14世紀(jì)開始的歐洲宗教改革到16世紀(jì)路德和加爾文時期達到頂峰，基督教內(nèi)部由此發(fā)生了巨大震蕩，失去了歐洲北部轄區(qū)的羅馬教皇損失慘重。但一部分知識分子出生的基督徒徒站在了教皇一邊，決定以自己的努力挽回頹勢，赴東方傳教和擴大影響力，將在歐洲的損失從別的地方挽回來，由此建立了不少組織，其中耶穌會是最大的男修會。

該會1534年由西班牙貴族羅耀拉在巴黎大學(xué)創(chuàng)立，1540年得到教皇保羅三世批準(zhǔn)。羅耀拉先后在巴塞羅那阿爾卡拉和薩拉曼加等大學(xué)、巴黎大學(xué)攻讀，創(chuàng)辦了羅馬學(xué)院和德國學(xué)院。他的經(jīng)歷決定了其宗教活動具有尊重科學(xué)知識的眼光和條件。

經(jīng)受了宗教改革猛烈沖擊的天主教也在反思自己的過失，從內(nèi)部完善和改革。

比如羅耀拉不滿羅馬教會僧團的腐朽無能，他按軍事組織原則建立自己的僧團。耶穌會不再奉行中世紀(jì)宗教生活的許多規(guī)矩，如必須苦修和齋戒、穿統(tǒng)一制服、過隱修生活，而可以滲入社會各個階層，參與各種活動。如開辦學(xué)校、醫(yī)院、投資工商業(yè)、進行科學(xué)研究，等等。還可以出入宮廷，擔(dān)任懺悔師，以此推進海外傳教。到東方的傳教士最早的有圣方濟各·沙勿略，1556年圣羅耀拉去世后，其會士已遍布全世界。到中國的傳教士中影響最大的有利瑪竇、湯若望、南懷仁等。

不論耶穌會對教皇的愚忠達到了什么程度，但從其可以跟政商學(xué)各界往來這一點，就足以說明耶穌會的傳教完全可以歸為文化交流，而不能以文化侵略一言蔽之。尤其在西方對中國大規(guī)模武力活動尚未開始、歐洲教會和王權(quán)對立的時代，將其認定為政治軍事侵略先鋒之類更是妄談。他們通過獨立的文化活動搭建起了東西方文明交通的橋梁。雖然后來由于雙方各自的失誤，兩種文明失去了繼續(xù)交流的寶貴機會，最終以鴉片和打炮代替和平交流，但留給人們很多思考空間。尤其沙勿略對文化交流的思考，極有參考意義。

1540年，沙勿略作為耶穌會的首批傳教士前往印度、日本等地傳教。他在印度傳教時得出的經(jīng)驗是必須有品德高潔學(xué)識淵博的傳教士才能完成使命;在日本的經(jīng)驗是要想傳教必須學(xué)會本地文字;要想在東方增加基督教的魅力，必須利用西方已經(jīng)發(fā)展起來的自然科學(xué)為工具。沙勿略46歲因瘧疾病故，未能踏上中國大陸。但他的努力激勵了耶穌會的后人;他的傳教經(jīng)驗通過書信傳到歐洲，成為后繼者傳教的寶貴經(jīng)驗和敲門磚。1582年利瑪竇得以成功地將基督教傳入古老的中國，從他的行為中足見他對沙勿略經(jīng)驗的利用及作用。比如他本人取中文名字，學(xué)漢語并以中文版本傳教、穿中國服裝、精心傳播科學(xué)知識，等等。他還將中國文化中敬天的元素用于宗教命名，將基督教翻譯為天主教;改革天主教葬禮，比如將全身涂橄欖油改變?yōu)轭~頭涂油，以就中國男女禮節(jié)和風(fēng)俗。這些入鄉(xiāng)隨俗的文化活動極大地減輕了傳教阻力。

目的和手段有時會倒置，耶穌會的傳教和從事科學(xué)活動，一定程度上就發(fā)生了如此錯位。

利瑪竇解釋來中國的原因時說：“我們是從遙遠的西方而來的教士，因為仰慕中國，希望可以留下，至死在這里侍奉天主?！钡?dāng)他以科技活動在中國上層圈子里活動順利時，不知不覺將主要注意力轉(zhuǎn)移到了這個方面。利瑪竇的后繼者湯若望、南懷仁、白晉、衛(wèi)匡國、柏應(yīng)理，等等，都因為傳播科技有功，在中國上層有非常廣泛的人脈。傳教士還用奎寧治好了康熙皇帝的瘧疾，西醫(yī)也得到康熙皇帝及上層社會的贊譽。南懷仁還是康熙皇帝的科學(xué)啟蒙老師，精通天文歷法、擅長鑄炮，是當(dāng)時國家天文臺(欽天監(jiān))業(yè)務(wù)上的最高負責(zé)人，官至工部侍郎，正二品。

羅馬教廷不可能徹底忘了這批傳教士。

當(dāng)差使將他們在中國承認和容忍教徒拜天祭祖等消息帶到西方后，引起了教會和宗教裁判所的憤慨，他們指斥傳教士失職，批評中國人拜天祭祖是迷信，要求傳教士回西方參加辯論。耶穌會士們寫了關(guān)于中國信仰和文化的文字預(yù)備到歐洲應(yīng)對答辯，說明中國人的祭祖拜天地都不是迷信，而是禮儀。他們將此文件讓康熙皇帝過目。康熙不僅站在他們一邊支持，還對文書進行了高度評價：“書甚善，諧于天道。敬天事主，法祖尊師，孝父母，乃吾天下臣民習(xí)俗。此書固善，無需勘改。欽此！”御筆很少如此不吝，康熙的誠懇態(tài)度由此可見。

但羅馬教會毫不讓步，雙方的對立不可避免地發(fā)生了，這批傳教士的教籍與身份甚至人身安全都成了問題，如果他們回去的話。

在這種情況下，康熙皇帝對在華耶穌會教士們說：你們別回去了，就在中國傳教，我可以給你們發(fā)綠卡(當(dāng)時是一個紅本本)。那批耶穌會士中的不少最后就是死在了中國。北京車公莊的外國傳教士墓葬群中，長眠著包括湯若望、南懷仁等人的一批外國傳教士，其中就有拿到中國綠卡的。