初入翰林，為新科進士;再入翰林，為赦罪犯人。當年揮斥方遒的青年，此時已深刻體會了世事無常和人生艱難，不復當年心態。“人生快意果有失，一蹶萬里隨戎旃”，這是對以前快意人生的后悔;“少年意氣已蕭索，傷禽寧望高飛翻”，這是對前途莫測的恐懼;“毋乃怪我趨營猛，諷我宴坐娛林泉。拈花微旨雖默契，拂衣未忍猶留連”，這是出世與入世的矛盾;“友朋知己尚必報，況乃圣主恩如天”，這是彷徨之后決意仕進的選擇——這些詩句都出自紀曉嵐剛從烏魯木齊返京后寫作的《幽篁獨坐圖》，非常真實地反映了他當時的心態。

雖然遭受挫折，紀曉嵐還是義無反顧地再次投身仕途。返京的當年10月，紀曉嵐迎鑾密云，正值土爾扈特部歸順，龍顏大悅，紀曉嵐作了文章進獻，得乾隆皇帝嘉獎，復授翰林院編修。

1773年，朝廷開四庫全書館，紀曉嵐得大學士劉統勛的推薦，被乾隆皇帝任命為四庫全書館總纂修，這一年紀曉嵐剛好50歲。對他而言，總纂《四庫全書》是其一生中最重要的事，前后花費10年之功。

因整理《四庫全書》、纂修總目有功，紀曉嵐此后平步青云：被提拔為內閣學士;授兵部侍郎、御史、禮部尚書;又調任兵部尚書、協辦大學士，加太子少保。1805年2月，紀曉嵐離開人世，當時他已升任為協辦大學士18天。

晚年的紀曉嵐，雖官高名顯，但在乾隆皇帝眼中始終是文學侍臣，形同俳優。1785年，員外郎海升毆死發妻，身為左都御史的紀曉嵐參與審案，被乾隆皇帝斥為“無用腐儒”。

1786年，御史曹錫寶彈劾和珅家奴劉全仗勢招搖，此事與紀曉嵐無關，而乾隆皇帝在上諭中明確懷疑紀曉嵐，揣度他對和珅心懷不滿而暗中唆使，此事后來雖未牽扯到紀曉嵐，但紀曉嵐內心之恐慌可想而知，因此言行也愈發隱忍順從，閑居之時也只是獨坐焚香著述而已。至于乾隆皇帝駕崩之后，嘉慶皇帝即位，更是將紀曉嵐當做元老對待，有客氣而無實質上的任用，否則也不會到他行將就木才予其大學士之銜。

但是不管怎樣，紀曉嵐做官做到死，在學術盛興的乾嘉時期，這種選擇也是耐人尋味的。同時期的大詩人、思想家袁枚，年長紀曉嵐8歲，少年成名，高中進士并選為翰林院的庶吉士，但卻沒有留下來，而是外放知縣，仕途輾轉十幾年后歸隱隨園，寄情山水;同年進士錢大昕，和紀曉嵐齊名，人稱“南錢北紀”，亦在盛年辭官，致力于學術。

同一時期在史學上有很高成就的章學誠，考中進士、外放官員之后選擇不去……對比這些學者，作為學者的紀曉嵐是世俗的，作為官員的紀曉嵐則是孤寂的、無奈的。

紀曉嵐集官員、學者、作家等多種身份于一身。若從價值角度論，他首先是一位學者，留下了《四庫全書》，在學術史上具有不可替代的重要作用?！案〕粱潞Ｈ琥t鳥，生死書叢似蠹魚”，這是紀曉嵐自作的挽聯，也是對他一生經歷的真實寫照。