秦始皇統一六國以后，采取了一系列的措施，以便加強中央集權。在完成政治上的諸多加強控制的舉措之后，秦始皇便開始了精神上的控制。公元前213年，秦始皇在咸陽宮為群臣及眾多的儒生大排酒宴。在宴會上，圍繞著是否實行分封制，眾多儒生之間發生了激烈的爭論。丞相王綰、博士生淳于越等人主張實行分封，而丞相李斯等則贊同郡縣制，并指責淳于越等“不師今而學古”，“道古以害今”。最后秦始皇支持李斯的觀點，并采用、實施李斯的“焚書”建議，下令：除了秦紀(秦國史書)、醫藥、卜筮、農書以及國家博士所藏《詩》、《書》、百家語以外，凡列國史籍、私人所藏的儒家作品、諸子百家著作和其他典籍，統統按時交官焚毀。同時，禁止談及《詩》、《書》和“以古非今”，違者定當嚴懲乃至判其死罪。百姓如想學一些法令，可拜官吏為師。從這一點來看，焚書的舉動秦始皇肯定做過。

秦始皇稱帝以后，力求長生不老，迷戀仙道，不惜動用重金，先后派徐福、韓眾、侯生、盧生等人尋求仙藥。侯生與盧生當初是秦始皇身邊的方士，由于長期為秦始皇求仙人和仙藥，卻始終沒有找到，而心急如焚，忐忑不安。依照秦國的法律，求不到仙藥就會被處死。因此他們深發感慨：像這樣靠兇狠殘暴而建立威勢并且貪婪權勢的人，不值得給他求仙藥。于是，侯生、盧生悄悄地遠走他鄉。

這件事使秦始皇十分惱怒，于是他下令，對所有在咸陽的方士進行審查訊問，欲查出造謠惑眾的侯生、盧生兩人。方士們為保全自己的性命，只得相互告發，秦始皇最后把圈定的460余人，都在咸陽挖坑活埋。

秦始皇的“坑儒”是“焚書”的繼續。至于坑殺的人究竟是方士還是儒生，學術界各持己見。從分析“坑儒”事件的起因看，秦始皇所坑殺的人應該是方士;但從長子扶蘇的進諫“眾儒生都學習孔子的學說”來看，秦始皇所坑殺的又好像是儒生。

而且東漢衛宏在《詔定古文官書序》中記載，秦始皇在驪山溫谷挖坑用以種瓜，以冬季瓜熟的奇異現象為由，誘惑博士諸生集于驪山觀看。當眾儒生爭論不休、各抒己見時，秦始皇趁機下令秘殺填土而埋之，七百多名儒生全部被活埋在山谷里。于是有人便根據這一點而偏向于傳統的說法，認為秦始皇確實有過“坑儒”的行為。

但有人研究諸史籍，認為“焚書”有之，“坑儒”則無，實是“坑方士”之訛。“坑方士”事見始皇三十五年，因為侯、盧二人求仙藥不成，他們懼“秦法不得兼方，不驗輒死”，罵了秦始皇一番后逃走。既然事端由方士引起，那么就只能是“坑方士”，當然不能說被殺的四百六十余人中沒有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被殺的主體應該是方士，而被殺的原因更與儒家的政治主張和學派觀點無關。

所以即使被殺者有儒生，也并非因其為儒生而得罪，總是與方士們有某種牽連之故。

因此絕無理由說秦始皇“坑儒”。盡管秦始皇早因“坑儒”之舉背上千古罵名，然而，直到今天，秦始皇究竟有沒有“坑儒”這一謎團還是沒有解開。