清順治三年(1646年)，波雅科夫率領(lǐng)殘部經(jīng)馬亞河、阿爾丹河進(jìn)入勒拿河，逃回雅庫次克。波雅科夫回去后揚言，只要派兵300，修上3個堡寨，就能征服黑龍江。波雅科夫帶回的有關(guān)黑龍江流域的情報和他提出的武力侵入黑龍江流域的打算，引起了沙俄 當(dāng)局的重視和贊許。

順治六年(1649年)，雅庫次克長官派哈巴羅夫率兵70名從雅庫次克出發(fā)，于這年末侵入黑龍江，強占中國達(dá)斡爾頭人拉夫凱的轄區(qū)，其中包括達(dá)斡爾頭人阿爾巴亞的駐地雅克薩城寨(今黑龍江左岸阿爾巴金諾)，遭到當(dāng)?shù)厝嗣竦牡挚埂９土_夫?qū)⑼锝挥伤菇菖酥Z夫率領(lǐng)，自己回雅庫茨克求援。次年夏末，哈巴羅夫率領(lǐng)138名亡命之徒，攜3門火炮和一些槍支彈藥，再次侵入黑龍江，強占雅克薩城，不斷派人四出襲擊達(dá)斡爾居民，捕捉人質(zhì)，擄掠婦女，殺人放火。九月底，哈巴羅夫又率領(lǐng)侵略軍200余人，侵入黑龍江下游烏扎拉河口(今宏加里河)中國赫哲人聚居的烏扎拉村，強占城寨，蹂躪當(dāng)?shù)鼐用瘛Ｓ⒂碌暮照苋嗣駣^起抗擊，并請求清政府予以支援。

順治九年(1652年)二月，清政府令寧古塔章京(官名)海包率所部進(jìn)擊，戰(zhàn)于烏扎拉村，打死沙俄侵略者10人，打傷78人。清順治十五年(1658年)六月，寧古塔都統(tǒng)沙爾瑚達(dá)率戰(zhàn)艦40艘同侵略軍激戰(zhàn)于松花江下游，殲敵270人。

順治十七年(1660年)寧古塔將軍巴海率水軍破敵于古法壇村，斬首60余級，溺水死者甚眾。經(jīng)過中國軍民的多次打擊，侵入中國黑龍江流域的俄國侵略軍一度被肅清。后來，沙俄侵略勢力又到雅克薩筑城盤踞。清政府雖多次警告，都無濟(jì)于事。在同沙俄的長期交涉中，清朝皇帝看到，若非“創(chuàng)以兵威，則罔知懲畏”，于是決意征剿。同時也認(rèn)識到，“昔發(fā)兵進(jìn)討，未獲翦除”的原因，一是黑龍江一帶沒有駐兵，從寧古塔出兵反擊，每次都因糧儲不足而停止。二是沙俄侵略軍雖為數(shù)不多，但由于“筑室散處，耕種自給”，加上尼布楚人與之貿(mào)易，故使其得以生存。于是造成“我進(jìn)彼退、我退彼進(jìn)，用兵不已， 邊民不安”的局面。

針對這種情況，康熙采取恩威并用、剿撫兼施的方略，即發(fā)兵扼其來往之路，屯兵永戍黑龍江，建立城寨，與之對壘，進(jìn)而取其田禾，使之自困。同時再輔以嚴(yán)正警告。

如果侵略軍仍執(zhí)迷不悟，則堅決予以翦滅。為此，康熙采取了一系列措施，加強邊防建設(shè)，準(zhǔn)備剿滅沙俄侵略軍：偵察地形敵情，派兵割掉侵略軍在雅克薩附近種植的莊稼，又令蒙古車臣汗斷絕與俄人的貿(mào)易，以困憊和封鎖侵略者;屯戍要地，康熙二十一年(1682年)十二月，決定調(diào)烏喇(今吉林市北)、寧古塔兵1500人往黑龍江城一帶，駐扎愛琿、呼瑪爾(今呼瑪南)。后鑒于兩處距雅克薩路途遙遠(yuǎn)，令呼瑪爾兵改駐額蘇里(今俄斯沃特德內(nèi)西南)。次年七月，寧古塔副都統(tǒng)薩布素率軍進(jìn)駐額蘇里。九月，確定在愛琿筑城永戍，預(yù)備炮具、船艦。同時派烏喇、寧古塔兵五六百人、達(dá)呼爾(今黑龍江嫩江縣境)兵四五百人，調(diào)往愛琿一帶;修整戰(zhàn)具，設(shè)置驛站，運儲軍需。這些措施，適合當(dāng)時東北邊防斗爭的需要和特點。

這是因為黑龍江至外興安嶺地區(qū)距東北腹地遙隔數(shù)千里，同沙俄這樣的入侵者斗爭，單靠當(dāng)?shù)厝嗣竦牟柯湮溲b是無法制止其侵略的。必須籌劃全邊，扼要屯兵戍衛(wèi)，在適當(dāng)?shù)攸c控制一定兵力作機動，才能對付沙俄飄忽不定的反復(fù)侵?jǐn)_。為此，需要建立相當(dāng)數(shù)量的驛站和糧站，開辟水陸交通線和籌集運輸工具，從而保障反擊作戰(zhàn)的勝利，并在反擊勝利后建立一條較完整的邊界防守線，才有利于長期的邊防斗爭。

康熙二十二年(1683年)九月，清勒令盤踞在雅克薩等地的沙俄侵略軍撤離清領(lǐng)土。侵略軍不予理睬，反而率兵竄至愛琿劫掠，清將薩布素將其擊敗，并將黑龍江下游侵略軍建立的據(jù)點均予焚毀，使雅克薩成為孤城。但侵略軍負(fù)隅頑抗。康熙二十四年(1685年)正月二十三日，為了徹底消除沙俄侵略，康熙命都統(tǒng)彭春赴愛琿，負(fù)責(zé)收復(fù)雅克薩。

四月，清軍約3000人在彭春統(tǒng)率下，攜戰(zhàn)艦、火炮和刀矛、盾牌等兵器，從愛琿出發(fā)，分水陸兩路向雅克薩開進(jìn)。五月二十二日抵達(dá)雅克薩城下，當(dāng)即向侵略軍頭目托爾布津發(fā)出通牒。托爾布津恃巢穴堅固，有兵450人，炮3門，鳥槍300支，拒不從命。清軍于五月二十三日分水陸兩路列營攻擊。陸師布于城南，集戰(zhàn)船于城東南，列炮于城北。二十五日黎明，清軍發(fā)炮轟擊，侵略軍傷亡甚重，勢不能支。托爾布津乞降，遣使要求在保留武裝的條件下撤離雅克薩。經(jīng)彭春同意后，俄軍撤至尼布楚(今涅爾琴斯克)。清軍趕走侵略軍后，平毀雅克薩城，即行回師，留部分兵力駐守愛琿，另派兵在愛琿、墨爾根(今黑龍江嫩江)屯田，加強黑龍江一帶防務(wù)。

沙俄侵略軍被迫撤離雅克薩后，賊心不死，繼續(xù)拼湊兵力，圖謀再犯。康熙二十四年(1685年)秋，莫斯科派兵600增援尼布楚。當(dāng)獲知清軍撤走時，侵略軍頭目托爾布津率大批沙俄侵略軍再次竄到雅克薩。俄軍這一背信棄義的行為引起清政府的極大憤慨。次年初，康熙接到奏報，即下令反擊。

七月二十四日，清軍2000多人進(jìn)抵雅克薩城下，將城圍困起來，勒令沙俄侵略軍投降。托爾布津不理。八月，清軍開始攻城，托爾布津中彈身亡，改由杯敦代行指揮，繼續(xù)頑抗。八月二十五日，清軍考慮到沙俄侵略者死守雅克薩，必待援兵，且考慮隆冬冰合后，艦船行動、馬匹糧秣等不便，于是在雅克薩城的南、北、東三面掘壕圍困，在城西河上派戰(zhàn)艦巡邏，切斷守敵外援。

侵略軍被圍困，戰(zhàn)死病死很多，826名侵略軍，最后只剩66人。雅克薩城旦夕可下，俄國攝政王索菲亞急忙向清請求撤圍，遣使議定邊界。清答應(yīng)所請，準(zhǔn)許侵略軍殘部撤往尼布楚。雅克薩反擊戰(zhàn)結(jié)束后，雙方于康熙二十八年(1689年)七月二十四日締結(jié)了《中俄尼布楚約》，規(guī)定以外興安嶺至海格爾必齊河和額爾古納河為中俄兩國東段邊界，黑龍江以北，外興安嶺以南和烏蘇里江以東地區(qū)均為清朝領(lǐng)土。