成吉思汗死后，窩闊臺繼承了汗位。窩闊臺死后，長子貴由上臺。貴由死后，汗位的爭奪趨于激烈。在忽里勒臺大會上，術赤子拔都以全局為重，不以長兄的身份和優勢的兵力自取寶座，推選蒙哥為汗，使汗位有了歸屬。

成吉思汗憑借其軍事才能，建立了一個規模空前、橫跨歐亞的大國。到了晚年，他對自己繼承人的問題開始有所考慮。他有四個隨他一起東征西討、驍勇無比的兒子，即術赤、察合臺、窩闊臺和拖雷。不過四個兒子中，他比較欣賞的是三子窩闊臺，覺得窩闊臺是個比較合適的汗位繼承人。

蒙古人選取接班人按照慣例是幼子繼承法，但成吉思汗廢除了這一規定，選擇誰做接班人由自己說了算。不過新大汗要正式上臺，必須在宗親諸王參加的忽里勒臺大會上通過。1227年，成吉思汗病重，他將四個兒子召到跟前，正式提出讓窩闊臺接汗位，其他兒子要團結一致，互相協助。

其實眾子私底下早就在打汗位的主意了，汗位每個人都想要，但靠一個人的力量是不夠的，所以兄弟之間已分化組合了。二子察合臺和窩闊臺關系較好，長子術赤一看情形不妙，就和四子拖雷卷在了一起，兄弟四人分成了兩派。術赤的生母曾被篾兒乞部落俘虜過，返回途中生下了術赤，因而兩個弟弟就對他橫豎看不入眼，認為與他是同母異父。拖雷對大哥很尊重，兩人就自然而然地走到了一起。

成吉思汗生前盡管已決定把汗位傳給他，但最喜歡的是拖雷，出征時常帶著拖雷在身旁，對他寵愛有加，家里的珍寶財物也全都交給他打理。看到拖雷很有軍事才能，成吉思汗又把征集的軍隊交給他管理，蒙古國大部分的軍隊在拖雷控制之中。

照理，窩闊臺接位的事情應盡早放到忽里勒臺會議上討論，但重重矛盾使得這個會議在兩年后才得以召開，蒙古的汗位空缺了兩年，由掌握實權的拖雷攝政。總算這個會議召開了，但可以預料的是發生了激烈的爭論，會議開了35天也沒有結論，窩闊臺的對手毫無疑問是攝政了兩年不肯交出實權的拖雷。會上有人提出要按蒙古的舊例讓幼子繼位，否定成吉思汗的選擇，也有人提出還是遵照遺詔讓窩闊臺即位。這時術赤已病死，拖雷是斗不過察合臺和窩闊臺兩人聯手的，看看自己勢孤力單，最后只得采取退讓的策略，表示支持窩闊臺。

元太宗窩闊臺上臺，使得汗位的爭奪一度平息。可是，這樣的結局在術赤和拖雷兩系的族人中留下了不滿情緒，為以后的汗位之爭埋下了隱患。

窩闊臺繼汗位四年后，拖雷就死了，死因說法不一。有說飲酒過度，有說得了急病，另有一種比較可靠的說法是，他喝了愿替窩闊臺去死的咒水。1233年窩闊臺親率大軍攻金，拖雷指揮右路軍取得了重大勝利。部隊回師時窩闊臺得了重病，拖雷侍兄于榻前。蒙古人深信巫術，找來巫師念咒文。巫師說，把窩闊臺的病滌除在木杯之中，病就能除去。如果有人把這杯水喝下去，就能代替太宗去死。此時，拖雷為了愛護兄長，便端起杯子喊道：“洪福的父親內定了我兄弟做皇帝，如今如果失去了皇帝哥哥，這么多的百姓誰來管理？這會使金人很開心的。上天啊，饒了我的哥哥吧，讓我喝了這杯水去替他見你吧！”說罷，將咒水一飲而盡。窩闊臺病好了，拖雷告辭啟程，幾天后就死去了。許多人認為很明顯在這杯咒水中窩闊臺是做了手腳的，毒死了拖雷。因為拖雷很有軍事才能，他的存在就是對自己的威脅，而且這樣做也可以把汗位保持在自己一系之下。

窩闊臺因飲酒過度，僅在位十三年就死了，不久察合臺也亡故。窩闊臺死后，由皇后脫列哥那哈敦監國。這位頗有權術的皇后目光短淺，心胸狹隘，斥賢崇奸，弄得內外離心。1246年秋天，她召集諸王舉行忽里勒臺大會，讓自己的兒子貴由接承了汗位。

長輩之間的仇恨，也傳到了后代的身上。術赤兒子拔都不肯出席忽里勒臺大會，上臺后的貴由仇恨萬分。1246年貴由即位后，馬上發動戰爭想消滅拔都。貴由患有慢性病，這時借口他的舊營霍真地區氣候很適宜他的身體，遂發軍前往。當貴由大軍接近拔都所在地葉密立時，拔都感到事態嚴重，坐立不安。拖雷妻原與拔都友善，得知定宗貴由的真實意圖，迅速派人通知拔都。拔都遂打出迎接大汗的旗號，發軍東進。兩軍相近，貴由突然死去。什么原因，或說是貴由被拔都害死的，或說是飲酒斗毆而死，至今仍是在個疑案。

貴由死后，貴由妻斡兀立海迷失監國，欲立窩闊臺之孫失烈門為汗，理由是窩闊臺當初曾有遺詔想立失烈門。

拖雷妻唆魯禾帖尼很有才干，四個兒子蒙哥、忽必烈、旭烈兀、阿里木哥個個能征善戰。在與拔都連手后，她想立自己的兒子蒙哥為汗。她很有人緣，各方面的關系處理得十分妥當。拔都是這一輩中的兄長，遂召集諸王選新汗。1251年6月，忽里勒臺大會召開，貴由子腦忽、忽察和失烈門等人故意遲到。會上拔都、蒙哥等人提出太宗遺詔早就應該遵行，但太宗窩闊臺系為什么以前要立定宗貴由？致使海迷失啞口無言。討論到最后，拔都說：“擁蒙哥登基，膽敢違反者斬。”于是將蒙哥推上了汗位。7月，蒙哥舉行了登基大典，這樣汗位從窩闊臺系轉了過來。

憲宗蒙哥上臺，對窩闊臺和察合臺的后裔放不下心來，感到威脅隨時存在。不久有人告密，說窩闊臺和察合臺的后代諸王要陰謀武裝叛亂。是否真有其事，是個歷史之謎，但蒙哥寧愿認為這是真的，于是馬上下詔賜死海迷失及失烈門母哈特合赤，謫遷失烈門到沒脫赤，殺叛將七十多人，流放想叛亂的諸親王，鞏固了自己的汗位。

汗位要緊，兄弟之間就不顧親情，互相擠壓殘殺，這無論如何是成吉思汗所不愿看到的，也是他想不到的。