在萬歷“爭國本”事件中，和萬歷帝抗?fàn)幍米顝?qiáng)硬的那批名儒士大夫們，后來大多成了赫赫有名的東林黨人，并且多是其中的中堅(jiān)分子。

這“東林黨”在明季政治格局中，乃是不可不書的重要一筆。

關(guān)于東林黨形成的時(shí)間，一直有兩說，一說是萬歷二十二年(1594年)，一說是萬歷三十二年(1604年)，兩說的年份差距比較大。其實(shí)這兩說都有各自的道理，區(qū)別只在于看以什么標(biāo)準(zhǔn)來區(qū)分而已。

事實(shí)上東林黨成為一個(gè)政治團(tuán)體雛形，確實(shí)始自萬歷二十二年，但其大本營“東林書院”落成卻在萬歷三十二年，因此這兩說其實(shí)都沒錯(cuò)，都可以說得通。

在萬歷二十一年(1593年)的“癸巳京察”發(fā)生后，被革職還鄉(xiāng)的大儒顧憲成，在常州知府歐陽東鳳、無錫知縣林宰的資助下，與其弟顧允成開始修復(fù)始于宋代的東林書院，和錢一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等名士在那里講學(xué)，并于“講習(xí)之余，往往諷議朝政，裁量人物”，支持他們的部分當(dāng)?shù)厥考潯⒊罢稳宋锛爸苓叧鞘械泥l(xiāng)土勢力，也逐漸聚集在一起，其中以江南士人為多，慢慢地形成了一個(gè)以東林書院諸人為核心的松散型政治集團(tuán)，這當(dāng)然會(huì)引起其他政治權(quán)利集團(tuán)的注意和攻擊，即《明史》所謂之“朝士慕其風(fēng)者，多遙相應(yīng)和。由是東林名大著，而忌者亦多”。

到了萬歷三十二年十月，東林書院正式落成，宣布以《白鹿洞學(xué)規(guī)》為章程，其中有“四要二惑九益九損”等條款，并定下每月大會(huì)之期，此時(shí)東林勢力可以算正式大成。

當(dāng)時(shí)東林黨人的主要對(duì)手，是萬歷帝身邊的宦官們以及朝中的齊、楚、浙諸黨，又由于到了天啟時(shí)期這三黨成員大多已依附于大宦官魏忠賢，所以有時(shí)這三黨也會(huì)被直接劃入廣義的“閹黨”體系。

相對(duì)而言，東林黨人初期的政治主張和政治目的，是要求政治清明，致力于維護(hù)社會(huì)安定、促進(jìn)生產(chǎn)力發(fā)展，同時(shí)他們的成分構(gòu)成也比較復(fù)雜，綜合了在野、在朝的知識(shí)分子及部分地主、工商業(yè)者，因此得到了當(dāng)時(shí)社會(huì)各階層的廣泛支持，但同時(shí)也遭到了和萬歷有近水樓臺(tái)之便的內(nèi)閣及宦官勢力的猛烈狙擊。

到了天啟中期，宦官魏忠賢終于一枝獨(dú)秀地獲取了天啟帝的寵信，形成了繼權(quán)宦劉瑾之后明朝勢力最強(qiáng)大的一個(gè)“閹黨”集團(tuán)，齊、楚、浙諸黨則因先前遭到了東林黨人的沉重打擊，也先后依附于魏忠賢。他們和東林黨人的斗爭，也逐漸從純粹的朝議疏章之爭轉(zhuǎn)變?yōu)閼K烈的生死之爭，達(dá)到了雙方斗爭的最高峰。

天啟四年(1624年)，東林黨人楊漣因彈劾魏忠賢二十四大罪去職，于次年被捕，并與左光斗、周順昌等人一起下獄被殺。魏忠賢為徹底消滅東林黨，隨即主使編寫了《三朝要典》，并借“紅丸”、“梃擊”、“移宮”三案毀東林書院，東林黨中堅(jiān)分子顧大章、高攀龍、魏大中等人也先后被迫害致死。齊、楚、浙三黨則趁機(jī)效仿，將東林黨人名單在全國張榜，一榜之上有百人到五百多人不等，上榜者生者削籍，死者追奪，魏忠賢的各路黨羽又先后做了《東林點(diǎn)將錄》等名錄，把著名的東林黨人分別冠以《水滸傳》一百零八將之綽號(hào)，以此為點(diǎn)名手冊，試圖徹底消滅東林黨。

這場以魏忠賢為首的閹黨對(duì)東林黨人的血腥迫害，直至崇禎帝登基消滅魏忠賢集團(tuán)，為東林黨人平反昭雪后才得以停止。

然而，這并不意味著兩黨的斗爭就此結(jié)束了，實(shí)際上崇禎二年的“袁崇煥冤案”，就是這一政治斗爭的延續(xù)。東林黨和三黨及閹黨之爭，是明朝最厲害的黨爭，也是持續(xù)時(shí)間最長的黨爭。雙方的爭斗自萬歷年間開始，一直持續(xù)到南明滅亡還在繼續(xù)，而且始終是晚明朝野政治格局和權(quán)利斗爭的重中之重。雙方斗爭的主要武器之一，基本就是前面說的“紅丸”、“梃擊”、“移宮”三案，一般誰當(dāng)權(quán)，誰就會(huì)以這三案來打擊對(duì)方，到了崇禎朝則多了魏忠賢的“閹黨逆案”這一武器，甚至到崇禎朝被滅，此類斗爭也依然如故。