三焦辨癥法是六經辨癥法的發展，《溫病條辨》一書就是運用這方法編寫的。所以三焦這名詞雖與臟腑中三焦的名稱相同，但其意義和作用是有差別的。

1.上焦癥狀：上焦指手太陰肺和手厥陰心包兩個經、臟。肺司氣而主皮毛，心包主血而通神明。溫邪首先犯肺，癥見微惡風寒，身熱，自汗，頭痛，口渴或不渴，咳嗽，脈浮滑數。假使熱傳心包，則見煩躁，口渴，神昏譫語，夜寐不安，舌色絳赤。一般溫邪由肺傳胃，即從上焦傳人中焦，稱做“順傳”，若迅速由肺傳心包，即由氣傳血，稱做“逆傳”。

2.中焦癥狀：中焦指足陽明胃和足太陰脾兩個經、臟。陽明主燥，太陰主濕。上焦溫邪傳人陽明，癥見壯熱，多汗，日哺更熾，面目俱赤，呼吸氣粗，大便閉結，小溲短赤，口于引飲，舌苔黃糙，或黑有芒刺。若傳人太陰，則見身熱不甚，午后較重，頭脹、身重，胸悶不饑，泛惡欲嘔，小便不利，舌苔白膩或微黃。在這時期，熱甚或濕熱熏蒸，皮膚出現斑疹或白瘩，并狂妄譫語或神識似明似昧。

3 .下焦癥狀：下焦指足少陰腎和足厥陰肝兩個經、臟。腎主陰，肝主血。溫邪傳到這階段，往往從津枯液涸而進一步傷血耗陰。在腎為晝日較靜，夜間煩躁，口干不欲多飲，咽喉痛，或生瘡不能言語，下利，小溲短赤。在肝為厥熱交替，心中疼熱，懊儂煩悶，時作干嘔，或頭痛吐沫，嘈雜不能食。在上則口干糜爛，在下則泄利后重。或風動痙厥，囊縮、腹痛等。

把三焦辨癥和六經辨癥作一對比，不難體會三焦自上而下，是一個縱的關系，六經從表走里，是一個橫的關系。假如把這兩種方式聯在一起，則縱橫的交點，在三焦為中焦，在六經為陽明和太陰，原是一處。故溫病的陽明癥與傷寒的陽明癥，溫病的太陰癥與傷寒的太陰癥，本質上沒有什么差別，尤其是寒邪化熱后的陽明癥與溫病根本相同，僅溫病的太陰癥屬于濕熱，傷寒的太陽證屬于寒濕，病邪有所不同而已。再從六經中的太陽來看，也不能離開上焦肺;同樣，六經中的少陰和厥陰也就是下焦肝、腎。正因為此，三焦和六經雖然是兩種辨癥方法，各有突出地方，也有共同之點，在臨癥上經常結合使用。

在運用三焦來辨證的同時，辨別衛、氣、營、血也是極其重要的一環。衛、氣、營、血是跟三焦來的，表示病變淺深的四個層次，所以習慣上稱為衛分、氣分、營分和血分。最淺是衛分，其次是氣分，從此深入為營分，最深為血分。病邪的出入于衛、氣、營、血，和三焦的傳變有密切關系。

1 .衛分癥狀：皮毛受邪，內合于肺，癥見發熱，微惡風寒，鼻塞，咳嗽，舌苔薄白等。上焦病初期皆屬衛分，也就是表癥。

2 .氣分癥狀：表邪人里，癥見壯熱， 口渴，脈象滑數或洪大，舌苔由白轉黃。中焦陽明癥狀皆屬氣分，也就是里證。

3. 營分癥狀：邪在上焦而逆傳心包，癥見煩躁，神昏譫語，或邪在中焦而出現斑疹和神昏譫語等。這些癥狀，也就是表示傳營分。此時診斷上最可靠的癥象，為舌質紅絳。

4 .血分癥狀：熱邪人血，癥見狂妄、神昏譫語，痙攣抽搐，外有斑疹，內有吐，衄、便血，脈象細數或弦數，舌質深絳少液。這些癥狀，在三焦分癥時，是屬于下焦病。