“晚明三大疑案”指明朝末期宮廷中發生的梃擊案、紅丸案、移宮案。這三起事件本身并不是很重要，但是卻標志著明末紛亂和衰亡的開始，故有“三大案”之稱。令人驚奇的是這些疑案都是圍繞一個人而發生，那么這個人是誰呢？

第一疑案：梃擊案

萬歷年間，由于王皇后無子，朝臣主張立皇長子朱常洛為太子，是神宗宮女所出。不過明神宗朱翊鈞想立皇三子福王朱常洵，因為她是自己寵愛的鄭貴妃之子。鄭貴妃亦不斷向神宗進言，但遭到朝臣的一致反對，而皇太后李氏也支持立朱常洛。

皇長子朱常洛二十歲，神宗在無法拖延下終于策立常洛為皇太子，常洵為福王，封地為洛陽。

結果，鄭貴妃忍無可忍，終於爆發明朝立國以來最嚴重宮廷仇殺事件——梃擊案。

1615年（萬歷四十三年）五月，一個名叫張差的男子，手持木棍闖進太子朱常洛居住的慈慶宮，擊傷守門太監，太子內侍韓本用聞訊趕到，在前殿逮捕張差。

經過御史劉廷元審訊，張差是薊州井兒峪人，靠砍柴與打獵為生。在一個月前，他在濟州賣完貨後，賭錢輸了，結果遇上一位太監，太監說可以帶他賺錢，就隨這位太監入京，見到另外一位老太監，老太監供與酒肉。幾天后，老太監帶他進紫禁城。老太監先讓他飲酒，再把一根木棒交到他手上。然后帶他到慈慶宮，囑咐進宮後見人即打，尤其見到穿黃袍者(是太子朱常洛)。老太監還說，如打死穿黃袍者，重重有賞，如被人捉住，他會出手相救。

張差供言里的那兩個太監叫龐保、劉成。

明光宗朱常洛

朝臣有人懷疑是鄭貴妃想要謀害太子，王志、何士晉、張問達奏疏譴責外戚鄭國泰“專擅”；鄭貴妃則惶惶不可終日，向皇上哭訴，神宗朱翊鈞要她去向太子表明心跡。結果皇帝和太子不愿深究，最后以瘋癲奸徒罪將張差處以凌遲。張差臨死前曾說：“同謀做事，事敗，獨推我死，而多官竟付之不問。”（據《先撥志始》）。不久刑部、都察院、大理寺三法司前後五次會審龐保、劉成兩人，由于人證消失，龐、劉二犯有恃無恐，矢口否認涉案。六月一日，明神宗密令太監將龐保、劉成處死，全案遂無從查起。

第二疑案：紅丸案

鄭貴妃看見朱常洛坐穩了太子的位子，為了討好朱常洛，投其所好，送了八個美女供他享用。朱常洛本來體質就差，又與這些女人淫樂，身體漸漸垮了下來。即位才十幾天，就因酒色過度，臥床不起了。

可是，他并不節制自己，照樣與這些人鬼混。一天夜里，為了尋求刺激，朱常洛服了一粒“紅丸”，結果，狂躁不已，狂笑不止，精神極度亢奮。次日早，侍寢的吳贊連忙請來御醫崔文升診治。崔文升不知皇帝是陰虛腎竭，還以為是邪熱內蘊，下了一副泄火通便的猛藥。結果，朱常洛一宿腹瀉三十余次，危在旦夕。這下子，闖了大禍，朝廷上唇槍舌劍，吵聲罵聲不絕于耳。

鄭貴妃

重臣楊漣上書，指責崔文升誤用瀉藥。崔文升反駁說并非誤用，而是皇帝用了“紅丸”造成病重。東林黨人馬上強調，不但崔文升用藥不當，還拿“紅丸”之事，敗壞皇帝名聲……

病危之中的朱常洛，躺在病榻上，還想要服用“紅丸”。鴻臚寺丞李可灼當即進了顆紅色丸藥，朱常洛服后，沒甚動靜。晚上，朱常洛又要求再服一丸，李可灼又進了一顆紅色丸藥。結果，不大一會兒，皇上就手捂心口，瞪著兩眼，掙扎幾下，一命嗚呼了。朱常洛才即位三十天，年號還沒來得及實施呢！

明末宮廷內黨派斗爭激烈，“紅丸”一案，引起了黨派的更加尖銳的矛盾。

第三疑案：移宮案

朱常洛死后，尸骨未寒，又發生了“移宮案”。

乾清宮是內廷的正宮，只有皇帝皇后才能居住。朱常洛進乾清宮時，他的妃子李選侍跟隨入居。

朱常洛臨終前，召大臣入宮，西李見大臣們來了，帶著朱常洛的皇太子朱由校避進內房。朱常洛吩咐群臣，封李選侍為貴妃，李選侍在里面聽見了，唆使朱由校出來向父親請求封她為皇后。朱常洛當時沒有答應，在場的臣子們對李選侍的做法十分不滿。

朱常洛死后，李選侍仍住在乾清宮不走。她把朱由校帶在身邊，企圖挾皇太子以自重。

群臣對李選侍十分憤慨，紛紛上書，要求李選侍搬出乾清宮。大臣楊漣說：“皇太子明天就要登基為天子，哪有天子住在太子宮里，反讓一個選侍住在正宮里的道理！今天要是選侍不搬出乾清宮，我們死也不走！”其他朝臣也高聲附議。在這種情勢下，李選侍只得在九月初五搬到了仁壽殿。

明熹宗朱由校

初六，朱由校正式登基，這就是明熹宗。熹宗下旨令李選侍至噦鸞宮居住，這是明代宮女養老之地。這一搬，李選侍當皇太后垂簾聽政的愿望化為泡影。

至此，“移宮”風波才算暫告結束。

它與萬歷朝的梃擊案、泰昌朝的紅丸案一直是天啟朝黨爭的題目，都是與明光宗朱常洛有著直接或者間接的關系。

此后，如火如荼的黨爭，加速朱明王朝滅亡的進程，他們迂腐冗陳的觀念主張讓大明在那個轉型的特殊時代與近代化失之交臂。