“戊戌變法”失敗以后，慈禧太后以光緒帝的名義發布諭旨，宣布光緒帝因為疾病不能理政，自己將再度“訓政”。她的這次訓政取消了之前“垂簾聽政”的形式，直接與皇帝并坐，來面對群臣的上朝聽證，可以說此時的她完全獨攬了朝廷的大權。

在群臣奏對的時候，光緒帝不能說任何話，只有在慈禧示意皇帝可以作答的時候，光緒帝才能勉強點頭應答幾句，但也絕不敢提半點意見。從此以后，光緒帝成為了真正的傀儡皇帝，囚徒天子。每次退朝之后，光緒帝就會被帶到瀛臺，囚禁在這座“水牢”當中，在侍衛的貼身監視下過著萬般無奈的囚徒生活。

慈禧在選擇囚禁光緒帝的地點上，其實是很有顧慮的，因為清朝歷史上還沒有過專門為皇帝安排軟禁的地方。雖然曾經有過“冷宮”，但那是專門關禁嬪妃和皇子的地方，而光緒帝是在位的一國皇帝，慈禧既要選擇一個與他身份相符，又要能限制他人身自由的地方。于是，位于西苑南海中的瀛臺便成為了這個理想之地。

瀛臺又稱為南臺，始建于明朝。清朝順治、康熙年間曾兩次修建，是帝王、后妃的聽政、避暑和居住地。因其四面臨水，襯以亭臺樓閣，像座海中仙島，故名瀛臺。從清朝順治、康熙帝起，各朝清帝均喜居住于此。瀛臺湖光山色，風景秀麗，亭臺樓閣的琉璃瓦掩映在碧樹濃蔭之中，會讓人有恍若置身于蓬萊仙境的感覺。每年皇帝祭社稷壇，禮成后都要到瀛臺這里更衣;上元佳節皇族也會到瀛臺來觀賞煙火;康熙帝和乾隆帝也都先后在此聽證，賜宴。

光緒帝被幽禁的歲月是凄涼，無聊的，在戊戌政變失敗后，慈禧把曾經侍奉過光緒帝的貼身太監們全部處死或發落從軍，讓總管太監李蓮英親自挑選了20名太監來侍奉光緒帝，說是聽從光緒帝的差遣，其實就在監視著光緒帝的一舉一動，以便回報給慈禧太后。后來為了更加便于看管，慈禧還下令拆除了瀛臺與岸上唯一連通的板橋，只有在每天清晨皇帝被拉去陪慈禧上朝的時候才會重新搭上。

據記載，某年的冬天，北京天氣出奇的寒冷，南海水面結了冰，一天，光緒帝微服出行，可是沒走多遠，便被崔玉貴等太監發現，趕緊把皇帝扯拉回殿。慈禧太后知道后，命人把水面的冰鑿開，以防光緒帝借水面結冰的機會逃走，并且將陪同光緒帝南海游行的六名太監立斃杖下。此后，為了防止光緒帝的逃跑，瀛臺岸邊每日都不厭其煩的鑿著冰。

涵元殿的窗戶紙破了，也沒有人給補一補，光緒帝在寒風中凍的渾身發抖，他找來內務府的大臣，大臣見狀趕緊謝罪，理科派人裱糊好了窗戶。慈禧知道此事后，第二天召集內務府大臣進行賞賜，所有大臣都有荷包，那位辦了事的大臣也高高興興的來領賞，可是慈禧卻賞賜他一只小狗，這個被羞辱的大臣還得向小狗叩謝圣恩。從此，內務府再沒人敢關心皇帝的生活。可憐的光緒帝不僅被剝奪了政治權利，也完全失去了人身自由，他自己稱自己連漢獻帝都不如。

瀛臺的生活是乏味的，每天散朝以后，光緒帝會回到瀛臺的屋子里呆著，他每天只有吃飯、讀書、睡覺。無聊的時候就拿紙畫上烏龜，在烏龜的背上寫上袁世凱的名字，然后把紙粘貼在涵元殿的墻上，當做射擊的靶子，用竹簽向其射擊，不一會紙就被射成了篩子狀，光緒在取下來撕成碎片，拋灑在空中。在此后十多年的囚禁日子里，光緒帝始終詛咒著因出賣維新黨而獲得重用的袁世凱。

在沒有禮儀活動需要他充門面的時候，光緒帝就在涵元殿讀書。在被幽禁的十年間他閱讀了大量的書籍，來打發這漫長的時光。在光緒二十九年(1903年)，慈禧太后召清政府駐法、美等公使裕庚的女兒德齡入宮，德齡除了做慈禧身邊的女官，還負責每天教光緒一個小時的英文，有時候德齡還會教光緒帝兩人一起跳上一段西洋的舞蹈。德齡在宮中陪伴了慈禧兩年，這期間，德齡和光緒帝亦師亦友的關系，也使光緒帝的幽禁生活增添了一些色彩和溫暖，后來德齡還以她在清宮中的所見所聞用英文寫成了《清宮二年記》、《瀛臺泣血記》、《御香飄渺記》。