治初又歸多爾袞，而名義上的旗主為豫王之子多尼。正紅旗，此旗為代善所有，現在旗主為滿達海。鑲紅旗，旗主為克勤郡王岳托，英親王阿濟格亦持有一部分。這樣，多爾袞握有兩黃、兩白、正藍五旗，對兩紅旗亦有影響力，只有完全屬于鄭親王濟爾哈朗的鑲藍旗是唯一的敵對勢力。

在這樣的壓倒優勢之下，何事不可為？作為攝政王的多爾袞貶斥了鄭親王濟爾哈朗，誅殺了豪格，手握重兵，黨羽密布，所有的反對勢力都已臣服，他唯一有所顧忌的，就是孝莊太后。那么，多爾袞由未入關以前想奪皇位而不能，到此時能奪皇位而不奪，其真實原因究竟是什么呢？唯一可以解釋的就是孝莊。作為少年時的愛侶，孝莊太后以萬縷柔情，約束多爾袞的“最后行動”，其間綢繆委屈，調護化解，不知費了孝莊多少苦心。

至此，可以判斷孝莊決無下嫁多爾袞之事，但其失身卻是不可避免的。孝莊太皇太后留下遺旨不與太宗合葬，就是認為自己白璧有玷之身無法再與太宗同穴。康熙完全了解孝莊當年辱身以存太宗天下的苦心，所以孝養無微不至。孝莊去世之時，不能葬于皇太極昭陵，但是康熙不忍心讓祖母孤零零地別葬他處，所以才形成了停孝莊梓宮數十年，而無法下葬的局面。孝莊不能與太宗合葬的苦心不僅康熙了然，朝臣心中也如明鏡似的。