在軒轅廟的碑亭里保存著一篇明太祖朱元璋祭奠黃帝陵的“御制祝文”，全文如下：“朕生后世，為民于草野之間;當有元失馭，天下紛紜，乃乘群雄大亂之秋，集眾用武。荷皇天后土眷佑，遂平暴亂，以有天下，主宰庶民，今已四年矣。君生上古，繼天立極，作涿裰鰨，神功圣德，垂法至今。朕興百神之祀，考君陵墓於此，然相去年歲極遠;觀經典所載，雖切慕於心，奈稟生之愚，時有古今，民俗亦異。仰惟圣神，萬世所法，特遣官奠祀修陵，圣靈不昧，其鑒納焉！尚饗！”這篇祭文寫得非常誠懇，在今天讀起來，仍很感人。那么，為什么朱元璋當年要寫這樣一篇祭文呢？他祭奠黃帝陵的用意何在？

朱元璋自幼非常貧苦，父母兄長都是被餓死的。孤苦無依的他為了活命只好到皇覺寺當了僧人，在廟里充任雜役。后來因為大饑荒，寺主封倉遣散眾僧，朱元璋出了寺院只得以乞討為生。他25歲時參加了郭子興領導的紅巾軍反抗蒙元暴政，由于在軍事和政治上所表現出來的杰出才干，他在郭子興死后成為這支隊伍的領袖。公元1356年，朱元璋軍隊攻占了集慶，改名應天府(今江蘇南京)，并在那里建立政權。他采納了儒士朱升“高筑墻，廣積糧，緩稱王”的建議，發展農業生產，擴充軍隊，經過幾年戰斗，控制了長江中下游地區。1368年，朱元璋在應天稱帝建立明朝，成為明朝歷史上第一個皇帝——明太祖，年號洪武。

由于出身貧寒，沒有多少文化知識，朱元璋對于歷代帝王無不祭祀黃帝有所不知，但是作為一個具有雄才大略的皇帝，朱元璋對于祭祀黃帝的意義卻是非常清楚的。因此朱元璋登基四年后，當他聽到身邊謀臣談論起歷代帝王祭祖先一事時，便提出要祭拜始祖——軒轅黃帝。這引起了朝廷內一些人背地里的悄悄議論：“朱重八(朱元璋小名)還懂得軒轅黃帝！”議論是議論，卻沒有一個人敢公開講。

明太祖洪武四年(公元1371年)，朱元璋遣派中書管勾甘，前往陜西中部祭黃帝陵。大臣們事先替他擬寫了一份“御制祝文”(即祭文)，朱元璋看后很不滿意。他覺得稱帝四年才想起祭掃黃帝祖先，是一件非常沒有面子的事情，深恐后人因此恥笑他無知，所以，要求“御制祝文”一定要寫清他的功績，并把他稱帝四年沒有祭黃帝陵的主要原因說清楚。在按照他的意思改寫的祭文中，他非常誠懇地說：作為一個起于草莽，卻主宰天下的幸運兒，自己對于祖先的功德一直是感恩銘記，十分仰慕的，但是由于年深日久，一時找不到黃帝陵的地址，后來通過考據經典著作才發現了軒轅黃帝的陵地。耽誤了四年，沒有能夠及時祭奠，但他心里卻一直惦記著先祖。希望先祖能夠接受自己的一片摯誠之心。

當然，朱元璋這樣做最主要的一個原因是他要通過祭祀黃帝表現他的“正統”身份，但這件事也同樣證明了黃帝在中華民族大家庭中的崇高地位。在明太祖之前和之后，歷代帝王都非常重視祭祀黃帝陵。到今天，這項活動的規模更是大大超過從前。祭祀黃帝陵，其實是傳承中華文化的一個重要儀式。現在，這個莊嚴的活動已經不僅僅屬于帝王所有，散布在地球各個角落的華夏子孫都越來越多地參與進來。大家用這種方式追溯著中華民族的血脈源流，增強民族的凝聚力，讓中華大地在人文初祖的光輝照耀下走向更加光明的未來。