裕固族信仰喇嘛教，是屬于喇嘛教格魯派(黃教)。但是，裕固族的祖先在歷史上曾信過別的宗教。在公元8世紀中以前，回紇人就曾信仰薩滿教。他們崇拜精靈，崇拜祖先，害怕雷霆。還應時而產(chǎn)生了能預卜吉兇、呼風喚雨的男女巫師。后來，裕固族的祖先又先后信仰過摩尼教和佛教。

到了8世紀中葉，回紇政權建立后，隨著封建制度的日益發(fā)展，本來崇拜精靈的原始薩滿教已經(jīng)不能滿足新興封建主階級的需要了，為了維護各部落的統(tǒng)一，加強君主的威望，這就需要產(chǎn)生一個能夠庇護唯我獨尊的君主地位的神，于是在公元762年，回紇第三代可汗牟羽可汗出兵助唐平定“安史之亂”后，帶回四個摩尼僧，牟羽可汗宣布摩尼教為國教。從這時起，回紇人信仰了摩尼教。

11世紀初的甘州回鶻在裕固族歷史上處于重要階段。在這個時期里，信仰摩尼教的回鶻人從漠北來到佛教興盛的河西地區(qū)，由于受當?shù)匚幕妥诮痰挠绊懀９套宓淖嫦葤仐壛四δ峤蹋男欧鸾獭２榉鸾痰膫鞑プ鞒隽素暙I，對河西地區(qū)乃至周圍其他民族，都有過一定的影響。

到了元代，元朝統(tǒng)治者崇尚喇嘛教薩迦派，這樣，裕固族的祖先又改信了喇嘛教。

喇嘛教的組織非常嚴密，設有喇嘛(有的寺院稱堪布或活佛)、法臺、僧官、提經(jīng)、僧人和班弟。喇嘛是寺院的最高統(tǒng)治者，以轉(zhuǎn)世來繼承。喇嘛、法臺、僧官有打罰僧人和班弟的權力，一般僧人很難升為法臺和僧官，即使有個別的，也要付出大量的錢財。班弟大多數(shù)是貧苦牧民的子弟，他們?yōu)槔锘騻鹘?jīng)的師傅長期服無償勞動。

喇嘛教對裕固族人民的經(jīng)濟生活有著很嚴重的滲入和影響。各個寺院每年通過部落或直接由寺院借放會、念經(jīng)的名義，向牧民強派布施。如每年每個寺院都有定期的正月大會、四月大會、六月大會、十月(或九月) 大會，每月十五還有一次小會。這樣，寺院上層不僅占有大量牲畜和草場，還通過這些名目繁多的放會、念經(jīng)、算卦向牧民收取布施。

如今，裕固人的宗教信仰中仍然包含有很大比例的原始薩滿教信仰的成分。裕固族薩滿教的巫師稱“也赫哲”或“喀目”。在從前，由也赫哲所主持的儀式活動主要有每年農(nóng)歷正月舉行的祭“汗騰格爾”(祭天神)儀式、農(nóng)歷六月舉行祭鄂博(敖包)儀式以及各種治病求福的巫術活動。另外，現(xiàn)代裕固人對火的崇拜現(xiàn)象、火葬習俗、許多驅(qū)邪禳災活動等，都與古老的薩滿教信仰有關。在上述各種儀式活動中，80年代以后恢復的主要是祭鄂博儀式。此儀式的恢復可能與藏傳佛教中的類似的宗教活動有關。現(xiàn)在裕固族地區(qū)的祭鄂博儀式多以行政村為單位舉辦或輪流舉辦。有的地方已經(jīng)開始將這類活動與當?shù)氐穆糜谓哟顒酉嘟Y合，使原來的祭鄂博活動在內(nèi)容和形式上越來越具有現(xiàn)代民族文化傳播意義。