本紀共二十四卷，就卷數而論，《明史》本紀所占不足全書十分之一，若以字數而論，則所占不及全書二十五分之一。由此可知本紀在《明史》中所占比例甚小，這是《明史》編纂體例中的一個特點。本紀在紀傳體史書中，是以編年形式敘史的部分，《明史》顯然是將本紀作為全史之綱，以簡明扼要的方式，首列于全書之前，使人在讀閱這部史書之時，首先了解到有明一代歷史之概況，而不是使人在讀閱本紀時便事無巨細盡覽盡知。這應該算是《明史》修纂整體設計上的獨到之處。

《明史》本紀的另一個特點，是尊重史實，不以明代官定史論為據。如建文帝年號于成祖奪位后革除，其四年實錄僅以元、二、三及洪武三十五年，附于《明太祖實錄》之后?！睹魇贰分袆t專立《恭閔帝紀》一卷，甚為得體。再如英宗削景泰帝號，情形與建文事相似，《明史》中亦處理得當。清代史家錢大昕曾論稱：“其例有創前史所未有者。如《英宗實錄》附景泰七年事，稱郕戾王，而削其廟號，此當時史臣曲筆。今分英宗為前后兩紀，而列景帝紀于中，斟酌最為盡善?！?錢大昕：《十駕齋養新錄》卷九)明洪武中懿文太子朱標，因早逝而未及繼位，建文元年(1399)追尊為孝康皇帝，廟號興宗。成祖奪位后，廢其帝號廟號，復稱懿文太子。是雖曾有帝號，而未改元登極，故不入本紀，而入列傳，但其曾有帝號，亦為史實，又與諸傳不同，特于后妃傳后，諸王傳前立傳。與之同列者，又有嘉靖皇帝之父，興獻王朱祐杬。嘉靖中興大禮議，特尊其父為睿宗興獻皇帝，也屬僅有帝號而已。《明史》本紀不列興宗、睿宗，正與其以本紀為敘述有明一代歷史之大綱有關。光宗即位于萬歷四十八年(1620)八月初一，死于同年九月初一，在位僅一月，未及改元，遂定以是年八月后為泰昌元年?！豆庾诒炯o》于是附于《神宗本紀》之后，未單立一卷，僅以數百字述過，不失為大綱之作。

《明史》本紀雖以時間長短為本，分卷記史，然而又不盡拘泥于此。太祖在位三十一年，本紀則占三卷，因其為開國之君。成祖在位二十二年，本紀則占三卷，雖可稱因其奪位登極，事屬特殊，則已有輕重之分。英宗二卷，尚可因前后各有年號為由，憲宗二十二年，亦占二卷，世宗四十五年，神宗四十八年，同樣各占二卷，莊烈帝十七年，亦占二卷?？梢娭T人修史，頗以史事輕重敘述，此又符合其立綱之體?？偟膩砜?，《明史》本紀，分帝而述，編年記事，又不失為一個整體，筆墨雖少，卻完整明了，輕重適宜?！睹魇贰繁炯o中一大令人遺憾之處是未能給南明諸帝立紀，這是清初政治形勢所決定的。清朝官修史書，不僅不可能給南明諸帝立紀，甚至于列傳中亦不立傳。清初私家修史，妄談及此，則也難免于“文字獄”之禍。