僖宗即位時還是個幼弱的孩子，自然缺乏必要的理政能力，政事處置全部聽由宦官之口——他們廢長立幼，沒有選擇懿宗的長子而擁立12歲的皇子大概就有這樣的考慮。僖宗在位期間最信任的宦官是田令孜。僖宗自幼就由田令孜照顧起居，感情上很是有些倚賴，并稱呼田令孜為“阿父”，即位后便任命他做了神策軍中尉。這樣，僖宗朝的重大決策都掌控在田令孜手中了。

僖宗生于深宮之中，長在宦官之手，宮中生活場景能夠帶給他的就是可以肆無忌憚地游樂。事實上，他也的確是一個熱衷游樂的皇帝。他喜歡斗雞(《唐語林》說是“斗鴨”)、賭鵝，喜歡騎射、劍槊、法算、音樂、圍棋、賭博，游玩的營生他幾乎無不精妙。他對打馬球不僅十分迷戀，而且技藝高超，他曾經很自負地對身邊的優伶石野豬說：“朕若參加擊球進士科考試，應該中個狀元。”石野豬回答說：“若是遇到堯舜這樣的賢君做禮部侍郎主考的話，恐怕陛下會被責難而落選呢！”僖宗聽到如此巧妙的回答，也只是笑笑而已。

如果是太平之世的君主，搞一些喜歡的運動也無可厚非，但是僖宗在位時，政局已經非常混亂。懿宗時期擔任翰林學士的劉允章在《直諫書》中已用“國有九破”描繪過當時緊迫的局勢：“終年聚兵，一破也。蠻夷熾興，二破也。權豪奢僭，三破也。大將不朝，四破也。廣造佛寺，五破也。賂賄公行，六破也。長吏殘暴，七破也。賦役不等，八破也。食祿人多，輸稅人少，九破也。”對天下蒼生的生存狀態，他總結了“八苦”、“五去”。八苦是：

官吏苛刻，一苦也。私債征奪，二苦也。賦稅繁多，三苦也。所由乞斂，四苦也。替逃人差科，五苦也。冤不得理，屈不得伸，六苦也。凍無衣，饑無食，七苦也。病不得醫，死不得葬，八苦也。

五去是：勢力侵奪，一去也。奸吏隱欺，二去也。破丁作兵，三去也。降人為客，四去也。避役出家，五去也。

劉允章還說：“人有五去而無一歸，有八苦而無一樂，國有九破而無一成，再加上官吏貪污枉法，使天下百姓，哀號于道路，逃竄于山澤。夫妻不相活，父子不相救。百姓有冤無處訴，有苦無處申。他們的出路何在呢？”

劉允章所說的嚴峻局面到僖宗朝不僅沒有絲毫好轉，而且是日益加劇。就在僖宗即位不久，爆發了濮州(今河南濮陽東)人王仙芝、冤句(今山東曹縣北)人黃巢領導的大起義。黃巢是鹽販出身，由于唐朝末年食鹽專賣，官鹽價格昂貴，老百姓有吃不起鹽而“淡食”者，所以造成了很多的私鹽販子，他們紛紛組織起來甚至搞武裝販運，這對于黃巢后來領導大規模的起義很有幫助。

黃巢起義爆發以后，州縣欺瞞上級，朝廷不知實情。各地擁兵的節度使為求自保，坐視觀望，所以起義軍發展很快。后來，黃巢率部南下進攻浙東，開山路700里突入福建，攻克廣州，而后又回師北上，克潭州，下江陵，直進中原。僖宗雖然對這一局勢也很緊張，但并沒有停止繼續尋歡作樂，甚至在他為逃離長安做準備而任命劍南和山南道節度使時，竟然是用打馬球賭輸贏的辦法決定人選。

廣明元年(880)十一月，由于唐軍士氣低落，所以高駢的鎮壓很不力，黃巢起義軍攻克洛陽，十二月，輕易拿下潼關逼近長安。僖宗君臣束手無策，相對哭泣，宰相盧攜因畏懼自殺。田令孜率五百神策軍匆忙帶領僖宗和少數宗室親王逃離京城，先逃往山南(漢中)，又逃往四川。僖宗成為玄宗之后又一位避難逃往四川的皇帝。

唐末詩人羅隱有《帝幸蜀》詩詠其事：“馬嵬煙柳正依依，又見鑾輿幸蜀歸。泉下阿蠻應有語，這回休更冤楊妃。”(“阿蠻”是唐玄宗的小名。)號稱“秦婦吟秀才”的唐末進士韋莊《立春日作》與此意境相同：“九重天子去蒙塵，御柳無情依舊春。今日不關妃妾事，始知辜負馬嵬人。”不久黃巢進長安，建國號大齊，年號金統。而僖宗在四川躲避了整整4年。

在這期間，僖宗得到了喘息，他利用川中的富庶和各地的進獻，組織對黃巢的反撲。義武鎮節度使王處存、河中節度使王重榮等積極組織對黃巢的打擊，出身沙陀族的河東太原李克用也率兵入援以助朝廷，尤其是被僖宗委以京城四面行營都統的鳳翔節度使鄭畋，得到了“便宜從事”的權力，更是積極組織圍攻長安的黃巢。后來宰相王鐸又被任命為諸道行營都統來發動對黃巢的進攻，原來首鼠兩端的藩鎮，也開始為了自己的私利而主動對朝廷表達忠心。

起義軍由于自身存在弱點，加上軍糧不足，內部發生了分歧和分化，一些將領接受了朝廷招安，形勢發生了逆轉。黃巢派駐同州重鎮的防御使朱溫在中和二年(882)九月投降，僖宗大喜過望，認為是“天賜我也”，賜名朱全忠。但僖宗沒有想到，唐朝的江山社稷最終就是被這個朱全忠奪了去。

起義軍在唐朝官軍的反撲下，被迫退出長安，最后力盡兵敗，黃巢在山東泰安的虎狼谷中自殺而亡。經過黃巢起義軍的打擊，唐朝數百年的基業已不復舊貌。此時，李昌符據鳳翔，王重榮據蒲、陜，諸葛爽據河陽、洛陽，孟方立據邢、洺，李克用據太原、上黨，朱全忠據汴、滑，秦宗權據許、蔡，時溥據徐、泗，朱瑄據鄆、齊、曹、濮，王敬武據淄、青，高駢據淮南八州，秦彥據宣、歙，錢镠據浙東，他們都是各擅兵賦，迭相吞噬，朝廷不能制，成為實際上的地方割據勢力。朝廷所能夠控制的地區不過河西、山南、劍南、嶺南西道數十州而已。

光啟元年(885)正月僖宗自川中啟程，三月重返長安。數年驚魂還沒有來得及穩定，便又遭遇了新的動蕩。事情是這樣的：僖宗寵信的宦官田令孜因企圖從河中節度使王重榮手中奪得池鹽之利而與之交惡，田便聯合邠寧節度使朱玫和鳳翔節度使李昌符向王重榮開戰。中和五年(885)三月榮則求救于太原李克用，二人聯手大敗朱玫和李昌符，進逼長安。

神策軍潰散，田令孜無奈再次帶領僖宗于光啟元年十二月逃亡到鳳翔(今陜西寶雞)。黃巢占領長安時，宮城建筑保存完好，而這次諸道兵馬進入長安，燒殺搶掠，宮室坊里被縱火燒焚者十有六七，“宮闕蕭條，鞠為茂草”。

此時，各地節度使對宦官田令孜的專權十分不滿，不少人把打擊的矛頭對準了田令孜。朱玫本想劫持僖宗，因田令孜挾持僖宗從大散關逃到興元(今漢中)而沒有成功，就將因病沒有跑掉的襄王李煴挾持到長安立為傀儡皇帝，改元“建貞”。僖宗被尊為“太上元皇圣帝”，實際上就是太上皇。時在光啟二年(886)十月(一說五月)。

這一政治變故導致了各節度使與朝廷關系的新變化。僖宗以正統為號召，把王重榮和李克用爭取過來反攻朱玫，同時密詔朱玫的愛將王行瑜，令他率眾還長安對付朱玫。光啟二年十二月，王行瑜將朱玫及其黨羽數百人斬殺，又縱兵大掠。這年的冬天，異常寒冷，城里九衢積雪，一直沒有融化。王行瑜率兵入城當夜，寒冽尤劇，長安城遭受搶掠剽剝之后，僵凍而死的百姓橫尸蔽地，慘不忍睹。一些官員奉襄王李煴逃奔河中，王重榮假裝迎奉，將襄王李煴抓住殺死，并把他的首級函送行在，即僖宗所在的興元。

長安襄王李煴事變平息后，不少官員遭到殺戮，田令孜被貶斥，僖宗也打算重回京師了。光啟三年(887)三月返京的隊伍剛剛到達鳳翔，節度使李昌符就以等待長安宮室修繕完工為名強行滯留。到了六月，天威軍與李昌符發生火拼，李昌符進攻僖宗行宮，兵敗出逃隴州，僖宗命扈駕都將李茂貞追擊。七月，李昌符被斬。

經過這樣幾番折騰，僖宗的身體也垮了。光啟四年(888)二月，病中的僖宗終于又一次回到長安，在拜謁太廟以后，舉行大赦，改元“文德”。三月三日，僖宗得“暴疾”，文德元年(888)三月六日，27歲的僖宗終于在顛沛流離之后離開了人世。幸運的是，他雖然是幾度逃離京師，卻是在長安宮中的武德殿駕崩的，而且在當年的十二月被葬在了靖陵(位于今陜西乾縣鐵佛鎮南陵村)。