根據國家第一歷史檔案館清代滿文檔案和地方民族史資料記載，黑龍江省的柯爾克孜人，是清雍正十一年(1733)由現今俄羅斯聯邦哈十斯共和國的葉尼塞河上游一帶自西向東途徑蒙古大草原土-遷嫩江草原烏裕爾河畔，并編入八旗，享受旗人待遇一直到清末，觀在的黑龍江省富裕縣柯爾克孜族人都是他們的后裔。

柯爾克孜族是本民族的自稱。在我國漢文史書中曾先后被寫作“鬲昆”、“隔昆”堅昆、“結昆”、“契昆”、“護昆”、“紇挖斯”、“黠戛斯”、“轄戛斯”“黠戛司”、“紇里迄斯”、“吉里吉斯’’等。在清代被稱作“布魯特”。遷入黑龍江省的這部分柯爾克孜人，當地人稱其為“厄魯特”或“蒙古”。中華人民共和國成立后，于1952年確認的吉爾吉斯族，1960年改稱“柯爾克孜族。

柯爾克孜族是一個具有悠久歷史的古老民族，是祖國大家庭成員之一。在我們中華民族漫長的歷史中，柯爾克孜族人民以勤勞的雙手和聰明才智，開拓創造了本民族的經濟文化，在中華民族的文明史上，留下了光輝的一頁。

柯爾克孜的先世，最初游牧于我國北方的葉尼賽河上游。漢文史籍中稱為“鬲昆”、“堅昆”。秦代的鬲昆還是一個互不統轄的游牧部落，不隸屬于任何政權。

唐代堅昆又稱黠戛斯。公元684年，唐在結骨地區設堅昆都督府，并封黠戛斯首領失缽屈阿棧為堅昆都督左屯衛大將。堅昆都督府隸屬于關內道、燕然都護府。

回紇西遷之后，黠戛斯成為北方一個強大的部落。《新唐書·黠戛斯傳》載：此時，黠戛斯人“擁眾十萬，勝兵八萬”;并建立了隸屬唐王朝的“黠戛斯汗國”。實際控制著我國北方的東起歉河(葉尼塞河)，西到塔拉斯的大片土地。

到了遼、北宋時期，居住在北方的黠戛斯又稱為“轄戛斯”，受遼的統治。而西遷天山南北和帕米爾的黠戛斯則同回鶻、樣磨、處月、葛邏祿等部組建了喀拉汗王朝。當時的烏什、阿合奇以及喀什噶爾以北的大片土地，由轄戛斯統治著。

元代轄戛斯被稱為吉利吉思，隸屬于元朝。元在我國北方設嶺北行省，下轄益蘭州等部斷事官。這時的吉利吉思占有我國北方的益蘭州、歉州兩州之地，屬益蘭州斷事官管轄。居住在克孜勒蘇及中亞、伊犁一帶的吉利吉思則屬察合臺后王土封地。

明代，稱吉利吉思為乞爾吉斯，受轄于蒙古瓦剌部，克孜勒蘇境內的乞爾吉斯受轄于亦力把里。

清代，稱乞爾吉斯為“布魯特”。居住在伊犁河流域和天山山區(含今阿合奇縣及阿圖什縣山區)的稱東布魯特，居住在烏恰縣、阿克陶縣以及帕米爾高原及以西地區的稱西布魯特。

清代由于沙俄對我國西北邊疆的擴張，把我國帕米爾高原上的大部分布魯特人居住區占為沙俄領地，留在我國領土上的布魯特人只有三分之一。

1949年新疆和平解放，柯爾克孜族歷史揭開了嶄新的一頁。

1954年7月14日，克孜勒蘇柯爾克孜自治州成立。