隨著統(tǒng)一戰(zhàn)爭(zhēng)的順利進(jìn)行，李淵的思想開始松懈下來(lái)，安于享樂(lè)，不再對(duì)政治事務(wù)像以前那么關(guān)心了，這直接導(dǎo)致了皇儲(chǔ)問(wèn)題的產(chǎn)生。

他作為父親，想讓幾個(gè)兒子和睦相處，但又在立皇太子的問(wèn)題上反復(fù)，沒有明確的主意，使得兄弟相爭(zhēng)不已。在劉武周大舉南下，攻陷太原威脅長(zhǎng)安的時(shí)候，李淵親自為兒子李世民送行，還許諾得勝回來(lái)后立他為太子。但李世民回來(lái)之后，他又反悔，聽信后妃們的求情，保留了李建成的太子之位。這直接導(dǎo)致了兄弟之間的不和，成了激烈爭(zhēng)奪太子的導(dǎo)火線，可以說(shuō)，玄武門之變李淵也要承擔(dān)一定的責(zé)任。

在玄武門之變發(fā)生之后，李世民讓大將尉遲敬德入宮向李淵通報(bào)情況。這時(shí)的李淵正和裴寂等人在南海池中泛舟，見尉遲敬德一身鎧甲地站到岸邊，非常驚慌。尉遲敬德說(shuō)，太子李建成和齊王李元吉謀反，秦王已經(jīng)將他們處死，為防不測(cè)，派我來(lái)護(hù)駕。李淵吃驚得說(shuō)不出話來(lái)，最后只得下詔命令太子李建成和齊王李元吉的部下聽從李世民的調(diào)遣。

六月一日，李淵頒布詔書正式立李世民為皇太子，八月，李淵只好將皇位讓出來(lái)，自己去做了太上皇。在唐高祖統(tǒng)治后期，像許多帝王一樣也開始廣納妃嬪，安于后宮享樂(lè)。在對(duì)待后宮嬪妃的問(wèn)題上，李淵沒有處理好，在有的妃子挑撥李建成和李世民之間的關(guān)系時(shí)，沒能及早制止，反而聽信讒言，致使兄弟之間兵戎相見，發(fā)生流血事件。

在統(tǒng)治早期，李淵也犯過(guò)聽讒言殺大臣的錯(cuò)誤。對(duì)他起家發(fā)揮過(guò)重要作用的裴寂和劉文靜之間有些矛盾，但李淵不是設(shè)法調(diào)和。裴寂認(rèn)為自己功勞在大將劉文靜之上，但官職卻比劉文靜低，于是和劉文靜產(chǎn)生了矛盾，在劉文靜酒后發(fā)牢騷之后，他便趁機(jī)向李淵誣陷劉文靜要反叛唐朝。李淵不辯是非，便將劉文靜殺了。雖然李淵并沒有像后來(lái)的朱元璋那樣大量殺功臣，但即使殺一個(gè)也會(huì)使其他人有兔死狗烹之慮，對(duì)政治生活不可能起到正面的作用。