三藩指清初吳三桂、耿精忠、尚可喜三位藩王所轄藩鎮。清朝初年，由于清朝統治者力量尚不足以直接控制南方各省，因此將漢人降將有功者分封管理在一些南方省份：吳三桂封平西王，鎮守云南，兼轄貴州;尚可喜封平南王，鎮守廣東;耿仲明封靖南王，死后，其子耿繼茂襲封，鎮守福建。上述三方勢力合稱三藩。三藩在所鎮守的省份權力甚大，遠超過當地地方官員，并可掌控當地軍隊、稅賦等。

三藩的建立和其勢力的養成，是清廷利用明朝降將平定及鎮守南方的結果。清廷入關之后，因為八旗兵力不足，為了對付農民起義軍和南明小朝廷的反抗，不得不依靠明朝的降官降將充當前驅，從事招撫及武力鎮壓。在明朝降將中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吳三桂四人替清朝出力最大，所以均受封為王。他們所率領的軍隊成為八旗以外的重要力量，在滿清入關后為其效盡犬馬之勞。經過二十年的斗爭，堅決抗清的農民軍失敗了，南明的腐朽政權也垮臺了。這時清廷把八旗基本力量放置在北方，以保衛京師及駐防各重要城池，而南方就暫讓給吳三桂等去鎮守。吳三桂駐云南，尚可喜駐廣東，耿精忠(耿仲明之孫)駐福建，這樣便形成了三藩。三藩之外，還有一個孔有德。但是孔有德在同農民軍李定國作戰時失敗自殺于桂林，其子也被李定國所殺，所以無人襲封，僅有一女孔四貞嫁給孫延齡，清廷即以孫延齡為將軍代領其眾，駐守桂林。

三藩各擁重兵，久據數省。平南、靖南二藩各有兵力十五佐領，綠營兵各六七千，丁口各兩萬;平西王所屬兵力五十三佐領，綠營兵一萬二千，丁口數萬。吳三桂功高兵強，四方精兵猛將多歸其部下。清廷又擢升其部將王輔臣為陜西提督，李本深為貴州提督，吳之茂為四川總兵，馬寶、王屏藩、王緒等十人為云南總兵。三藩勢力幾及全國之半。

吳三桂初鎮云貴，清廷曾準予便宜行事，云、貴督撫全受他節制，所除授文武官員，號稱“西選”，“西選”之官幾遍各地。當時有“西選之官遍天下”之說。

順治十七年，云南省俸餉九百余萬，加以粵閩二藩運餉，年需兩千余萬。鄰近諸省挽輸不足，則補給于江南，致使清朝財賦半耗費于三藩。

吳三桂自恃勢重，益驕縱，踞明桂王五華山舊宮為藩府，增崇侈麗，盡據明黔國公沐氏舊莊七百頃為藩莊，圈占民田，迫令“照業主例納租”，并“勒平民為余丁”，“不從則誣指為逃人”。又借疏河修城，廣征關市，榷鹽井，開礦鼓鑄，壟斷其利，所鑄錢，時稱“西錢”。吳三桂專制云南十余年，“日練兵馬，利器械”，

暗存硝磺等禁物。通使達賴喇嘛，互市茶馬，蒙古之馬由西藏入云南每年數千匹。他遍布私人于水陸要沖，各省提鎮多有心腹。部下將士多李自成、張獻忠余部，勇健善斗。其子吳應熊為額駙，朝政巨細，可以旦夕密報。于是，吳三桂自以為根蒂日固不可拔，朝廷終究不會從他手中奪去云貴。

耿精忠襲封王爵后，縱令屬下奪農商之業，“以稅斂暴于閩”，縱使其部下“苛派夫役，勒索銀米”。又廣集宵小之徒，因讖緯有“天子分身火耳”之謠，妄稱“火耳者，耿也。天下有故，據八閩以圖進取，可以得志”。

尚可喜在廣東令其部屬私充鹽商，又私市私稅。廣州為對外通商口岸，“每歲所獲銀兩不下數百萬”。尚可喜對清廷比較效忠，但年老多病，將兵事交其子之信。尚之信素性桀驁，橫暴日甚，招納奸宄，布為爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜殺，常在其父面前持刃相擬，所為所行，日益不法。至此，三藩各據一方，互通聲氣，廣布黨羽，實際上已成為割據勢力。