起義勝利不久，自成投闖王高迎祥，為八隊(duì)闖將，轉(zhuǎn)戰(zhàn)陜﹑晉﹑畿南﹑豫楚等地。七年，高迎祥農(nóng)民軍被圍困于漢中附近峽谷中，自成重賄明總督陳奇瑜，偽稱解甲歸農(nóng)，得脫圍困。既出棧道，連破麟游﹑永壽等七縣，勢力愈強(qiáng)。九年七月，迎祥在陜西盩厔(今周至)戰(zhàn)敗，被俘犧牲，自成承襲闖王名號，轉(zhuǎn)戰(zhàn)于陜南及四川東北部地區(qū)。十一年，起義軍敗于梓潼，被迫出川北上。自劍州(今四川劍閣)入甘肅，又走避寧羌(今陜西寧強(qiáng))。六月至漢中。是時農(nóng)民軍首領(lǐng)大多敗降，唯李自成農(nóng)民軍仍堅(jiān)持戰(zhàn)斗。是年冬，明三邊總督洪承疇﹑陜西巡撫孫傳庭設(shè)伏于潼關(guān)原，起義軍損失過重，潛伏陜南山區(qū)。十二年，避走巴東。十三年二月，自成軍又在奉節(jié)魚腹山失利，為避實(shí)就虛，乃走大寧(今四川巫溪)﹑竹山，返陜南，再次潛伏商雒山(今陜西商縣東南)中。

同年，河南省發(fā)生嚴(yán)重災(zāi)荒，農(nóng)民紛起暴動。十一月中旬，起義軍經(jīng)陜南商州突出武關(guān)，轉(zhuǎn)戰(zhàn)河南，農(nóng)民爭附，連下豫西南各州縣。不久，文士牛金星﹑宋獻(xiàn)策﹑李巖等先后投奔起義軍。十四年初下洛陽，殺明福王朱常洵，開倉濟(jì)貧，聲勢迅速擴(kuò)大。此后，三次圍攻開封，連獲項(xiàng)城﹑襄城﹑朱仙鎮(zhèn)﹑郟縣﹑汝寧五次戰(zhàn)役的勝利，執(zhí)殺明兵部尚書陜西總督傅宗龍﹑汪喬年及陜督楊文岳等，大敗陜督孫傳庭。明軍主力被消滅，起義軍控制河南全省，部眾近百萬，其它農(nóng)民軍首領(lǐng)如羅汝才﹑袁時中等多歸附自成，李自成起義軍成為明末農(nóng)民起義軍的主力。

自占領(lǐng)洛陽始，李自成漸將過去的流動作戰(zhàn)改為每得一城，分兵據(jù)守的軍事戰(zhàn)略，十六年正月克承天(今湖北鐘祥)，打出“剿兵安民”旗號，散發(fā)“三年不征”傳單。尋移檄黃州，揭露朱明暴政，宣傳自己興仁義之師﹑拯民于水火的作戰(zhàn)宗旨。兩年多席卷河南五府?dāng)?shù)十州縣，及湖廣荊﹑襄諸府。十六年二月，改襄陽(今湖北襄樊)為襄京，成立新順政府，自成自號奉天倡義文武大元帥，羅汝才為代天撫民威德大將軍。轄區(qū)西起潼關(guān)，東至歸德(今河南商丘)﹑汝寧(今河南汝南)，北濱黃河，南至松滋﹑枝江﹑澧州(今湖南澧縣)，派遣地方官吏者凡七十多州縣。

起義軍雄據(jù)荊襄，遂圖謀取京師。李自成采納謀士顧君恩之策，先取陜西，作為根據(jù)地。十六年九月，起義軍與明孫傳庭兵戰(zhàn)于河南郟縣，深溝高壘以疲明軍，并利用連日陰雨，明軍糧運(yùn)不繼之際，遣輕騎出汝州(今河南臨汝)斷截明軍糧道，大敗孫傳庭，殺傷明軍四萬多人，獲器仗輜重數(shù)十萬計(jì)，傳庭奔潼關(guān)。此后起義軍分兩路進(jìn)兵陜西，一路經(jīng)淅川下商州(今陜西商縣)入陜南;自成則親率大軍趨潼關(guān)。十月，陷潼關(guān)，明軍潰敗，傳庭戰(zhàn)死。十七年正月，起義軍攻克西安，乘勝取寧夏﹑蘭州﹑西寧﹑永昌﹑莊浪等地。