耶穌會(huì)士到中國(guó)后，他們與“東林黨”關(guān)系非常密切。他們的結(jié)合是道德層面的，而非信仰層面。萬(wàn)歷二十三年(1595)顧憲成、高攀龍、錢一本的東林講學(xué)。無錫東林書院是宋代楊龜山的講學(xué)遺址。經(jīng)十年講學(xué)，各方官紳紛紛來此聚會(huì)，成為規(guī)模，于是重修東林書院。書院在學(xué)術(shù)上尊程朱，反陸王，用“白鹿洞學(xué)規(guī)定法程。……闡提性善之旨，以辟陽(yáng)明子天道證道之失。”但其實(shí)書院的宗旨在議政不在論學(xué)。黃宗羲《明儒學(xué)案·顧憲成》說：“故會(huì)中亦多裁量人物，訾議國(guó)政。亦冀執(zhí)政者聞而藥之也。天下君子以清議歸于東林，廟堂亦有畏忌。”參加?xùn)|林議政的很多是進(jìn)士翰林，在中央和地方有盤根錯(cuò)節(jié)的勢(shì)力，他們的輿論構(gòu)成一股民間政治力量。

東林的勢(shì)力在江南和北京。來華耶穌會(huì)士主要也經(jīng)營(yíng)這兩個(gè)地區(qū)，而且也正是利用儒家士大夫作傳教工具。這樣，東林黨政治運(yùn)動(dòng)和天主教傳教運(yùn)動(dòng)就很自然地聯(lián)系起來了。這方面有歷史記錄。十七世紀(jì)巴爾托利(Bartoli，1608-1685)的一部《耶穌會(huì)歷史》說：徐光啟、李之藻、楊廷筠都在東林書院主講過。神父?jìng)儗?duì)東林黨表現(xiàn)出巨大熱情，大力稱贊東林書院的道德標(biāo)準(zhǔn)。同時(shí)，“書院的幾乎所有成員都對(duì)基督教表現(xiàn)出極大的友好感情。”東林黨和天主教關(guān)系密切的說法可以得到中文資料的證明。鄒元標(biāo)為東林講學(xué)的健將，與顧憲成、趙南星并稱為“三君”。他與耶穌會(huì)士早有交往，利瑪竇托郭居靜攜書信去見他，談得很好，并按規(guī)矩還信給利瑪竇，明確地引他們?yōu)樗枷朊擞选Ｆ洹对笇W(xué)集·答西國(guó)利瑪竇》曰：

得接郭仰老，已出望外，又得門下手教，真不啻之海島而見異人也。門下二三兄弟，欲以天主學(xué)行中國(guó)，此其意良厚。仆嘗窺其奧，與吾國(guó)圣人語(yǔ)不異。吾國(guó)圣人及諸儒發(fā)揮更詳盡無余，門下肯信其無異乎？中微有不同者，則習(xí)尚之不同耳。門下取《易經(jīng)》讀之，干即曰統(tǒng)天，彼邦人未始不知天。不知門下以為然否。

天啟、崇禎年間，首輔沈一貫、葉向高、韓偏向天主教，徐光啟被起用負(fù)責(zé)治歷和防邊，許多天主教徒被重用，像王征、孫元化、李天經(jīng)、張燾、瞿式耜、陳于階等，形成一個(gè)“西學(xué)集團(tuán)”。西學(xué)集團(tuán)和東林黨在許多方面并不相同。“東林講學(xué)，遙執(zhí)朝政”。而入教者通常都不像東林黨那樣富有政治激情，而是靠翻譯和鉆研科學(xué)立身，對(duì)西學(xué)本身更感興趣。西學(xué)集團(tuán)與東林黨在精神上確實(shí)有相通之處，在利益上也是聯(lián)系的，但這基本上是道義的聯(lián)盟。謝和耐說：

東林黨，籠統(tǒng)的講是整個(gè)東林運(yùn)動(dòng)，和傳教士接近是因?yàn)樽鹬赝瑯拥膫惱淼赖隆４蠹屹潛P(yáng)的勇敢精神、在不幸和苦難中的堅(jiān)強(qiáng)性以及倫理道德嚴(yán)格性，這些既是東林黨人所希望的善行，又是優(yōu)秀基督徒們的行為。但我們還應(yīng)進(jìn)一步說，把東林黨人與傳教士聯(lián)系起來的似乎是他們觀點(diǎn)和利益的一致性。他們都與宦官、佛僧及其盟友們?yōu)閿场Ｋ麄儗?duì)于佛教一直向文人界發(fā)展而感到惱火，都反對(duì)與事實(shí)沒有任何關(guān)系的空頭哲學(xué)討論，支持與他們有關(guān)紳士們的社會(huì)責(zé)任觀相吻合的實(shí)用儒家，關(guān)心帝國(guó)的防務(wù)及其財(cái)政狀況等。東林黨人只會(huì)感到與傳教士們意氣相投。

西學(xué)集團(tuán)和東林黨人在道義上相投，但在政治權(quán)力的爭(zhēng)奪方面，天主教徒并不像東林黨那樣熱衷。天啟四年，葉相高、韓先后被罷去相位，魏忠賢的附黨魏廣微用同年之誼來拉攏徐光啟，任他為禮部右侍郎，徐光啟觀望事態(tài)，明智地沒有就任。崇禎二年，閹黨被除，徐光啟為此覺得不光彩，在《再瀝血誠(chéng)辯明冤誣書》中說清楚這一段歷史;“魏廣微……秉政之日，數(shù)與人言，促臣赴任，而臣年余不至。謂臣不入牢籠。”這事說明徐光啟未卷入黨爭(zhēng)，比較慎重，也說明他和他周圍的西學(xué)人物與爭(zhēng)權(quán)奪利的官場(chǎng)若即若離。查繼佐《罪惟錄·徐光啟》說：“時(shí)廷臣酷水火，光啟中立，不逢黨。故此(指用孫元化、王征等人的方案)置之若忘之。獨(dú)天子知其學(xué)主自盡，將之以誠(chéng)，不任氣，特手敕以原官兼東閣大學(xué)士，參與機(jī)務(wù)。”因?yàn)樾旃鈫⑹腔酵剑员容^超然于黨爭(zhēng)。崇禎任用徐光啟是因?yàn)樗袣v學(xué)、水利、農(nóng)事和制炮的真才實(shí)學(xué)。他任用的其他西學(xué)人物也多半是修歷、造炮、練兵的專家，憑技術(shù)和專業(yè)知識(shí)效國(guó)。

天主教徒掌握了“西學(xué)”。東林黨人對(duì)天主教“西學(xué)”中的科學(xué)技術(shù)不感興趣，但對(duì)其道德倫理和熱衷。這是一個(gè)有趣的現(xiàn)象。馮應(yīng)京被視為東林運(yùn)動(dòng)的先驅(qū)，通過利瑪竇《交友論》、《二十五言》等西方式的道德哲學(xué)，堅(jiān)定了他政治態(tài)度，并差最后一步而沒有加入教會(huì)，成為教徒。相似的情景發(fā)生在后來的葉向高、鄒元標(biāo)、張問達(dá)、馮琦等東林人物身上。黨派斗爭(zhēng)需要對(duì)敵勇氣和內(nèi)部忠誠(chéng)，在贈(zèng)給利瑪竇等人的詩(shī)文中，東林人物對(duì)耶穌會(huì)士身上表現(xiàn)出的忠誠(chéng)、嚴(yán)謹(jǐn)、熱心、犧牲給了最多的稱贊。這些都是東林黨人急需的。東林黨人都是忙得沒空治學(xué)的人，但他們需要建立自己的政治哲學(xué)來主導(dǎo)全國(guó)，基督教神學(xué)一度成了他們的參照。

通常，中國(guó)的皇帝通過學(xué)校、科舉、翰林制度，用儒學(xué)(在明代是宋明理學(xué))來建立意識(shí)形態(tài)，教導(dǎo)民眾。“君”與“師”，“政”與“教”合一。明中葉以后，政事荒廢，王學(xué)解放人心，政治上和道德上都失去了往日的權(quán)威。人們必須重建權(quán)威。東林黨在民間爭(zhēng)取政治權(quán)威，他們還必須確立一種道德權(quán)威。整個(gè)明末，儒道佛三家的知識(shí)分子都在提倡自己的學(xué)說。有主張“氣節(jié)”、“師誼”，有主張“性情”、“赤子之情”，也有主張“實(shí)學(xué)實(shí)干”的，總之這是一個(gè)學(xué)在民間，諸說并起的時(shí)代。具有豐富道德內(nèi)容的天主教神學(xué)受到東林黨的注視是很自然的。在葉相高《首善書院記》中就表示書院宗旨在民間砥礪道德精神，而不在學(xué)問。他所“講學(xué)者必有素常學(xué)問之人，高不知學(xué)，何以為辭？……余乃言曰：古之所謂教學(xué)，則庠序?qū)W校盡之矣。當(dāng)其時(shí)里黨之所肄習(xí)，師儒之所修明，舍三德六行五倫之外，無他物也。自鄒魯興，齦齦于洙泗鳧繹之區(qū)，始言心言性，言道德仁義，而其指歸不出于孝弟。”東林書院、首善書院，他們想把學(xué)校改造成古代的道德場(chǎng)所。

在《三山論學(xué)記》中，艾儒略和葉向高等談及西方政教體系，講教會(huì)和國(guó)家分權(quán)：“我歐羅巴人國(guó)主之外，蓋有教化主(教皇)，其職專以誘。國(guó)主傳子，教化主傳賢。國(guó)主為君，教化主為師。若然，則二柄難于兼合。即泰西亦慮之矣。”討論國(guó)家政治體制改革，是當(dāng)時(shí)東林黨人最感興趣的熱門話題，他們就基督教本質(zhì)向耶穌會(huì)士廣泛咨詢，以期對(duì)西方經(jīng)驗(yàn)有所借鑒。“(葉)文忠所疑難十?dāng)?shù)端，多吾輩意中喀喀欲吐之語(yǔ)，泰西氏亦迎機(jī)解之”。文藝復(fù)興以后，西歐還沒有完成徹底的“政教分離”，但“政教兩立”、“信仰自由”的雛形已具，意大利、法國(guó)、德國(guó)都已出現(xiàn)民間文化的趨勢(shì)。東林黨人對(duì)此現(xiàn)象感興趣，說明他們的意識(shí)中復(fù)活了像古代儒家那樣擔(dān)當(dāng)民間道德權(quán)威的野心。“國(guó)主傳子，教化主傳賢”、“君”與“師”分，“傳子”與“傳賢”的說法很符合明儒“道統(tǒng)”與“政統(tǒng)”相分的理論。東林時(shí)代把西方學(xué)說理想化，蓋有其由。

東林黨中的許多重要人物都與天主教有關(guān)系。《先撥志始》錄有“東林同志錄”、“東林點(diǎn)將錄”，是一份由閹黨擬定的黑名單，其中就有“天魁星及時(shí)雨葉向高”、“天罡星玉麒麟趙南星”、“天微星九紋龍韓”、“天傷星武行者鄒元標(biāo)”、“地強(qiáng)星錦毛虎馮從吾”、“天巧星浪子錢謙益”、“地然星混世魔王熊明遇”等，他們都有與天主教交往的明確記錄。